2025/02/04 更新

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ヤノ コウイチ
矢野 晃一
YANO Koichi
*大学が定期的に情報更新している項目(その他は、researchmapの登録情報を転載)
所属*
理学部
職名*
助教
学内職務経歴*
  • 2022年10月 - 現在 
    理学部   助教
 

研究分野

  • ライフサイエンス / 分子生物学

論文

  • The Ty1 retrotransposon harbors a DNA region that performs dual functions as both a gene silencing and chromatin insulator. 国際誌

    Hiroshi Masumoto, Hideki Muto, Koichi Yano, Yohei Kurosaki, Hironori Niki

    Scientific reports14 ( 1 ) 16641 - 16641   2024年7月18日

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In various eukaryotic kingdoms, long terminal repeat (LTR) retrotransposons repress transcription by infiltrating heterochromatin generated within their elements. In contrast, the budding yeast LTR retrotransposon Ty1 does not itself undergo transcriptional repression, although it is capable of repressing the transcription of the inserted genes within it. In this study, we identified a DNA region within Ty1 that exerts its silencing effect via sequence orientation. We identified a DNA region within the Ty1 group-specific antigen (GAG) gene that causes gene silencing, termed GAG silencing (GAGsi), in which the silent chromatin in the GAGsi region is created by euchromatin-specific histone modifications. A characteristic inverted repeat (IR) sequence is present at the 5' end of this region, forming a chromatin boundary between promoter-specific chromatin upstream of the IR sequence and silent chromatin downstream of the IR sequence. In addition, Esc2 and Rad57, which are involved in DNA repair, were required for GAGsi silencing. Finally, the chromatin boundary was required for the transcription of Ty1 itself. Thus, the GAGsi sequence contributes to the creation of a chromatin environment that promotes Ty1 transcription.

    DOI: 10.1038/s41598-024-67242-z

    PubMed

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  • Amino acid residues for specific binding to ssDNA facilitate topological loading of bacterial condensin MukB

    Koichiro Akiyama, Koichi Yano, Hironori Niki

        2023年9月21日

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    出版者・発行元:Cold Spring Harbor Laboratory  

    ABSTRACT

    The bacterial condensin MukB facilitates proper chromosome segregation inEscherichia coli. A portion of the MukB proteins localize at a specific chromosome region, binding to DNA in a non-sequence-specific manner. However, it is unclear how MukB localizes at a particular site without sequence specificity. Like other structural maintenance of chromosome (SMC) proteins, MukB topologically loads onto DNA, and It has an intrinsic property of preferential topological loading onto the single-stranded DNA (ssDNA). We consider it crucial for the localization of a specific region. To investigate the property of MukB, we attempted to identify positively charged amino acid residues responsible for ssDNA binding. We created a series of mutated MukB proteins in which a single positively charged amino acid was replaced with a negatively charged one. The results showed that some substitutions located on the inner surface of the MukB head domain impacted ssDNA-binding activity, leading to deficiencies in cell growth and nucleoid segregation. The efficiency of topological loading onto ssDNA was also decreased when the positive charges were replaced with negative ones. These amino acid residues align with and bind to ssDNA when the MukB dimer secures ssDNA within its ring, thereby likely strengthening the ssDNA-binding ability of MukB.

    DOI: 10.1101/2023.09.21.558748

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  • Profiling a single-stranded DNA region within an rDNA segment that affects the loading of bacterial condensin

    Koichi Yano, Hideki Noguchi, Hironori Niki

    iScience25 ( 12 ) 105504 - 105504   2022年12月

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    担当区分:筆頭著者   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.isci.2022.105504

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  • Profiling a single-stranded DNA region within an rDNA segment that is a loading site for bacterial condensin

    Koichi Yano, Hideki Noguchi, Hironori Niki

        2021年6月18日

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    出版者・発行元:Cold Spring Harbor Laboratory  

    <title>Abstract</title>Bacterial condensin preferentially loads to single-stranded DNA (ssDNA) in vitro and loads onto rDNA in vivo to support proper chromosome compaction. Thus, the actively transcribing rDNA would provide the ssDNA region for the topological loading of bacterial condensin. We attempted to detect the ssDNA region in the <italic>rrnI</italic> gene in situ. Non-denaturing sodium bisulfite treatment catalyzed the conversion of cytosines to thymines via uracils (CT-conversion) at locally melted DNA of a bacterial genome. Using next-generation sequencing, we generated an average of 11,000 reads covering each cytosine on the PCR-amplified rDNA segment to obtain the actual CT-conversion rate. In principle, the CT-conversion rate is an accurate guide to detect the formation of the ssDNA segment. We expected that an increment of the CT-conversion rate would reflect a trend toward ssDNA accumulation at a given site within the rDNA. We detected multiple ssDNA segments throughout the rDNA. The deletion mutations of the rDNA that affect the bacterial-condensin loading hindered the ssDNA formation only at the 100–500 bp segment downstream of the promoter. These data support the idea that the ssDNA segment plays a crucial role as the bacterial condensin-loading site and suggest the mechanism of condensin loading onto rDNA.

    DOI: 10.1101/2021.06.17.448897

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  • In Vivo and In Vitro Assay for Monitoring the Topological Loading of Bacterial Condensins on DNA

    Koichi Yano, Koichiro Akiyama, Hironori Niki

    Methods in Molecular Biology   181 - 196   2019年5月

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    担当区分:筆頭著者   掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Springer New York  

    DOI: 10.1007/978-1-4939-9520-2_14

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MISC

  • DNA修復因子が司る出芽酵母レトロトランスポゾンのサイレンシング機構

    増本博司, 武藤秀樹, 黒崎陽平, 矢野晃一, 仁木宏典

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)44th   2021年

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  • バクテリアコンデンシンがロードするrDNAに生じる一本鎖DNA領域の1塩基レベルでの同定

    矢野晃一, 野口英樹, 仁木宏典

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)42nd   2019年

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  • A new aspect of rRNA genes; involvement in origin resolution by DNA condensation

    Hironori Niki, Koichi Yano

    GENES & GENETIC SYSTEMS90 ( 6 ) 403 - 403   2015年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:GENETICS SOC JAPAN  

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  • Molecular genetic analysis of the function of rRNA in Bacillus subtilis

    Koichi Yano, Eri Namba, Rie Sekine, Shota Suzuki, Kazumi Tagami, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS87 ( 6 ) 410 - 410   2012年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:GENETICS SOC JAPAN  

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  • Development of high expression Bacillus subtilis system using a ribosome possessing an altered Shine-Dalgarno sequence

    Takuya Takeda, Koichi Yano, Shota Suzuki, Eri Nanba, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS87 ( 6 ) 432 - 432   2012年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:GENETICS SOC JAPAN  

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書籍等出版物

  • In Vivo and In Vitro Assay for Monitoring the Topological Loading of Bacterial Condensins on DNA

    矢野晃一( 担当: 共著)

    2019年 

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講演・口頭発表等

  • The cruciform-centered region inside budding yeast Ty1 retrotransposon manages two distinct transcriptional modes: the gene silencing and the activation of Ty1 transcription

    Hiroshi Masumoto, Miki Hanasaki, Hideki Muto, Koichi Yano, Hironori Niki

    Cold Spring Harbor Symposium  2020年10月6日 

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    開催年月日: 2020年10月6日 - 2020年10月9日

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  • レトロトランスポゾンTy1中のDNAのcruciform構造を中心とした遺伝子サイレンシング機構

    鼻崎美紀, 武藤秀樹, 矢野晃一, 仁木宏典, 増本博司

    酵母遺伝学フォーラム  2020年9月7日 

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    開催年月日: 2020年9月7日 - 2020年9月9日

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  • バクテリアコンデンシンがロードするrDNAに生じる一本鎖DNA領域の1塩基レベルでの同定

    矢野晃一, 野口英樹, 仁木宏典

    第42回日本分子生物学会年会  2019年12月3日 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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  • コンデンシンがロードするrDNA領域に生じる一本鎖DNAの1塩基レベルでの検出

    矢野晃一, 野口英樹, 仁木宏典

    第25回DNA複製・組換え・修復ワークショップ  2019年11月9日 

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    開催年月日: 2019年11月9日 - 2019年11月11日

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  • Cis-acting rDNA acts as a loading site for Smc-ScpAB during nucleoid separation in Bacillus subtilis

    Koichi Yano, Hironori Niki

    2017年6月11日 

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    開催年月日: 2017年6月11日 - 2017年6月16日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 一本鎖rDNAを介したコンデンシンの染色体結合機構の解明

    国立遺伝学研究所  科研費(若手研究) 

    矢野晃一

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    2018年4月 - 2021年3月

    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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