2025/11/13 更新

写真b

ヤノ　コウイチ
矢野　晃一
YANO Koichi
*大学が定期的に情報更新している項目（その他は、researchmapの登録情報を転載）
所属*
理学部
職名*
助教
学内職務経歴*
  • 2022年10月 - 現在 
    理学部   助教
 

研究分野

  • ライフサイエンス / 分子生物学

論文

  • The Ty1 retrotransposon harbors a DNA region that performs dual functions as both a gene silencing and chromatin insulator. 査読有り 国際誌

    Hiroshi Masumoto, Hideki Muto, Koichi Yano, Yohei Kurosaki, Hironori Niki

    Scientific reports14 ( 1 ) 16641 - 16641   2024年7月18日

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    In various eukaryotic kingdoms, long terminal repeat (LTR) retrotransposons repress transcription by infiltrating heterochromatin generated within their elements. In contrast, the budding yeast LTR retrotransposon Ty1 does not itself undergo transcriptional repression, although it is capable of repressing the transcription of the inserted genes within it. In this study, we identified a DNA region within Ty1 that exerts its silencing effect via sequence orientation. We identified a DNA region within the Ty1 group-specific antigen (GAG) gene that causes gene silencing, termed GAG silencing (GAGsi), in which the silent chromatin in the GAGsi region is created by euchromatin-specific histone modifications. A characteristic inverted repeat (IR) sequence is present at the 5' end of this region, forming a chromatin boundary between promoter-specific chromatin upstream of the IR sequence and silent chromatin downstream of the IR sequence. In addition, Esc2 and Rad57, which are involved in DNA repair, were required for GAGsi silencing. Finally, the chromatin boundary was required for the transcription of Ty1 itself. Thus, the GAGsi sequence contributes to the creation of a chromatin environment that promotes Ty1 transcription.

    DOI： 10.1038/s41598-024-67242-z

    PubMed

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  • Amino acid residues for specific binding to ssDNA facilitate topological loading of bacterial condensin MukB

    Koichiro Akiyama, Koichi Yano, Hironori Niki

        2023年9月21日

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    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    ABSTRACT

    The bacterial condensin MukB facilitates proper chromosome segregation inEscherichia coli. A portion of the MukB proteins localize at a specific chromosome region, binding to DNA in a non-sequence-specific manner. However, it is unclear how MukB localizes at a particular site without sequence specificity. Like other structural maintenance of chromosome (SMC) proteins, MukB topologically loads onto DNA, and It has an intrinsic property of preferential topological loading onto the single-stranded DNA (ssDNA). We consider it crucial for the localization of a specific region. To investigate the property of MukB, we attempted to identify positively charged amino acid residues responsible for ssDNA binding. We created a series of mutated MukB proteins in which a single positively charged amino acid was replaced with a negatively charged one. The results showed that some substitutions located on the inner surface of the MukB head domain impacted ssDNA-binding activity, leading to deficiencies in cell growth and nucleoid segregation. The efficiency of topological loading onto ssDNA was also decreased when the positive charges were replaced with negative ones. These amino acid residues align with and bind to ssDNA when the MukB dimer secures ssDNA within its ring, thereby likely strengthening the ssDNA-binding ability of MukB.

    DOI： 10.1101/2023.09.21.558748

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  • Profiling a single-stranded DNA region within an rDNA segment that affects the loading of bacterial condensin 査読有り

    Koichi Yano, Hideki Noguchi, Hironori Niki

    iScience25 ( 12 ) 105504 - 105504   2022年12月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    DOI： 10.1016/j.isci.2022.105504

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  • Profiling a single-stranded DNA region within an rDNA segment that is a loading site for bacterial condensin

    Koichi Yano, Hideki Noguchi, Hironori Niki

        2021年6月18日

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    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    <title>Abstract</title>Bacterial condensin preferentially loads to single-stranded DNA (ssDNA) in vitro and loads onto rDNA in vivo to support proper chromosome compaction. Thus, the actively transcribing rDNA would provide the ssDNA region for the topological loading of bacterial condensin. We attempted to detect the ssDNA region in the <italic>rrnI</italic> gene in situ. Non-denaturing sodium bisulfite treatment catalyzed the conversion of cytosines to thymines via uracils (CT-conversion) at locally melted DNA of a bacterial genome. Using next-generation sequencing, we generated an average of 11,000 reads covering each cytosine on the PCR-amplified rDNA segment to obtain the actual CT-conversion rate. In principle, the CT-conversion rate is an accurate guide to detect the formation of the ssDNA segment. We expected that an increment of the CT-conversion rate would reflect a trend toward ssDNA accumulation at a given site within the rDNA. We detected multiple ssDNA segments throughout the rDNA. The deletion mutations of the rDNA that affect the bacterial-condensin loading hindered the ssDNA formation only at the 100–500 bp segment downstream of the promoter. These data support the idea that the ssDNA segment plays a crucial role as the bacterial condensin-loading site and suggest the mechanism of condensin loading onto rDNA.

    DOI： 10.1101/2021.06.17.448897

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  • In Vivo and In Vitro Assay for Monitoring the Topological Loading of Bacterial Condensins on DNA

    Koichi Yano, Koichiro Akiyama, Hironori Niki

    Methods in Molecular Biology   181 - 196   2019年5月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Springer New York  

    DOI： 10.1007/978-1-4939-9520-2_14

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  • Multiple cis-Acting rDNAs Contribute to Nucleoid Separation and Recruit the Bacterial Condensin Smc-ScpAB 査読有り

    Koichi Yano, Hironori Niki

    CELL REPORTS21 ( 5 ) 1347 - 1360   2017年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2017.10.014

    PubMed

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  • In vitro topological loading of bacterial condensin MukB on DNA, preferentially single-stranded DNA rather than double-stranded DNA 査読有り

    Hironori Niki, Koichi Yano

    SCIENTIFIC REPORTS6   29469   2016年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/srep29469

    PubMed

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  • Ribosome dimerization is essential for the efficient regrowth of Bacillus subtilis 査読有り

    Genki Akanuma, Yuka Kazo, Kazumi Tagami, Hirona Hiraoka, Koichi Yano, Shota Suzuki, Ryo Hanai, Hideaki Nanamiya, Yasuyuki Kato-Yamada, Fujio Kawamura

    MICROBIOLOGY-SGM162 ( 3 ) 448 - 458   2016年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1099/mic.0.000234

    PubMed

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  • Growth and sporulation defects in Bacillus subtilis mutants with a single rrn operon can be suppressed by amplification of the rrn operon 査読有り

    Koichi Yano, Kenta Masuda, Genki Akanuma, Tetsuya Wada, Takashi Matsumoto, Yuh Shiwa, Taichiro Ishige, Hirofumi Yoshikawa, Hironori Niki, Takashi Inaoka, Fujio Kawamura

    MICROBIOLOGY-SGM162 ( 1 ) 35 - 45   2016年1月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1099/mic.0.000207

    PubMed

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  • Multiple rRNA operons are essential for efficient cell growth and sporulation as well as outgrowth in Bacillus subtilis 査読有り

    Koichi Yano, Tetsuya Wada, Shota Suzuki, Kazumi Tagami, Takashi Matsumoto, Yuh Shiwa, Taichiro Ishige, Yasuhiro Kawaguchi, Kenta Masuda, Genki Akanuma, Hideaki Nanamiya, Hironori Niki, Hirofumi Yoshikawa, Fujio Kawamura

    MICROBIOLOGY-SGM159   2225 - 2236   2013年11月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1099/mic.0.067025-0

    PubMed

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  • rRNA (rrn) operon-engineered Bacillus subtilis as a feasible test organism for antibiotic discovery 査読有り

    Yukinori Tanaka, Hideaki Nanamiya, Koichi Yano, Koji Kakugawa, Fujio Kawamura, Kozo Ochi

    Antimicrobial Agents and Chemotherapy57 ( 4 ) 1948 - 1951   2013年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：4  

    DOI： 10.1128/AAC.02604-12

    Scopus

    PubMed

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  • Single mutations introduced in the essential ribosomal proteins L3 and S10 cause a sporulation defect in Bacillus subtilis 査読有り

    Genki Akanuma, Shota Suzuki, Koichi Yano, Hideaki Nanamiya, Yousuke Natori, Eri Namba, Kazuya Watanabe, Kazumi Tagami, Takuya Takeda, Yuka Iizuka, Ako Kobayashi, Morio Ishizuka, Hirofumi Yoshikawa, Fujio Kawamura

    JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY59 ( 2 ) 105 - 117   2013年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.2323/jgam.59.105

    PubMed

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  • Inactivation of Ribosomal Protein Genes in Bacillus subtilis Reveals Importance of Each Ribosomal Protein for Cell Proliferation and Cell Differentiation 査読有り

    Genki Akanuma, Hideaki Nanamiya, Yousuke Natori, Koichi Yano, Shota Suzuki, Shuya Omata, Morio Ishizuka, Yasuhiko Sekine, Fujio Kawamura

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY194 ( 22 ) 6282 - 6291   2012年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1128/JB.01544-12

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  • Bacillus subtilis RNA polymerase incorporates digoxigenin-labeled nucleotide in vitro 査読有り

    Koichi Yano, Yee Lii Mien, Yoshito Sadaie, Kei Asai

    JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY57 ( 3 ) 153 - 157   2011年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.2323/jgam.57.153

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  • The Genome of Bacillus subtilis Phage SP10: A Comparative Analysis with Phage SPO1 査読有り

    Lii Mien Yee, Takashi Matsumoto, Koichi Yano, Satoshi Matsuoka, Yoshito Sadaie, Hirofumi Yoshikawa, Kei Asai

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY75 ( 5 ) 944 - 952   2011年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.100921

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  • Heterologous Expression of the Oceanobacillus iheyensis SigW and Its Anti-Protein RsiW in Bacillus subtilis 査読有り

    Koichi Yano, Hiromi Inoue, Hirokazu Mori, Lii Mien Yee, Satoshi Matsuoka, Yoshito Sadaie, Kei Asai

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY75 ( 5 ) 966 - 975   2011年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.110035

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  • Inhibitory effect of prophage SPβ fragments on phage SP10 ribonucleotide reductase function and its multiplication in Bacillus subtilis. 査読有り

    Yee LM, Matsuoka S, Yano K, Sadaie Y, Asai K

    Genes & genetic systems86 ( 1 ) 7 - 18   2011年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1266/ggs.86.7

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MISC

  • DNA修復因子が司る出芽酵母レトロトランスポゾンのサイレンシング機構

    増本博司, 武藤秀樹, 黒崎陽平, 矢野晃一, 仁木宏典

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)44th   2021年

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  • バクテリアコンデンシンがロードするrDNAに生じる一本鎖DNA領域の1塩基レベルでの同定

    矢野晃一, 野口英樹, 仁木宏典

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)42nd   2019年

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  • A new aspect of rRNA genes; involvement in origin resolution by DNA condensation

    Hironori Niki, Koichi Yano

    GENES & GENETIC SYSTEMS90 ( 6 ) 403 - 403   2015年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Molecular genetic analysis of the function of rRNA in Bacillus subtilis

    Koichi Yano, Eri Namba, Rie Sekine, Shota Suzuki, Kazumi Tagami, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS87 ( 6 ) 410 - 410   2012年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Development of high expression Bacillus subtilis system using a ribosome possessing an altered Shine-Dalgarno sequence

    Takuya Takeda, Koichi Yano, Shota Suzuki, Eri Nanba, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS87 ( 6 ) 432 - 432   2012年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Analysis of the degradation of rRNA during an early stage of sporulation in Bacillus subtilis

    Kazuya Watanabe, Koichi Yano, Kazumi Tagami, Eri Namba, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS87 ( 6 ) 432 - 432   2012年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Regulatory for the dimerization of ribosome by a small (p) ppGpp synthetase, YwaC, in Delta relA Delta yjbM Delta ywaC triple mutant of Bacillus subtilis

    Kazumi Tagami, Koichi Yano, Yuka Kazo, Masahiro Hoshiya, Yoshiaki Ohashi, Hideaki Nanamiya, Yasuo Onishi, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS86 ( 6 ) 419 - 419   2011年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Functional analysis of mutants deleting the 16S rRNA helix 9 in Bacillus subtilis

    Shota Suzuki, Eri Namba, Takuya Takeda, Koichi Yano, Yasuhiko Sekine, Fujio Kawamura

    GENES & GENETIC SYSTEMS86 ( 6 ) 420 - 420   2011年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Comparative analysis of SigW-YbbM system between Bacillus subtilis and Oceanobacillus iheyensis

    Koichi Yano, Kei Asai

    GENES & GENETIC SYSTEMS85 ( 6 ) 424 - 424   2010年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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  • Comparative analysis of extracytoplasmic function sigma factor among genus Bacillus

    Koichi Yano, Hirokazu Mori, Kei Asai

    GENES & GENETIC SYSTEMS84 ( 6 ) 453 - 453   2009年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）  

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書籍等出版物

  • In Vivo and In Vitro Assay for Monitoring the Topological Loading of Bacterial Condensins on DNA

    矢野晃一（ 担当： 共著）

    2019年 

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講演・口頭発表等

  • The cruciform-centered region inside budding yeast Ty1 retrotransposon manages two distinct transcriptional modes: the gene silencing and the activation of Ty1 transcription

    Hiroshi Masumoto, Miki Hanasaki, Hideki Muto, Koichi Yano, Hironori Niki

    Cold Spring Harbor Symposium  2020年10月6日 

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    開催年月日： 2020年10月6日 - 2020年10月9日

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  • レトロトランスポゾンTy1中のDNAのcruciform構造を中心とした遺伝子サイレンシング機構

    鼻崎美紀, 武藤秀樹, 矢野晃一, 仁木宏典, 増本博司

    酵母遺伝学フォーラム  2020年9月7日 

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    開催年月日： 2020年9月7日 - 2020年9月9日

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  • バクテリアコンデンシンがロードするrDNAに生じる一本鎖DNA領域の1塩基レベルでの同定

    矢野晃一, 野口英樹, 仁木宏典

    第42回日本分子生物学会年会  2019年12月3日 

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    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • コンデンシンがロードするrDNA領域に生じる一本鎖DNAの1塩基レベルでの検出

    矢野晃一, 野口英樹, 仁木宏典

    第２５回DNA複製・組換え・修復ワークショップ  2019年11月9日 

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    開催年月日： 2019年11月9日 - 2019年11月11日

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  • Cis-acting rDNA acts as a loading site for Smc-ScpAB during nucleoid separation in Bacillus subtilis

    Koichi Yano, Hironori Niki

    2017年6月11日 

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    開催年月日： 2017年6月11日 - 2017年6月16日

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Multiple cis-acting rDNAs contribute to nucleoid separation by loading of condensin, Smc-ScpAB

    Koichi Yano, Hironori Niki

    Gordon Research Conferences  2017年5月21日 

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    開催年月日： 2017年5月21日 - 2017年5月26日

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 一本鎖rDNAを介したコンデンシンの染色体結合機構の解明

    国立遺伝学研究所  科研費（若手研究） 

    矢野晃一

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    2018年4月 - 2021年3月

    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

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