2025/05/01 更新

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フジモト　ユウジ
藤本　祐司
FUJIMOTO,YUJI
*大学が定期的に情報更新している項目（その他は、researchmapの登録情報を転載）
所属*
理学部 生命理学科
職名*
助教
学内職務経歴*
  • 2025年4月 - 現在 
    理学部   生命理学科   助教
 

経歴

  • 2025年4月 - 現在 
    立教大学   理学部   助教

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  • 2022年4月 - 2025年3月 
    立教大学   理学部 生命理学科   日本学術振興会特別研究員(PD)

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  • 2019年4月 - 2022年3月 
    東京大学   大学院農学生命科学研究科 生産・環境生物学専攻   日本学術振興会特別研究員(DC1)

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学歴

  • 2017年4月 - 2022年3月 
    東京大学   大学院農学生命科学研究科   生産・環境生物学専攻

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  • 2013年4月 - 2017年4月 
    東京大学   農学部   応用生命科学課程応用生物学専修

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論文

  • Mechanisms that regulate the production of secondary siRNAs in plants. 国際誌

    Yuji Fujimoto, Hiro-Oki Iwakawa

    Journal of biochemistry   2023年9月26日

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Many organisms produce secondary small interfering RNAs (siRNAs) that are triggered by primary small RNAs to regulate various biological processes. Plants have evolved several types of secondary siRNA biogenesis pathways that play important roles in development, stress responses, and defense against viruses and transposons. The critical step of these pathways is the production of double-stranded RNAs by RNA-dependent RNA polymerases. This step is normally tightly regulated, but when its control is released, secondary siRNA production is initiated. In this article, we will review the recent advances in secondary siRNA production triggered by microRNAs encoded in the genome and siRNAs derived from invasive nucleic acids. In particular, we will focus on the factors, events, and RNA/DNA elements that promote or inhibit the early steps of secondary siRNA biogenesis.

    DOI： 10.1093/jb/mvad071

    PubMed

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  • Complete Genome Sequence of Clover Yellow Mosaic Virus Isolated from White Clover in Japan 査読有り

    Masato Suzuki, Nozomu Iwabuchi, Yuji Fujimoto, Takumi Suzuki, Oki Matsumoto, Tomohiro Neil Motohashi, Akio Miyazaki, Kensaku Maejima, Shigetou Namba, Yasuyuki Yamaji

    Microbiology Resource Announcements11 ( 6 )   2022年6月16日

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    Clover yellow mosaic virus (ClYMV) infecting white clover was isolated in Japan, and the complete genome sequence was determined.

    DOI： 10.1128/mra.00324-22

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  • Short 5′ Untranslated Region Enables Optimal Translation of Plant Virus Tricistronic RNA via Leaky Scanning 査読有り 国際誌

    Yuji Fujimoto, Takuya Keima, Masayoshi Hashimoto, Yuka Hagiwara-Komoda, Naoi Hosoe, Shuko Nishida, Takamichi Nijo, Kenro Oshima, Jeanmarie Verchot, Shigetou Namba, Yasuyuki Yamaji

    Journal of Virology96 ( 7 ) e0214421   2022年3月9日

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    Potexvirus , a group of plant viruses, infect a variety of crops, including cultivated crops. It has been thought that the three transition proteins that are essential for the cell-to-cell transfer of potexviruses are translated from two subgenomic RNAs, sgRNA1 and sgRNA2.

    DOI： 10.1128/jvi.02144-21

    PubMed

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  • Functional conservation of EXA1 among diverse plant species for the infection by a family of plant viruses. 査読有り 国際誌

    Akira Yusa, Yutaro Neriya, Masayoshi Hashimoto, Tetsuya Yoshida, Yuji Fujimoto, Naoi Hosoe, Takuya Keima, Kai Tokumaru, Kensaku Maejima, Osamu Netsu, Yasuyuki Yamaji, Shigetou Namba

    Scientific reports9 ( 1 ) 5958 - 5958   2019年4月11日

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Since the propagation of plant viruses depends on various host susceptibility factors, deficiency in them can prevent viral infection in cultivated and model plants. Recently, we identified the susceptibility factor Essential for poteXvirus Accumulation 1 (EXA1) in Arabidopsis thaliana, and revealed that EXA1-mediated resistance was effective against three potexviruses. Although EXA1 homolog genes are found in tomato and rice, little is known about which viruses depend on EXA1 for their infection capability and whether the function of EXA1 homologs in viral infection is conserved across multiple plant species, including crops. To address these questions, we generated knockdown mutants using virus-induced gene silencing in two Solanaceae species, Nicotiana benthamiana and tomato. In N. benthamiana, silencing of an EXA1 homolog significantly compromised the accumulation of potexviruses and a lolavirus, a close relative of potexviruses, whereas transient expression of EXA1 homologs from tomato and rice complemented viral infection. EXA1 dependency for potexviral infection was also conserved in tomato. These results indicate that EXA1 is necessary for effective accumulation of potexviruses and a lolavirus, and that the function of EXA1 in viral infection is conserved among diverse plant species.

    DOI： 10.1038/s41598-019-42400-w

    PubMed

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  • The Plant Noncanonical Antiviral Resistance Protein JAX1 Inhibits Potexviral Replication by Targeting the Viral RNA-Dependent RNA Polymerase 査読有り

    Yoshida Tetsuya, Shiraishi Takuya, Hagiwara-Komoda Yuka, Komatsu Ken, Maejima Kensaku, Okano Yukari, Fujimoto Yuji, Yusa Akira, Yamaji Yasuyuki, Namba Shigetou

    JOURNAL OF VIROLOGY93 ( 3 ) e01506-18   2019年2月

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    Highlighted in "Articles of Significant Interest in This Issue" (JVI Spotlight)

    DOI： 10.1128/JVI.01506-18

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  • Transfection of Protoplasts Prepared from Arabidopsis thaliana Leaves for Plant Virus Research. 査読有り 国際誌

    Naoi Hosoe, Takuya Keima, Yuji Fujimoto, Yuka Hagiwara-Komoda, Masayoshi Hashimoto, Kensaku Maejima, Shigetou Namba, Yasuyuki Yamaji

    Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)2028   145 - 151   2019年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Plant viruses use numerous host factors for efficient replication of the viral genome. Protoplasts, plant cells from which cell walls are removed, are the useful system to analyze the virus translation and replication in vivo. Here, we report a protocol for preparation of protoplasts from Arabidopsis thaliana leaves and transfection of plasmids to the protoplasts. Protoplasts isolated from the loss-of-function mutant of viral host factor(s) would be helpful to analyze the function of host factors in virus infection cycles.

    DOI： 10.1007/978-1-4939-9635-3_8

    PubMed

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  • First report of 'Candidatus Phytoplasma pruni' infecting cassava in Japan 査読有り

    Hiroaki Koinuma, Akio Miyazaki, Renya Wakaki, Yuji Fujimoto, Nozomu Iwabuchi, Takamichi Nijo, Yugo Kitazawa, Toshiro Shigaki, Kensaku Maejima, Yasuyuki Yamaji, Shigetou Namba

    JOURNAL OF GENERAL PLANT PATHOLOGY84 ( 4 ) 300 - 304   2018年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：SPRINGER JAPAN KK  

    Phytoplasmas are a threat to cassava production, but have not been found from cassava in Japan. Here, we present the discovery of phytoplasma in asymptomatic plants propagated in Japan. A 16S rRNA gene sequence analysis showed that the phytoplasma was related to 'Candidatus Phytoplasma pruni'. Analyses based on 16S rRNA, secY, and ribosomal protein gene sequences revealed that the phytoplasma was closely related to phytoplasmas found in cassava in Latin America. Infected plants remained asymptomatic during cultivation for more than 11 months. This is the first molecular evidence of phytoplasma infection in cassava in Japan.

    DOI： 10.1007/s10327-018-0787-2

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  • Complete Genome Sequence of Lychnis Mottle Virus Isolated in Japan 査読有り

    Yuji Fujimoto, Takamichi Nijo, Naoi Hosoe, Kiyoto Watanabe, Kensaku Maejima, Yasuyuki Yamaji, Shigetou Namba

    Genome Announcements6 ( 25 )   2018年6月21日

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    ABSTRACT

    We report here the first complete genome sequence of a Japanese isolate of lychnis mottle virus (LycMoV-J). The genome segments of LycMoV-J have a unique structure in their 3′ untranslated regions, and the encoded proteins have the same structure as that of an isolate reported from South Korea.

    DOI： 10.1128/genomea.00535-18

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  • Complete genome sequence of the first isolate of hibiscus latent Singapore virus detected in Japan

    Tetsuya Yoshida, Yugo Kitazawa, Yutaro Neriya, Naoi Hosoe, Yuji Fujimoto, Yuka Hagiwara-Komoda, Kensaku Maejima, Yasuyuki Yamaji, Shigetou Namba

    Genome Announcements6 ( 7 )   2018年2月1日

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    The complete genome sequence of the first Japanese isolate of hibiscus latent Singapore virus (HLSV-J) was determined. The genomes of HLSV-J and a reported isolate from Singapore had only 86.7% nucleotide identity, while the encoded proteins shared amino acid identities of more than 95%.

    DOI： 10.1128/genomeA.00054-18

    Scopus

    PubMed

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  • Complete genome sequence of a Lily virus X isolate from Japan

    Takamichi Nijo, Yukari Okano, Masayoshi Kondo, Hiroaki Okuhara, Hiroyo Sekimura, Yuji Fujimoto, Naoi Hosoe, Kensaku Maejima, Yasuyuki Yamaji, Shigetou Namba

    Genome Announcements6 ( 4 )   2018年1月1日

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Society for Microbiology  

    The complete genome sequence of Lily virus X (LVX), which infects lilies, was determined for the first time from lilies in Japan. As with previous reports, the genome of the Japanese LVX isolate lacked an AUG start codon for the triple gene block protein 3-like region.

    DOI： 10.1128/genomeA.01462-17

    Scopus

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MISC

  • 植物の二次的小分子RNAの生成機構

    藤本 祐司, 岩川 弘宙

    生化学95 ( 3 ) 346 - 350   2023年6月25日

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：公益社団法人日本生化学会  

    DOI： 10.14952/seikagaku.2023.950346

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  • 植物ウイルスに対する翻訳開始因子を介した劣性抵抗性

    藤本 祐司, 橋本 将典, 山次 康幸

    ウイルス70 ( 1 ) 61 - 68   2020年

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   出版者・発行元：日本ウイルス学会  

    絶対寄生性の病原体である植物ウイルスは，そのゲノムに極めて限られた数の遺伝子しかコードせず，その感染過程において宿主植物細胞の様々な因子を利用している．これらの宿主因子をコードする遺伝子は植物のウイルスに対する感受性に関与することから感受性遺伝子とよばれる．感染に必須な感受性遺伝子が欠損あるいは変異した植物はウイルスに対して抵抗性を示す．このような抵抗性形質は劣性遺伝する特徴があるため劣性抵抗性と呼ばれ，既知の栽培作物においてマッピングされたウイルス抵抗性遺伝子座の約半数を占める．最もよく知られている感受性遺伝子は，翻訳開始因子の一種であるeukaryotic translation initiation factor (eIF)4Eファミリー遺伝子である．翻訳開始因子を介した植物ウイルスに対する劣性抵抗性に関する知見は数多く存在するが，それらの多くは抵抗性という現象の観察のみにとどまっており，翻訳開始因子の機能にまで迫っている研究は比較的限られている．本稿では翻訳開始因子を介した劣性抵抗性について，そのメカニズムが解明された研究に焦点をおいて総説する．

    DOI： 10.2222/jsv.70.61

    PubMed

    CiNii Article

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    その他リンク： https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19J23080/

講演・口頭発表等

  • 二次的siRNA生成におけるSGS3のN末端プリオン様ドメインの機能解析

    藤本祐司, 櫻井友理希, 庄司佳祐, 吉川学, 岩川弘宙

    第12回植物RNA研究者ネットワークシンポジウム  2024年12月16日 

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    開催年月日： 2024年12月15日 - 2024年12月16日

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 植物の二次的siRNA生成におけるSGS3のN末端プリオン様ドメインの機能解析

    藤本祐司, 櫻井友理希, 庄司佳祐, 吉川学, 岩川弘宙

    第47回日本分子生物学会年会  2024年11月28日 

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    開催年月日： 2024年11月26日 - 2024年11月29日

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Elucidation of the role of the N-terminal prion-like domain of SGS3 in plant seconadary siRNA biogeneis

    Yuji Fujimoto, Yuriki Sakurai, Keisuke Shoji, Manabu Yoshikawa, Hiro-oki Iwakawa

    The 25th Annual Meeting of the RNA Society of Japan  2024年6月26日 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • ポテックスウイルスの３つの移行タンパク質の翻訳機構

    藤本祐司, 桂馬拓也, 橋本将典, 薦田(萩原)優香, 細江尚唯, 西田萩子, 二條貴通, 大島研郎Jeanmarie Verchot, 難波成任, 山次康幸

    第70回日本ウイルス学会学術集会  2023年9月27日 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

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  • ポテックスウイルスの3つの移行タンパク質の翻訳機構

    藤本祐司, 桂馬拓也, 橋本将典, 薦田(萩原)優香, 細江尚唯, 西田萩子, 二條貴通, 大島研郎, Jeanmarie Verchot, 難波成任, 山次康幸

    令和5年度日本植物病理学会大会  2023年3月27日 

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    開催年月日： 2023年3月27日 - 2023年3月29日

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • Short 5' untranslated region enables optimal translation of plant virus tricistronic RNA via leaky scanning

    第23回日本RNA学会年会  2022年7月21日 

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    開催年月日： 2022年7月20日 - 2022年7月22日

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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所属学協会

  • 2019年5月 - 現在 
    日本RNA学会

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  • 2018年6月 - 現在 
    日本植物生理学会

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  • 2017年1月 - 現在 
    日本植物病理学会

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共同研究・競争的資金等の研究

  • 反応場の情報を統合した植物RISC形成機構の解明

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 

    藤本 祐司

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    2022年4月 - 2025年3月

    課題番号：22J01347

    配分額：5200000円 （ 直接経費：4000000円 、 間接経費：1200000円 ）

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  • 翻訳開始因子を介した植物ウイルスに対する劣性抵抗性機構の統一的理解

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 

    藤本 祐司

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    2019年4月 - 2022年3月

    課題番号：19J23080

    配分額：3400000円 （ 直接経費：3400000円 ）

    食糧の安定的な生産を実現するため、植物ウイルスの防除技術の開発、改善は非常に重要である。本研究では、すでに栽培作物においても数多く見出されているeIF4Eなどの翻訳開始因子の欠損による劣性抵抗性の分子機構を解明することを目的として研究を行なっている。今年度は無細胞翻訳系の翻訳活性検討を行い、その活性を確認するとともに、変異体に対する相補系統作成を行った。
    これまでにeIF4Eファミリータンパクの欠損により発現する劣性抵抗性の分子機構は多様である。これまでに抵抗性の発現メカニズムに迫った研究例を整理し、これを総説として日本ウイルス学会の学会誌「ウイルス」に発表した。
    さらに優勢抵抗性遺伝子JAX1がトマトにおいて広範なポテックスウイルスに対する抵抗性を付与することを見出し、この成果は日本植物病理学会にて口頭発表された。今後は無細胞翻訳系を用いて抵抗性の標的タンパクを探索するとともに、関連因子の網羅的解析を行い、翻訳開始因子のウイルス感染時の機能を解析することが期待される。また、作出した相補系統に対する接種試験も予定している。

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