研究者詳細 - 望月　祐志

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モチヅキ　ユウジ

望月　祐志

MOCHIZUKI Yuji

*大学が定期的に情報更新している項目（その他は、researchmapの登録情報を転載）

所属*

理学部化学科
理学研究科化学専攻博士課程後期課程
理学研究科化学専攻博士課程前期課程

職名*

教授

学位

理学博士（北海道大学）

ホームページ

http://www2.rikkyo.ac.jp/~fullmoon/top.html

研究キーワード

計算化学

量子化学

Fragment Molecular Orbital (FMO)

フラグメント分子軌道法

ABINIT-MP プログラム

スーパーコンピュータ

並列処理

生体分子

マルチスケールシミュレーション

散逸粒子動力学

機械学習

量子コンピュータ

化学情報教育

担当科目*

2025年度

学内職務経歴*

2010年4月 - 現在

理学部化学科教授
2010年4月 - 現在

理学研究科化学専攻博士課程前期課程教授
2010年4月 - 現在

理学研究科化学専攻博士課程後期課程教授
2007年4月 - 2010年3月

理学部化学科准教授
2007年4月 - 2010年3月

理学研究科化学専攻博士課程前期課程准教授
2007年4月 - 2010年3月

理学研究科化学専攻博士課程後期課程准教授
2006年4月 - 2007年3月

理学部化学科助教授
2006年4月 - 2007年3月

理学研究科化学専攻博士課程前期課程助教授
2006年4月 - 2007年3月

理学研究科化学専攻博士課程後期課程助教授

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外部リンク

プロフィール

フラグメント分子軌道(FMO)法プログラムABINIT-MPの取り纏め役（電子相関、励起状態系モジュールの開発者、高速化と超大規模系対応の推進責任者）。 URL:<http://www.cenav.org/abinit-mp-open_ver-2-rev-8/>
FMO応用計算の他、粗視化シミュレーションとの連携によるナノ-メゾのマルチスケールシミュレーション手法、機械学習の応用、ならびに量子コンピュータの基礎的利用（シミュレータ含む）も手がける。また、化学情報教育にも関心を持っている。

研究分野

ナノテク・材料 / 基礎物理化学 / 量子化学、理論化学、HPC、機械学習、タンパク質、DNA

経歴

2017年4月 - 現在

東京大学生産技術研究所リサーチフェロー

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2010年4月 - 現在

立教大学理学研究科化学専攻博士課程後期課程教授

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2010年4月 - 現在

立教大学理学研究科化学専攻博士課程前期課程教授

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2010年4月 - 現在

立教大学理学部化学科教授

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2006年4月 - 2017年3月

東京大学生産技術研究所非常勤研究員

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2007年4月 - 2010年3月

立教大学理学部化学科准教授

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2006年4月 - 2007年3月

立教大学理学部化学科助教授

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2003年2月 - 2006年3月

アドバンスソフト（株）研究開発センター主任研究員

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2000年7月 - 2003年1月

（財）高度情報科学技術研究機構研究員

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1997年10月 - 2000年6月

（科学技術振興事業団）日本原子力研究所計算科学技術推進センター特別研究員

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1990年4月 - 1997年9月

NEC（株）基礎研究所研究員

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学歴

- 1990年3月

北海道大学理学研究科化学第二専攻

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国名：日本国

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- 1987年3月

北海道大学理学研究科化学第二専攻

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国名：日本国

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- 1985年3月

北海道大学理学部化学第二学科

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国名：日本国

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受賞

2020年3月

日本コンピュータ化学会 2019年度学会賞

望月祐志

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2004年7月

CBI学会ポスター賞 FMO法の発展： MP2法による電子相関の導入

望月祐志

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論文

Prediction of quantitative interaction energy from low-cost FMO calculation by machine learning 査読有り

Hideo Doi, Ryohei Yoshine, Sota Matsuoka, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki

Japanese Journal of Applied Physics 2025年7月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：応用物理学会

DOI： 10.35848/1347-4065/ade8c5

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Extension of the K-orbital method and its demonstration in conjunction with spin-adapted large-scale parallelized CASCI 査読有り

Kiyoshi Tanaka, Takeshi Ishikawa, Yuji Mochzuki

Chemistry Letters54 upaf112 2025年6月12日

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Feature vectorization of microphase-separated structures in polymeric materials using dissipative particle dynamics and persistent homology for machine learning applications 査読有り国際誌

Yukito Higashi, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Tsuyohiko Fujigaya, Koichiro Kato

Digital Discovery4 1339 - 1351 2025年5月2日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D4DD00376D

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Concurrent processing of VQE-UCCSD calculations with the FMO scheme 国際誌

Hideo Doi, Kenji Sugisaki, Tatsuya Nakano, Takahiro Katagiri, Yuji Mochizuki

ChemRxiv 2025年3月6日

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.26434/chemrxiv-2025-wxq8d

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FMO-based interaction analysis on DEET/icaridin - AgamOBP1 complex 査読有り

Kazuki Akisawa, Yurina Sakuma, Akiko Tsukamoto, Hideo Doi, Koji Okuwaki, Yoshinori Hirano, Eiji Yamamoto, Kenji Yasuoka, Yuji Mochizuki

Chemistry Letters54 ( 2 ) upaf030 2025年2月27日

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本化学会

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その他リンク： https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/67124819cec5d6c142820790
Large-scale FMO-MP2 calculations of the spike protein droplet model 査読有り国際誌

Hideo Doi, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Kazuki Akisawa, Koji Okuwaki, Yoshinori Hirano, Eiji Yamamoto, Kenji Yasuoka, Satoshi Ohshima, Takahiro Katagiri, Yuji Mochizuki

J. Comp. Chem.46 e70052 2025年2月5日

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.70052
Geometry Optimization Using the Frozen Domain and Partial Dimer Approaches in the Fragment Molecular Orbital Method: Implementation, Benchmark, and Applications to Protein Ligand-Binding Sites 査読有り

Koji Okuwaki, Naoki Watanabe, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Naofumi Nakayama, Akifumi Kato, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

Journal of Chemical Information and Modeling64 ( 24 ) 9449 - 9458 2024年12月2日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jcim.4c01280

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その他リンク： https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/6695124001103d79c511667f
Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital-based Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulation 査読有り

Tatsuya NAKANO, Yoshio OKIYAMA, Katsunori SEGAWA, Yoshiro SAITO, Yuji MOCHIZUKI, Yuto KOMEIJI

Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition10 ( 2023-0038 ) 1 - 8 2024年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccjie.2023-0038

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その他リンク： https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccjie/10/0/10_2023-0038/_pdf
DPD simulation to reproduce lipid membrane microdomains based on fragment molecular orbital calculations 査読有り

Hideo Doi, Yushi Osada, Yusuke Tachino, Koji Okuwaki, Melvin Wei Shern Goh, Ryugo Tero, Yuji Mochizuki

Applied Physics Express17 055001 2024年5月

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.35848/1882-0786/ad4955

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Size-consistency and orbital-invariance issues revealed by VQE-UCCSD calculations with the FMO scheme 査読有り国際誌

Kenji Sugisaki, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki

J. Comp. Chem.45 2204 - 2213 2024年5月

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.27438

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その他リンク： https://arxiv.org/abs/2402.17993
Prediction of Binding Pose and Affinity of Nelfinavir, a SARS-CoV-2 Main Protease Repositioned Drug, by Combining Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations 査読有り国際誌

Yuma Handa, Koji Okuwaki, Yusuke Kawashima, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka, Takayuki Furuishi, Etsuo Yonemochi, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

The Journal of Physical Chemistry B128 ( 10 ) 2249 - 2265 2024年3月4日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：ACS

DOI： 10.1021/acs.jpcb.3c05564

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Towards tailoring hydrophobic interaction with uranyl(VI) oxygen for C-H activation 査読有り国際誌

Satoru Tsushima, Jérôme Kretzschmar, Hideo Doi, Koji Okuwaki, Masashi Kaneko, Yuji Mochizuki, Koichiro Takao

Chem. Comm.60 4769 - 4772 2024年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D4CC01030B

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Enhancement of energy decomposition analysis in fragment molecular orbital calculations 査読有り国際誌

Sota Matsuoka, Kota Sakakura, Yoshinobu Akinaga, Kazuki Akisawa, Koji Okuwaki, Hideo Doi, Yuji Mochizuki

J. Comp. Chem.45 898 - 902 2024年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Development of reverse mapping system bridging dissipative particle dynamics and fragment molecular orbital calculation 査読有り

Koji Okuwaki, Hideo Doi, Taku Ozawa, Yuji Mochizuki

Japanese Journal of Applied Physics62 ( 11 ) 110902 2023年10月23日

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担当区分：最終著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：IOP Publishing

Abstract

We have developed a reverse mapping system to convert mesoscale structures generated by dissipative particle dynamics (DPD) simulations into nanoscale structures. This system is called DSRMS (DPD-based Structure Reverse Mapping System) and is controlled by Python3 scripts using OCTA's COGNAC program for DPD and molecular dynamics (MD). The restored structures can be subjected to fragment molecular orbital (FMO) calculations using the ABINIT-MP program for detailed nanoscale interaction analysis. Polyelectrolyte and lipid membranes have been used as illustrative example.

DOI： 10.35848/1347-4065/ad0601

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その他リンク： https://iopscience.iop.org/article/10.35848/1347-4065/ad0601/pdf
Bayesian phase difference estimation algorithm for direct calculation of fine structure splitting: accelerated simulation of relativistic and quantum many-body effects 査読有り

Kenji Sugisaki, Srinivasa Prasannaa, Satoshi Ohshima, Takahiro Katagiri, Yuji Mochizuki, Bijaya Kumar Sahoo, Bhanu Pratap Das

Electronic Structure5 ( 3 ) 035006 2023年9月12日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：IOP Publishing

Abstract

Despite rapid progress in the development of quantum algorithms in quantum computing as well as numerical simulation methods in classical computing for atomic and molecular applications, no systematic and comprehensive electronic structure study of atomic systems that covers almost all of the elements in the periodic table using a single quantum algorithm has been reported. In this work, we address this gap by implementing the recently-proposed quantum algorithm, the Bayesian Phase Difference Estimation (BPDE) approach, to determine fine structure splittings of a wide range of boron-like atomic systems. Since accurate estimate of fine structure splittings strongly depend on the relativistic as well as quantum many-body effects, our study can test the potential of the BPDE approach to produce results close to the experimental values. Our numerical simulations reveal that the BPDE algorithm, in the Dirac–Coulomb–Breit framework, can predict fine structure splittings of ground states of the considered systems quite precisely. We performed our simulations of relativistic and electron correlation effects on Graphics Processing Unit by utilizing NVIDIA’s cuQuantum, and observe a ×42.7 speedup as compared to the Central Processing Unit-only simulations in an 18-qubit active space.

DOI： 10.1088/2516-1075/acf909

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その他リンク： https://iopscience.iop.org/article/10.1088/2516-1075/acf909/pdf
Dissipative particle dynamics simulation for peptoid nanosheet with non-empirical parameter set 査読有り

Yusuke Tachino, Koji Okuwaki, Hideo Doi, Kazuki Akisawa, Yuji Mochizuki

Japanese Journal of Applied Physics62 ( 9 ) 090902 2023年8月23日

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：IOP Publishing

Abstract

Peptoids are biomimetic materials in which the substituent groups are located on the nitrogen atom of the peptide bond, facilitating the formation of nanosheet structures as reported by Mannige et al. (Nature, 526 (2015) 415). Dissipative particle dynamics (DPD) simulations were performed to investigate the aggregation stability of peptoids with different unit lengths. The crucial effective interaction parameters were determined by fragment molecular orbital (FMO) calculations, which allowed to evaluate different molecular interactions (electrostatic and dispersion) in a balanced way. The experimental observation of the unit length dependence was finally reproduced by this FMO-DPD method.

DOI： 10.35848/1347-4065/acf356

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その他リンク： https://iopscience.iop.org/article/10.35848/1347-4065/acf356/pdf
Machine learning to improve efficiency of non-empirical interaction parameter for dissipative particle dynamics (DPD) simulation 査読有り

Hideo Doi, Sota Matsuoka, Koji Okuwaki, Ryo Hatada, Soujiro Minami, Ryosuke Suhara, Yuji Mochizuki

Japanese Journal of Applied Physics62 ( 7 ) 070901 2023年7月7日

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：IOP Publishing

Abstract

We have attempted to use machine learning to streamline the calculation of non-empirical &#xD;parameters for use in dissipative particle dynamics (DPD) simulations. We replaced the &#xD;calculation of molecular interaction energies by the non-empirical molecular orbital method, &#xD;which requires a lot of computational resources, with predictions by machine learning. We &#xD;developed two methods for prediction replacement, which are a 1-step method and a 2-step &#xD;method. The prediction accuracy of the results obtained with these methods was investigated. &#xD;A reduction of about half of the computational cost was expected.

DOI： 10.35848/1347-4065/ace575

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その他リンク： https://iopscience.iop.org/article/10.35848/1347-4065/ace575/pdf
Bifurcated Hydrogen Bonds in a Peptide Crystal Unveiled by X-ray Diffraction and Polarized Raman Spectroscopy 査読有り

Kazunori Motai, Nao Koishihara, Takuma Narimatsu, Hiroyoshi Ohtsu, Masaki Kawano, Yuki Wada, Kazuki Akisawa, Koji Okuwaki, Takehiko Mori, Ji-Seon Kim, Yuji Mochizuki, Yuhei Hayamizu

Crystal Growth & Design23 ( 6 ) 4556 - 4561 2023年5月10日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

DOI： 10.1021/acs.cgd.3c00302

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Practical Computational Chemistry Course for a Comprehensive Understanding of Organic, Inorganic, and Physical Chemistry: From Molecular Interactions to Chemical Reactions 査読有り国際誌

Nahoko Kuroki, Yuji Mochizuki, Hirotoshi Mori

J. Chem. Educ.100 ( 2 ) 647 - 654 2023年1月4日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：ACS

DOI： 10.1021/acs.jchemed.2c00837

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Lattice Folding Simulation of Peptide by Quantum Computation 査読有り

Rui SAITO, Koji OKUWAKI, Yuji MOCHIZUKI, Ryutaro NAGAI, Takumi KATO, Kenji SUGISAKI, Yuichiro MINATO

Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition9 ( 2022 ) 2036 2023年

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan

DOI： 10.2477/jccjie.2022-0036

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Variational quantum eigensolver simulations with the multireference unitary coupled cluster ansatz: a case study of the C2v quasi-reaction pathway of beryllium insertion into a H2 molecule 査読有り国際誌

Kenji Sugisaki, Takumi Kato, Yuichiro Minato, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki

Phys. Chem. Chem. Phys.24 8439 - 8452 2022年3月15日

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：RSC

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その他リンク： https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/60d448e8926ad00c6e02e5c3
Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method 査読有り

Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

Applied Physics Express15 017001 2021年12月24日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：応用物理学会

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Interaction Analysis on the SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain Using Visualization of the Interfacial Electrostatic Complementarity 査読有り

Takeshi Ishikawa, Hiroki Ozono, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki

J. Phys. Chem. Lett.12 11267 - 11272 2021年11月12日

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jpclett.1c02788

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Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on Complexes Between SARS-CoV-2 RBD Variants and ACE2 査読有り

Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Shun Kitahara, Yusuke Tachino, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

Jpn. J. Appl. Phys.60 ( 9 ) 090901 2021年8月13日

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.35848/1347-4065/ac1857.

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その他リンク： https://doi.org/10.26434/chemrxiv.14318459.v1
Towards Accurate Description of Chemical Reaction Energetics by Using Variational Quantum Eigensolver: A Case Study of the C2v Quasi-Reaction Pathway of Beryllium Insertion to H2 Molecule

Kenji Sugisaki, Takumi Kato, Yuichiro Minato, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki

2021年6月25日

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.26434/chemrxiv-2021-w7n78

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Dynamical Cooperativity of Ligand-Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

Shigenori Tanaka, Shusuke Tokutomi, Ryo Hatada,, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki

J. Phys. Chem. B125 ( 24 ) 6501 - 6512 2021年6月14日

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

By the splendid advance in computation power realized with Fugaku supercomputer, it has become
possible to perform ab initio fragment molecular orbital (FMO) calculations for thousands of
dynamical structures of a protein-ligand complex in a parallelized way. We have thus carried out the
electron-correlated FMO calculations for a complex of the 3C-like (3CL) main protease (Mpro) of the
new coronavirus (SARS-CoV-2) and its inhibitor N3 incorporating the structural fluctuations sampled
by classical molecular dynamics (MD) simulation in hydrated condition. Along with a statistical
evaluation of inter-fragment interaction energies (IFIEs) between the N3 ligand and surrounding
amino-acid residues for a thousand of dynamical structure samples, we have applied in this study a
novel approach based on the principal component analysis (PCA) and the singular value
decomposition (SVD) to the analysis of IFIE data in order to extract the dynamically cooperative
interactions between the ligand and residues. We have found that the relative importance of each
residue is modified via the structural fluctuations and that the ligand is bound in the pharmacophore
in a dynamical manner through collective interactions formed by multiple residues, thus providing a
new insight into structure-based drug discovery

DOI： 10.1021/acs.jpcb.1c03043

DOI： 10.26434/chemrxiv.13775182.v1

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Density-Matrix Based Scheme of Basis Selection for Linear Combination of Fragment Molecular Orbitals 査読有り国際誌

Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Masanori Yamanaka, Shigenori Tanaka

J. Phys. Soc. Jpn.90 ( 6 ) 064301 - 064301 2021年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本物理学会

DOI： 10.7566/JPSJ.90.064301

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分子動力学計算とFMO計算を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬との結合性予測

半田佑磨, 川嶋裕介, 畑田崚, 奥脇弘次, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 本間光貴, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会年会要旨集141年会 27V04 - am12S 2021年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本薬学会

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Interaction analyses of SARS-CoV-2 spike protein based on fragment molecular orbital calculations 査読有り国際誌

Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

RSC Advances11 ( 6 ) 3272 - 3279 2021年1月14日

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1039/D0RA09555A

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その他リンク： https://chemrxiv.org/articles/preprint/Interaction_Analyses_on_SARS-CoV-2_Spike_Protein_Based_on_Large-Scale_Correlated_Fragment_Molecular_Orbital_Calculations/12941606
Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation 査読有り

Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

Applied Physics Express14 027003 2021年1月

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担当区分：責任著者記述言語：英語

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Extension to Multiscale Simulations 招待有り

Koji Okuwaki, Taku Ozawa, Yuji Mochizuki

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method 529 - 546 2021年1月

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担当区分：最終著者

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Modeling of Solid and Surface

Koichiro Kato, Aya Hashimoto, Eiichi Tamiya, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Ishikawa, Yuji Mochizuki

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method 407 - 424 2021年1月

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担当区分：最終著者

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The ABINIT-MP Program 招待有り

Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Yoshio Okiyama, Hiromasa Watanabe, Koichiro Kato, Yoshinobu Akinaga, Shinya Sato, Jun-inchi Yamamoto, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Takeshi Ishikawa, Yuto Komeiji, Yuji Kato, Naoki Watanabe, Takashi Tsukamoto, Hirotoshi Mori, Koji Okuwaki, Shigenori Tanaka, Akifumi Kato, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method 53 - 67 2021年1月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：Springer Singapore

DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_4

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Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital (FMO) Method 査読有り

Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Katsunori Segawa, Yuji Mochizuki

Bull. Chem. Soc. Jpn.94 ( 1 ) 91 - 96 2021年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：The Chemical Society of Japan

DOI： 10.1246/bcsj.20200227

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Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease - Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7). 査読有り国際誌

Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

Journal of chemical information and modeling60 ( 7 ) 3593 - 3602 2020年6月25日

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

The worldwide spread of COVID-19 (new coronavirus found in 2019) is an emergent issue to be tackled. In fact, a great amount of works in various fields have been made in a rather short period. Here, we report a fragment molecular orbital (FMO) based interaction analysis on a complex between the SARS-CoV-2 main protease (Mpro) and its peptide-like inhibitor N3 (PDB ID: 6LU7). The target inhibitor molecule was segmented into five fragments in order to capture site specific interactions with amino acid residues of the protease. The interaction energies were decomposed into several contributions, and then the characteristics of hydrogen bonding and dispersion stabilization were made clear. Furthermore, the hydration effect was incorporated by the Poisson-Boltzmann (PB) scheme. From the present FMO study, His41, His163, His164, and Glu166 were found to be the most important amino acid residues of Mpro in interacting with the inhibitor, mainly due to hydrogen bonding. A guideline for optimizations of the inhibitor molecule was suggested as well based on the FMO analysis.

DOI： 10.1021/acs.jcim.0c00283

PubMed

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Self-Degradable Lipid-Like Materials Based on "Hydrolysis accelerated by the intra-Particle Enrichment of Reactant (HyPER)" for Messenger RNA Delivery 査読有り

Hiroki Tanaka, Tatsunari Takahashi, Manami Konishi, Nae Takata, Masaki Gomi, Daiki Shirane, Ryo Miyama, Shinya Hagiwara, Yuki Yamasaki, Yu Sakurai, Keisuke Ueda, Kenjirou Higashi, Kunikazu Moribe, Eiji Shinsho, Ruka Nishida, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuta Nakai, Kota Tange, Hiroki Yoshioka, Shinya Tamagawa, Hidetaka Akita

ADVANCED FUNCTIONAL MATERIALS30 ( 34 ) 1910575-1 - 1910575-17 2020年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/adfm.201910575

Scopus

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小角X線散乱と分子シミュレーションを融合したDOPC/Cholesterol二重膜の物性解析

新庄永治, 西田瑠花, 奥脇弘次, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会年会要旨集140年会 27Y - pm04S 2020年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本薬学会

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Fragmentation at sp2 carbon in fragment molecular orbital (FMO) method 査読有り

Yoshinobu Akinaga, Kouichiro Kato, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

J. Comp. Chem.41 1416 - 1420 2020年3月

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担当区分：最終著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Ab initio fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) simulations of (NH3)32 cluster: effects of electron correlation 査読有り

Moeko Ninomiya, Hideo Doi, Yoshiteru Matsumoto, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji

Bulletin of the Chemical Society of Japan93 ( 4 ) 553 - 560 2020年2月

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記述言語：英語

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Interaction Analyses between Calcite/Apatite and Peptides by Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

Ryo HATADA, Kouichiro KATO, Koji OKUWAKI, Kaori FUKUZAWA, Yuji MOCHIZUKI

Journal of Computer Chemistry, Japan19 ( 1 ) 1 - 7 2020年

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担当区分：責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan

DOI： 10.2477/jccj.2019-0030

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Stabilization Mechanism for a Nonfibrillar Amyloid β Oligomer Based on Formation of a Hydrophobic Core Determined by Dissipative Particle Dynamics 査読有り

Ryoko Kawai, Shuntaro Chiba, Koji Okuwaki, Ryo Kanada, Hideo Doi, Masahiro Ono, Yuji Mochizuki, Yasushi Okuno

ACS Chemical Neuroscience20 ( 11 ) 385 - 394 2020年1月

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Folding simulation of small proteins by dissipative particle dynamics (DPD) with non-empirical interaction parameters based on fragment molecular orbital calculations 査読有り

Koji Okuwaki, Hideo Doi, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

Applied Physics Express13 017002 2020年1月

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担当区分：責任著者出版者・発行元：Japan Society of Applied Physics

DOI： 10.7567/1882-0786/ab5e0a

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Interaction between calcite and adsorptive peptide analyzed by fragment molecular orbital method 査読有り

Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

Japanese Journal of Applied Physics58 ( 12 ) 120906 - 120906 2019年12月1日

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：IOP Publishing

DOI： 10.7567/1347-4065/ab5335

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その他リンク： http://iopscience.iop.org/article/10.7567/1347-4065/ab5335/pdf
Reduction of Orbital Space for Molecular Orbital Calculations with Quantum Computation Simulator for Educations

Yuji Mochizuki Koji Okuwaki Takumi Kato Yuichiro Minato

ChemRxiv 2019年9月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語

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Cm3+/Eu3+ induced structural, mechanistic and functional implications for calmodulin 査読有り

Björn Drobot, Moritz Schmidt, Yuji Mochizuki, Takaya Abe, Koji Okuwaki, Florian Brulfert, Sven Falke, Sergey A. Samsonov, Yuto Komeiji, Christian Betzel, Thorsten Stumpf, Johannes Raff, Satoru Tsushima

Phys. Chem. Chem. Phys.21 ( 38 ) 21213 - 21222 2019年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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物性測定とFMO-DPD法による脂質微粒子の構造解析査読有り

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本DDS学会学術集会プログラム予稿集35回 135 - 135 2019年6月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本DDS学会

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小角X線散乱測定とFMO-DPDシミュレーションによる脂質/Cholesterol混合二重膜における物性の解析査読有り

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会年会要旨集139年会 ( 4 ) 80 - 80 2019年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本薬学会

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Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson–Boltzmann Equation: II. Protein and Its Ligand-Binding System Studies 査読有り

Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

The Journal of Physical Chemistry B123 ( 5 ) 957 - 973 2019年2月7日

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b09326

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Destabilization of DNA through interstrand crosslinking by UO22+ 査読有り

Andr{\'{e } } Rossberg, Takaya Abe, Koji Okuwaki, Astrid Barkleit, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Satoru Tsushima

Chemical Communications55 ( 14 ) 2015 - 2018 2019年2月

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出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})

DOI： 10.1039/C8CC09329F

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X線小角散乱と散逸粒子動力学法を用いた脂質膜およびベシクル形成メカニズムの解明査読有り

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

J. Comp. Chem. Jpn.17 ( 4 ) 172 - 179 2019年1月

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記述言語：日本語

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Bond detached atom (BDA)を共有しているフラグメント間の相互作用エネルギーの補正に関する試みII：ラジカル開裂補正査読有り

中野達也, 望月祐志, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴

Journal of Computer Aided Chemistry20 ( 0 ) 1 - 6 2019年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2751/jcac.20.1

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Development of an Analysis Toolkit, AnalysisFMO, to Visualize Interaction Energies Generated by Fragment Molecular Orbital Calculations 査読有り

Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Takeshi Ishikawa, Sohei Ito, Vladimir Sladek, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Hiroaki Tokiwa, Fuminori Misaizu, Yasuteru Shigeta

Journal of Chemical Information and Modeling59 ( 1 ) 25 - 30 2019年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/acs.jcim.8b00649

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FMOプログラムABINIT-MPのOakForest-PACS上での多層並列化と性能評価招待有り査読有り

渡邊啓正, 佐藤伸哉, 坂倉耕太, 齊藤天菜, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.17 147 - 149 2018年11月

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記述言語：日本語

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Interaction between a Single-Stranded DNA and a Binding Protein Viewed by the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa

Bulletin of the Chemical Society of Japan91 ( 11 ) 1596 - 1605 2018年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：The Chemical Society of Japan

DOI： 10.1246/bcsj.20180150

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Accuracy of Dimer-ES Approximation on Fragment Molecular Orbital (FMO) Method 査読有り

Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki

Chem-Bio Informatics Journal18 ( 0 ) 119 - 122 2018年10月5日

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担当区分：最終著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society

DOI： 10.1273/cbij.18.119

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Theoretical Analyses on Water Cluster Structures in Polymer Electrolyte Membrane by Using Dissipative Particle Dynamics Simulations with Fragment Molecular Orbital Based Effective Parameters 査読有り

Okuwaki Koji, Mochizuki Yuji, Doi Hideo, Kawada Shutaro, Ozawa Taku, Yasuoka Kenji

RSC Advances8 ( 60 ) 34582 - 34595 2018年10月

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担当区分：責任著者出版者・発行元：Royal Society of Chemistry

DOI： 10.1039/C8RA07428C

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RI-MP3 calculations of biomolecules based on the fragment molecular orbital method 査読有り

Journal of Computer Chemistry39 1970 - 1978 2018年9月

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DOI： 10.1002/jcc.25368

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AIを活用した流体解析シミュレーション技術の開発

小杉範仁, 近藤修司, 秋永宜伸, 望月祐志

機械設計62 42 - 46 2018年7月

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記述言語：日本語

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A portable code for dissipative particle dynamics (DPD) simulations with additional specific interactions 査読有り

Okuwaki Koji, Naito Takamitsu, Saitou Sona, Mochizuki Yuji, other

Chem-Bio Informatics Journal 2018年6月

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担当区分：責任著者

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-7310-5183
Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson–Boltzmann Equation: Implementation and DNA Study 査読有り

Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka

The Journal of Physical Chemistry B122 ( 16 ) 4457 - 4471 2018年4月26日

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b01172

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Development of the Fragment Molecular Orbital Method for Calculating Nonlocal Excitations in Large Molecular Systems 査読有り

Takatoshi Fujita, Yuji Mochizuki

Journal of Physical Chemistry A122 ( 15 ) 3886 - 3898 2018年4月19日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society

DOI： 10.1021/acs.jpca.8b00446

Scopus

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Development and Performance Evaluation of a Simulation Code for Dissipative Particle Dynamics (DPD) CAMUS 査読有り

Doi Hideo, Saitou Sona, Okuwaki Koji, Naito Takamitsu, Mochizuki Yuji

Journal of Computer Chemistry, Japan16 ( 5 ) 126 2018年2月

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出版者・発行元：SOC COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN 2-1-13 HIGASHIUENO, TAITO-KU, TOWA HIGH TOWN UENO 607, TOKYO, 110-0015, JAPAN

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An automated framework to evaluate effective interactionparameters for dissipative particle dynamics simulations basedon the fragment molecular orbital (FMO) method 査読有り

Okuwaki Koji, Doi Hideo, Mochizuki Yuji

Journal of Computer Chemistry, Japan17 ( 2 ) 102 2018年2月

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出版者・発行元：SOC COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN 2-1-13 HIGASHIUENO, TAITO-KU, TOWA HIGH TOWN UENO 607, TOKYO, 110-0015, JAPAN

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Fragment Molecular Orbital Based Parametrization Procedure for Mesoscopic Structure Prediction of Polymeric Materials 査読有り

Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Hideo Doi, Taku Ozawa

Journal of Physical Chemistry B122 ( 1 ) 338 - 347 2018年1月11日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society

DOI： 10.1021/acs.jpcb.7b08461

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-7310-5183
FMO計算-粗視化シミュレーション連携手法の開発と応用査読有り

奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 小沢拓, 泰岡顕治, 福澤薫

J. Comp. Chem. Jpn.17 144 - 146 2018年

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記述言語：日本語

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大学初年度向け化学教育のためのScratchプログラムの開発査読有り

満野仁美, 中川知樹, 土居英男, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.17 111 - 112 2018年

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担当区分：責任著者記述言語：日本語

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フラグメント分子軌道(FMO)法を用いた散逸粒子動力学シミュレーションのための有効相互作用パラメータ算出の自動化フレームワーク査読有り

奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.17 102 - 109 2018年

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記述言語：日本語

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Application of tensorflow to recognition of visualized results of fragment molecular orbital (FMO) calculations 査読有り

Sona Saitou, Jun Iijima, Mayu Fujimoto, Yuji Mochizuki, Koji Okuwaki, Hideo Doi, Yuto Komeiji

Chem-Bio Informatics Journal18 58 - 69 2018年1月1日

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society

DOI： 10.1273/cbij.18.58

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Development and Application of FMO Calculation − DPD Simulation Conbination Scheme 査読有り

Okuwaki Koji, Doi Hideo, Mochizuki Yuji, Ozawa Taku, Yasuoka Kenji, Fukuzawa Kaori

Journal of Computer Chemistry, Japan17 ( 3 ) 144 2018年

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DOI： 10.2477/jccj.2018-0020

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-4510-5717
Formation Mechanism of Lipid Membrane and Vesicle Using Small Angle X-ray Scattering and Dissipative Particle Dynamics (DPD) Method 査読有り

Eiji Shinsho, Koji Okuwaki, Hideo Doi, Yuji Mochizuki, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN17 ( 4 ) 172 - 179 2018年

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記述言語：中国語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2018-0012

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Dissipative particle dynamics (DPD) simulations with fragment molecular orbital (FMO) based effective parameters for 1-Palmitoyl-2-oleoyl phosphatidyl choline (POPC) membrane 査読有り

Hideo Doi, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Taku Ozawa, Kenji Yasuoka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS684 427 - 432 2017年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2017.07.032

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Theoretical Calculations on Cation-capturing ofMacrocyclic Peptoid with Phenyl Rings in Main Chain 査読有り

Kawada Shutaro, Hakamata Mayu, Mochizuki Yuji

Journal of Computer Chemistry, Japan16 ( 3 ) 77 2017年8月

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記述言語：日本語出版者・発行元：SOC COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN 2-1-13 HIGASHIUENO, TAITO-KU, TOWA HIGH TOWN UENO 607, TOKYO, 110-0015, JAPAN

ペプトイドは，側鎖がα-炭素原子上ではなく窒素原子上に位置するペプチド模倣物である．近年，主鎖にフェニル環を含む大環状のペプトイドが開発され，カチオン捕捉の興味深い能力が示された．この論文では，この新しいペプトイドのフェニル環部によるカチオンの対捕捉に関する理論計算を報告する．この結果，カチオンに対するπ電子供与の重要性が示された．

DOI： 10.2477/jccj.2017-0014

CiNii Article

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A New Treatment for Water near the Interface between Lipid Membrane and Silica in Dissipative Particle Dynamics Simulation 査読有り

Doi Hideo, Okuwaki Koji, Mochizuki Yuji, Ozawa Taku

Journal of Computer Chemistry, Japan16 ( 1 ) 28 2017年4月

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記述言語：日本語出版者・発行元：SOC COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN 2-1-13 HIGASHIUENO, TAITO-KU, TOWA HIGH TOWN UENO 607, TOKYO, 110-0015, JAPAN

散逸粒子動力学(DPD: Dissipative Particle Dynamics)法を用いたシミュレーションは生体膜などの幅広い分野で用いられている．従来，このようなDPD シミュレーションでは，バルクの水と界面付近の水を同じように扱う場合がほとんどであった．しかし，こうしたやり方では系の性質を必ずしも忠実に再現しているとはいえない．界面付近の水分子の性質とバルクの水分子の性質がかなり異なったものであるという実験的，あるいは理論的な研究がなされているからである．そこで，我々はこの問題を解決すべく，バルク水と界面水を区別して取り扱うアプローチを提案する．このアプローチを，脂質膜－シリカ－水の系のDPDシミュレーションに対して適用したところ，シリカに脂質膜が吸着する現象をうまくモデル化することができた．

DOI： 10.2477/jccj.2017-0003

CiNii Article

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Fragment molecular orbital (FMO) calculations on DNA by a scaled third-order Møller-Plesset perturbation (MP2. 5) scheme 査読有り

Yamada Haruka, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori, Okiyama Yoshio, Komeiji Yuto

Computational and Theoretical Chemistry1101 46 - 54 2017年2月

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担当区分：責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier

DOI： 10.1016/j.comptc.2016.12.008

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FMOプログラムABINIT-MPの開発状況と機械学習との連携査読有り

望月祐志, 坂倉耕太, 秋永宜伸, 加藤幸一郎, 渡邊啓正, 沖山佳生, 中野達也, 古明地勇人, 奥沢明, 福澤薫, 田中成典

J. Comp. Chem. Jpn.16 ( 5 ) 119 - 122 2017年

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2017-0051

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Bond detached atom (BDA)を共有しているフラグメント間の相互作用エネルギーの補正に関する試み査読有り

中野達也, 望月祐志, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴

J. Comp. Aided Chem18 ( 0 ) 143 - 148 2017年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2751/jcac.18.143

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ベンゼンを基本骨格に持つ正イオン内包ペプトイドの理論的計算査読有り

川田修太郎, 袴田真由, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.16 77 - 79 2017年

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

ペプトイドは，側鎖がα-炭素原子上ではなく窒素原子上に位置するペプチド模倣物である．近年，主鎖にフェニル環を含む大環状のペプトイドが開発され，カチオン捕捉の興味深い能力が示された．この論文では，この新しいペプトイドのフェニル環部によるカチオンの対捕捉に関する理論計算を報告する．この結果，カチオンに対するπ電子供与の重要性が示された．

DOI： 10.2477/jccj.2017-0014

CiNii Article

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フラグメント分子軌道(FMO)計算の結果の自動解析の試み

望月祐志, 奥沢明

計算工学22 3539 - 3542 2017年

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記述言語：日本語

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散逸粒子動力学におけるシリカ－脂質膜界面付近の水の取扱い査読有り

土居英男, 奥脇弘次, 望月祐志, 小沢拓

J. Comp. Chem. Jpn.16 28 - 31 2017年

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

散逸粒子動力学(DPD: Dissipative Particle Dynamics)法を用いたシミュレーションは生体膜などの幅広い分野で用いられている．従来，このようなDPD シミュレーションでは，バルクの水と界面付近の水を同じように扱う場合がほとんどであった．しかし，こうしたやり方では系の性質を必ずしも忠実に再現しているとはいえない．界面付近の水分子の性質とバルクの水分子の性質がかなり異なったものであるという実験的，あるいは理論的な研究がなされているからである．そこで，我々はこの問題を解決すべく，バルク水と界面水を区別して取り扱うアプローチを提案する．このアプローチを，脂質膜－シリカ－水の系のDPDシミュレーションに対して適用したところ，シリカに脂質膜が吸着する現象をうまくモデル化することができた．

DOI： 10.2477/jccj.2017-0003

CiNii Article

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Explicit solvation of a single-stranded DNA, a binding protein, and their complex: a suitable protocol for fragment molecular orbital calculation 査読有り

Yuto Komeij, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa

Chem-Bio Informatics Journal17 ( 0 ) 72 - 84 2017年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society

DOI： 10.1273/cbij.17.72

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Performance Evaluations of Parallelized DFT Calculations with SMASH on Intel Xeon Phi Processor 査読有り

15 ( 4 ) 92 - 96 2016年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2016-0047

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Evaluations of Molecular Structure and Aromaticity of C5Ch5 and C6Ch6 (Ch=S, Se, Te) 査読有り

川田修太郎, 望月祐志, 中野克洋

Journal of Computer Chemistry, Japan15 ( 4 ) 87 - 91 2016年11月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

 (CO)nで記されるCO単位の環状重合体であるオキソカーボンは長年関心を集めてきた．しかし，Oをカルコゲン原子Ch = (S, Se, Te)で置換した擬オキソカーボン類については，これまで系統的に理論計算による検討はなされてはいない．そこで今回，(CCh)n (n = 5,6)についてDFT計算による分子構造の最適化とNICS値の算定を試みた．最適化計算からは，カルコゲンが高周期になるにつれて構造の平面性が増すことが分かった．NICS値からは，(CTe)6でベンゼンに匹敵する芳香族性が示唆された．

DOI： 10.2477/jccj.2016-0042

CiNii Article

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Practical Usages Of 3D-printer for Scientific Education of Chemistry and Biology 査読有り

2016年10月

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DOI： 10.2477/jccj.2016-0034

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Fragment Molecular Orbital (FMO) Calculations of Peptoids 査読有り

川田修太郎, 坂口正貴, 米倉伊吹, 奥脇弘次, 望月祐志, 福澤薫

Journal of Computer Chemistry, Japan15 ( 3 ) 51 - 52 2016年10月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

Peptoids are a class of peptide mimetics whose side chains contain nitrogen atoms rather than α-carbon atoms. This structural feature restricts the intrinsic capacity to form hydrogen bond networks of α-helix, therefore peptoid oligomers are attracting attention due to the ability to design chemical properties such as self-assembling by selecting proper side chains. This paper shows some illustrative peptoid calculations, based on the fragment molecular orbital (FMO) method.

DOI： 10.2477/jccj.2016-0032

CiNii Article

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Hydration of ligands of influenza virus neuraminidase studied by the fragment molecular orbital method 査読有り

Kana Tokuda, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji

Journal of Molecular Graphics and Modelling69 144 - 153 2016年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.jmgm.2016.08.004

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Intel Xeon Phi上でのSMASHによる並列化DFT計算の性能評価査読有り

齊藤天菜, 望月祐志, 山崎大, 石村和也

J. Comp. Chem. Jpn.15 ( 4 ) 92 - 96 2016年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2016-0047

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C5Ch5およびC6Ch6 (Ch=S, Se, Te)の分子構造と芳香族性の評価査読有り

川田修太郎, 望月祐志, 中野克洋

J. Comp. Chem. Jpn.15 ( 4 ) 87 - 91 2016年

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

 (CO)nで記されるCO単位の環状重合体であるオキソカーボンは長年関心を集めてきた．しかし，Oをカルコゲン原子Ch = (S, Se, Te)で置換した擬オキソカーボン類については，これまで系統的に理論計算による検討はなされてはいない．そこで今回，(CCh)n (n = 5,6)についてDFT計算による分子構造の最適化とNICS値の算定を試みた．最適化計算からは，カルコゲンが高周期になるにつれて構造の平面性が増すことが分かった．NICS値からは，(CTe)6でベンゼンに匹敵する芳香族性が示唆された．

DOI： 10.2477/jccj.2016-0042

CiNii Article

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化学・生命科学系の理学教育における3Dプリンタの活用事例査読有り

望月祐志, 中村昇太, 山中正浩, 山田康之, 工藤光子, 常盤広明, 川上勝, 北本俊二

J. Comp. Chem. Jpn.15 65 - 67 2016年

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記述言語：日本語

DOI： 10.2477/jccj.2016-0034

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ペプトイド類のフラグメント分子軌道計算査読有り

川田修太郎, 坂口正貴, 米倉伊吹, 奥脇弘次, 望月祐志, 福澤薫

J. Comp. Chem. Jpn.15 ( 3 ) 51 - 52 2016年

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

Peptoids are a class of peptide mimetics whose side chains contain nitrogen atoms rather than α-carbon atoms. This structural feature restricts the intrinsic capacity to form hydrogen bond networks of α-helix, therefore peptoid oligomers are attracting attention due to the ability to design chemical properties such as self-assembling by selecting proper side chains. This paper shows some illustrative peptoid calculations, based on the fragment molecular orbital (FMO) method.

DOI： 10.2477/jccj.2016-0032

CiNii Article

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Effects of Water Molecules and Configurations of Neighboring Amino Acid Residues Surrounding DsRed Chromophore on Its Excitation Energy 査読有り

坂口正貴, 望月祐志, 望月祐志, 渡邉千鶴, 福澤薫, 福澤薫

Journal of Computer Chemistry, Japan (Web)14 ( 5 ) 2015年12月

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DOI： 10.2477/jccj.2015-0033

J-GLOBAL

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Reversible Structural Changes Accompanying the Two-Electron Redox Reaction of Pt(tacn) (tacn: 1,4,7-triazacyclononane) Complexes 査読有り

Tohru Wada, Koki Enami, Ryohei Kojima, Tomoki Okada, Yuki Ishikawa, Yuji Miyazato, Ernst Horn, Yuji Mochizuki

BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN88 ( 9 ) 1230 - 1237 2015年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1246/bcsj.20150097

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Modeling of hydroxyapatite-peptide interaction based on fragment molecular orbital method 査読有り

Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS629 58 - 64 2015年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2015.03.057

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ペプチド結合における新規フラグメント分割方法の検証および精度評価

坂口正貴, 福澤薫, 渡邉千鶴, 望月祐志

日本化学会講演予稿集95th ( 2 ) 231 2015年3月11日

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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Explicit solvation modulates intra- and inter-molecular interactions within DNA: Electronic aspects revealed by the ab initio fragment molecular orbital (FMO) method 査読有り

Kaori Fukuzawa, Ikuo Kurisaki, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji

Computational and Theoretical Chemistry1054 29 - 37 2015年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.comptc.2014.11.020

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赤色蛍光タンパク質 DsRed の色素部周辺における水分子ならびに隣接アミノ酸残基の構造の励起エネルギーへの影響評価査読有り

坂口正貴, 望月祐志, 渡邉千鶴, 福澤薫

J. Comp. Chem. Jpn.14 ( 5 ) 155 - 163 2015年

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記述言語：日本語

DOI： 10.2477/jccj.2015-0033

J-GLOBAL

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相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析査読有り

塚本貴志, 加藤幸一郎, 加藤昭史, 中野達也, 望月祐志, 福澤薫

J. Comp. Chem. Jpn.14 ( 1 ) 1 - 9 2015年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2014-0039

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Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics Study on Hydrated Ln (III) Ions 査読有り

Fujiwara Takayuki, Mori Hirotoshi, Komeiji Yuto, Mochizuki Yuji

Proceedings of Computational Science Workshop 2014 (CSW2014) 011001 2015年

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相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析査読有り

Journal of Computer Chemistry, Japan14 ( 1 ) 1 - 9 2015年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2014-0039

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Optimal damping algorithm for unrestricted Hartree-Fock calculations 査読有り

Jun-Ichi Yamamoto, Yuji Mochizuki

Chem-Bio Informatics Journal14 14 - 33 2014年9月13日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society

DOI： 10.1273/cbij.14.14

Scopus

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Interaction energy analysis on specific binding of influenza virus hemagglutinin to avian and human sialosaccharide receptors: Importance of mutation-induced structural change 査読有り

Satoshi Anzaki, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING53 48 - 58 2014年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.jmgm.2014.07.004

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Hydration effects on enzyme–substrate complex of nylon oligomer hydrolase: inter-fragment interaction energy study by the fragment molecular orbital method 査読有り

Hiroyuki Ando, Yasuteru Shigeta, Takeshi Baba, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Masayoshi Nakano

Molecular Physics113 ( 3-4 ) 319 - 326 2014年8月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Informa {UK} Limited

DOI： 10.1080/00268976.2014.941311

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Improved Description of the Orbital Relaxation Effect by Practical Use of the Self-Energy 査読有り

Masaaki Saitow, Tomonori Ida, Yuji Mochizuki

INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY114 ( 9 ) 577 - 586 2014年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/qua.24625

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Accuracy of the fragment molecular orbital (FMO) calculations for DNA: Total energy, molecular orbital, and inter-fragment interaction energy 査読有り

Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Ikuo Kurisaki, Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji

COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY1034 7 - 16 2014年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.comptc.2014.02.002

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フラグメント分子軌道法を用いたspin-component-scaled MP2法に基づくタンパク－リガンド相互作用クラスター解析

甘利真司, 望月祐志, 加藤昭史, 福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 田中成典, 中野達也

CBI学会誌2 ( 4 ) 17 - 25 2014年

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記述言語：日本語

J-GLOBAL

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Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems 査読有り

Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa

Phys. Chem. Chem. Phys.16 ( 22 ) 10310 - 10344 2014年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})

DOI： 10.1039/c4cp00316k

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Fragment molecular orbital−based molecular dynamics (FMO-MD) simulations on hydrated Cu(II) ion 査読有り

Yuji Kato, Takayuki Fujiwara, Yuto Komeiji, Tatsuya Nakano, Hirotoshi Mori, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki

Chem-Bio Informatics Journal14 ( 0 ) 1 - 13 2014年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society

DOI： 10.1273/cbij.14.1

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Modeling of peptide–silica interaction based on four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) calculations 査読有り

Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki

Chemical Physics Letters566 25 - 31 2013年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2013.02.020

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Three- and four-body corrected fragment molecular orbital calculations with a novel subdividing fragmentation method applicable to structure-based drug design 査読有り

Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Akifumi Kato, Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

Journal of Molecular Graphics and Modelling41 31 - 42 2013年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.jmgm.2013.01.006

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Importance of spin-orbit coupling effect and solvent effect in electronic transition assignments of Pt-II complexes: In the case of cis/trans-[(PtCl2)-Cl-II(NH3)(2)] 査読有り

Hirotoshi Mori, Ryohei Kojima, Yuji Mochizuki, Waka Uenohara, Izumi Umezawa, Nobuyuki Matsushita

JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE1035 218 - 223 2013年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.molstruc.2012.11.027

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Device, system, method and program for producing fragment model 査読有り

Mochizuki Yuji, Tsukamoto Takayuki, Fukuzawa Kaori

2013年3月

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出版者・発行元：Google Patents

US Patent App. 14/442,321

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Cartesian Gaussianの積分の初期積分の計算

中野達也, 山下勝美, 瀬川勝智, 沖山佳生, 望月祐志

CBI学会誌1 42 - 46 2013年

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記述言語：日本語

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フラグメント分子軌道法によるインフルエンザウイルス表面タンパク質の大規模量子化学計算

福澤薫, 望月祐志, 中野達也, 田中成典

CBI学会誌1 25 - 31 2013年

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記述言語：日本語

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FMO法における電子相関計算

望月祐志

日本化学会・情報部会31 64 - 72 2013年

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記述言語：日本語

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Analysis of Global Ecosystem Ecology by Fragment Molecular Orbital (FMO) Method--Analyses of the interactions between virus hemagglutinins and their receptors-- 査読有り

Maruyama Tadashi, Shimane Yasuhiro, Ohishi Kazue, Iwasawa Misako, Hatada Yuji, Usui Keiko, Takaki Yoshihiro, Yoshida Takao, Tanaka Shigenori, Anzaki Satoshi, other

Annual Report of the Earth Simulator Center April2014 2013年

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Dynamic fragmentation with static fragments (DF/SF) algorithm designed for ab initio fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) simulations of polypeptides 査読有り

Yuto Komeiji, Takayuki Fujiwara, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki

Chem-Bio Informatics Journal13 ( 0 ) 45 - 57 2013年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society

DOI： 10.1273/cbij.13.45

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Ab initio path integral Monte Carlo simulations for water trimer with electron correlation effects 査読有り

Takatoshi Fujita, Shigenori Tanaka, Takayuki Fujiwara, Masa-Aki Kusa, Yuji Mochizuki, Motoyuki Shiga

COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY997 7 - 13 2012年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.comptc.2012.07.029

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Interaction energy calculation system, method and program 査読有り

Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori

2012年8月

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出版者・発行元：Google Patents

US Patent App. 14/356,744

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FMO-MD Simulations on the Hydration of Formaldehyde in Water Solution with Constraint Dynamics 査読有り

Makoto Sato, Hiroshi Yamataka, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki

CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL18 ( 31 ) 9714 - 9721 2012年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/chem.201200874

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Partial geometry optimization with FMO-MP2 gradient: Application to TrpCage 査読有り

Takayuki Tsukamoto, Yuji Mochizuki, Naoki Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS535 157 - 162 2012年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2012.03.046

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Differences in hydration between cis- and trans-platin: Quantum insights by ab initio fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) 査読有り

Hirotoshi Mori, Natsumi Hirayama, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki

COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY986 30 - 34 2012年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.comptc.2012.02.008

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Excited state calculation for free-base and metalloporphyrins with the partially renormalized polarization propagator approach 査読有り

Masaaki Saitow, Yuji Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS525-26 144 - 149 2012年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.12.063

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Continuous multipole methodによるfragment molecular orbital法の高速化

中野達也, 山下勝美, 瀬川勝智, 沖山佳生, 渡邊千鶴, 福澤薫, 田中成典, 望月祐志

13 ( 0 ) 44 - 50 2012年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2751/jcac.13.44

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New fragmentation of fragment molecular orbital method applicable to fragment based drug design 査読有り

Watanabe Chiduru, Fukuzawa Kaori, Okiyama Yoshio, Tsukamoto Takayuki, Kato Akifumi, Tanaka Shigenori, Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji

2012年

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Development of the four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) method 査読有り

Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Katsunori Segawa, Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Shigenori Tanaka

Chemical Physics Letters523 128 - 133 2012年1月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.12.004

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Ab Initio Path Integral Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulations for Water Trimer and Oligopeptide 査読有り

Takatoshi Fujita, Masa-Aki Kusa, Takayuki Fujiwara, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka

ADVANCES IN QUANTUM MONTE CARLO1094 187 - + 2012年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1021/bk-2012-1094.ch015

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Antigen-antibody interactions of influenza virus hemagglutinin revealed by the fragment molecular orbital calculation 査読有り

Akio Yoshioka, Kazutomo Takematsu, Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Eri Nobusawa, Katsuhisa Nakajima, Shigenori Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS130 ( 4-6 ) 1197 - 1202 2011年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-011-1048-z

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Higher-order correlated calculations based on fragment molecular orbital scheme 査読有り

Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Naoki Taguchi, Shigenori Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS130 ( 2-3 ) 515 - 530 2011年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-011-1036-3

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Prediction of probable mutations in influenza virus hemagglutinin protein based on large-scale ab initio fragment molecular orbital calculations 査読有り

Akio Yoshioka, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Eri Nobusawa, Katsuhisa Nakajima, Shigenori Tanaka

Journal of Molecular Graphics and Modelling30 110 - 119 2011年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.jmgm.2011.06.011

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4f-in-core model core potentials for trivalent lanthanides 査読有り

Takayuki Fujiwara, Hirotoshi Mori, Yuji Mochizuki, You Osanai, Eisaku Miyoshi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS510 ( 4-6 ) 261 - 266 2011年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.05.028

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Counterpoise-corrected interaction energy analysis based on the fragment molecular orbital scheme 査読有り

Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Haruka Yamada, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

Chemical Physics Letters509 ( 1-3 ) 67 - 71 2011年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.04.070

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Fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) method with MP2 gradient 査読有り

Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Yuto Komeiji, Katsumi Yamashita, Yoshio Okiyama, Hikaru Yoshikawa, Hiroshi Yamataka

Chemical Physics Letters504 ( 1-3 ) 95 - 99 2011年2月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.01.039

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Fragment molecular orbital calculations for excitation energies of blue- and yellow-fluorescent proteins 査読有り

Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS504 ( 1-3 ) 76 - 82 2011年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2011.01.054

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Development of QC2AS- A computer algebra system for symbolic quantum chemical computations 査読有り

Takeshi Osoekawa, Yuji Mochizuki, Kazuhiro Kyokoyama

Proceedings - 2011 International Conference on Computational Science and Its Applications, ICCSA 2011 102 - 109 2011年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1109/ICCSA.2011.39

Scopus

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Fragment molecular orbital (FMO) study on stabilization mechanism of neuro-oncological ventral antigen (NOVA)-RNA complex system 査読有り

Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM962 ( 1-3 ) 45 - 55 2010年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.theochem.2010.09.013

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Theoretical study of hydration models of trivalent rare-earth ions using model core potentials 査読有り

Takayuki Fujiwara, Hirotoshi Mori, Yuji Mochizuki, Hiroshi Tatewaki, Eisaku Miyoshi

JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM949 ( 1-3 ) 28 - 35 2010年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.theochem.2010.02.032

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Large-scale FMO-MP3 calculations on the surface proteins of influenza virus, hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) 査読有り

Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Kaori Fukuzawa, Kazutomo Takematsu, Hirofumi Watanabe, Naoki Taguchi, Yoshio Okiyama, Misako Tsuboi, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

Chemical Physics Letters493 ( 4-6 ) 346 - 352 2010年6月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2010.05.034

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Flexible ligand recognition of peroxisome proliferator-activated receptor-$γ$ (PPAR$γ$) 査読有り

Yamagishi Kenji, Yamamoto Keiko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Yamada Sachiko, Tokiwa Hiroaki

Bioorganic & medicinal chemistry letters20 ( 11 ) 3344 - 3347 2010年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bmcl.2010.04.031

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Acceleration of fragment molecular orbital calculations with Cholesky decomposition approach 査読有り

Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Katsumi Yamashita, Yuji Mochizuki, Naoki Taguchi, Shigenori Tanaka

Chemical Physics Letters490 ( 1-3 ) 84 - 89 2010年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2010.03.001

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Fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) simulations on hydrated Zn(II) ion 査読有り

Takayuki Fujiwara, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Hirotoshi Mori, Tatsuya Nakano, Eisaku Miyoshi

Chemical Physics Letters490 ( 1-3 ) 41 - 45 2010年4月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2010.03.020

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Three-body expansion and generalized dynamic fragmentation improve the fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD) 査読有り

Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS484 ( 4-6 ) 380 - 386 2010年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2009.11.045

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Theoretical Analysis of the Molecular Mechanism of Stabilization of Nova-RNA Complex System: Fragment Molecular Orbital Method Based Quantum Chemical Calculation For the Effect of the Complex Formation on the Electronic State of Biomacromolecular System 査読有り

Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

BIOPHYSICAL JOURNAL98 ( 3 ) 74A - 74A 2010年1月

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記述言語：英語

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Gröbner Basis Technique for Algebraic Formulas in Electron Correlation Theories 査読有り

Osoekawa Takeshi, Shinohara Naoyuki, Mochizuki Yuji, Yokoyama Kazuhiro

Computational Science and Its Applications (ICCSA), 2010 International Conference on 17 2010年

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Does Amination of Formaldehyde Proceed Through a Zwitterionic Intermediate in Water? Fragment Molecular Orbital Molecular Dynamics Simulations by Using Constraint Dynamics 査読有り

Makoto Sato, Hiroshi Yamataka, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL16 ( 22 ) 6430 - 6433 2010年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/chem.201000442

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1P260 Fragment molecular orbital calculation of the absorption maxima of bacteriorhodopsin and pharaonis phoborhodopsin (Photobiology: Vision & Photoreception, The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan) 査読有り

Hayashi Tomohiko, Taguchi Naoki, Mochizuki Yuji, Sakurai Minoru

Seibutsu Butsuri50 ( supplement2 ) S65 2010年

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記述言語：英語出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

DOI： 10.2142/biophys.50.S65_4

CiNii Article

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Accuracy of fragmentation in ab initio calculations of hydrated sodium cation 査読有り

Takatoshi Fujita, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS478 ( 4-6 ) 295 - 300 2009年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2009.07.060

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Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding 査読有り

Kazutomo Takematsu, Kaori Fukuzawa, Katsumi Omagari, Setsuko Nakajima, Katsuhisa Nakajima, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B113 ( 15 ) 4991 - 4994 2009年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp810997c

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Application of Dyson-corrected second-order perturbation theories 査読有り

Yuji Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS472 ( 1-3 ) 143 - 148 2009年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2009.02.075

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Ab initio quantum-chemical study on emission spectra of bioluminescent luciferases by fragment molecular orbital method 査読有り

Ayumu Tagami, Nobuhiro Ishibashi, Dai-ichiro Kato, Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Mika Ito, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS472 ( 1-3 ) 118 - 123 2009年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2009.02.076

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Fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD), a quantum simulation tool for large molecular systems 査読有り

Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Dmitri G. Fedorov

JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM898 ( 1-3 ) 2 - 7 2009年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.theochem.2008.07.001

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Fragment Molecular Orbital Calculations on Red Fluorescent Proteins (DsRed and mFruits) 査読有り

Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Kaori Fukuzawa, Takeshi Ishikawa, Minoru Sakurai, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B113 ( 4 ) 1153 - 1161 2009年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp808151c

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Fragment Molecular Orbital Method-Based Molecular Dynamics (FMO-MD) as a Simulator for Chemical Reactions in Explicit Solvation 査読有り

Yuto Komeiji, Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Hiroshi Yamataka, Tatsuya Nakano

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY30 ( 1 ) 40 - 50 2009年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.21025

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Developments of FMO methodology and graphical user interface in ABINIT-MP 査読有り

Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Kato Akifumi, Fukuzawa Kaori, Ishikawa Takeshi, Amari Shinji, Kurisaki Ikuo, Tanaka Shigenori

37 - 62 2009年

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掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：CRC Press: Boca Raton, FL

DOI： 10.1201/9781420078497-6

Scopus

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Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides. II. Towards an improvement of force fields used for classical molecular dynamics simulations 査読有り

Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Kuniyoshi Ebina, Shigenori Tanaka

Chemical Physics Letters467 ( 4-6 ) 417 - 423 2009年1月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2008.11.044

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Analysis of Mutation Mechanisms of Influenza Virus Based on the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

Tanaka Shigenori, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori, Yamashita Katsumi, Nakano Tatsuya

Annual Report of the Earth Simulator Center April2010 2009年

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7 Application of the FMO Method to Specific Molecular Recognition of Biomacromolecules 査読有り

Fukuzawa Kaori, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Tanaka Shigenori

The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems 133 - 169 2009年

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掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：CRC Press

DOI： 10.1201/9781420078497-10

Scopus

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4 Excited States of Photoactive Proteins by Configuration Interaction Studies 査読有り

Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Taguchi Naoki, Tanaka Shigenori

The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems 63 - 89 2009年

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掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：CRC Press

DOI： 10.1201/9781420078497-7

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3P-063 Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding (Protein: Function, 2SP6 Towards Supercomputiong for Electronic Structures of Biological 査読有り

Takematsu Kazutomo, Fukuzawa Kaori, Omagari Katsumi, Nakajima Katsuhisa, Nakajima Setsuko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori

Seibutsu Butsuri49 ( supplement ) S161 2009年

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出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

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2SP6-07 Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding (2SP6 Towards Supercomputing for Electronic Structures of Biological Macromolecules, The 査読有り

Takematsu Kazutomo, Fukuzawa Kaori, Omagari Katsumi, Nakajima Katsuhisa, Nakajima Setsuko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori

Seibutsu Butsuri49 ( supplement ) S15 2009年

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出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

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3P-063 赤血球凝集反応実験とフラグメント分子軌道法計算に基づくインフルエンザヘマグルチニンの変異予測(蛋白質-機能(反応機構,生物活性など),2SP6生体高分子の電子構造解析スーパーコンピューティングへ向けて,シンポジウム,第47回日本生物物理学会年会)

竹松和友, 福澤薫, 尾曲克己, 中島捷久, 中島節子, 望月祐志, 中野達也, 渡邉博文, 田中成典

生物物理49 S161 2009年

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会

DOI： 10.2142/biophys.49.S161_5

CiNii Article

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An application of fragment interaction analysis based on local MP2 査読有り

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Shinji Amari, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Kiyoshi Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS463 ( 1-3 ) 189 - 194 2008年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2008.08.022

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Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions in liganded retinoid X receptor: Specification of residues associated with ligand inducible information transmission 査読有り

Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B112 ( 38 ) 12081 - 12094 2008年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp803369x

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COMP 246-Simulation study of RNA-binding protein by fragment molecular orbital (FMO) method 査読有り

Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY236 2008年8月

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記述言語：英語

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Theoretical analysis of binding specificity of influenza viral hemagglutinin to avian and human receptors based on the fragment molecular orbital method 査読有り

Tatsunori Iwata, Kaori Fukuzawa, Katsuhisa Nakajima, Sachiko Aida-Hyugaji, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY32 ( 3 ) 198 - 211 2008年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.compbiolchem.2008.03.006

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Large scale FMO-MP2 calculations on a massively parallel-vector computer 査読有り

Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Kazutomo Takematsu, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS457 ( 4-6 ) 396 - 403 2008年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2008.03.090

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Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid X receptor and its coactivator; Part II: Influence of mutations in transcriptional activation function 2 activating domain core on the molecular interactions 査読有り

Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A112 ( 10 ) 1986 - 1998 2008年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp075430r

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Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid X receptor and its coactivator; Part II: Influence of mutations in transcriptional activation function 2 activating domain core on the molecular interactions

Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A112 ( 10 ) 1986 - 1998 2008年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp075430r

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How does an S(N)2 reaction take place in solution? Full ab initio MD simulations for the hydrolysis of the methyl diazonium ion 査読有り

Makoto Sato, Hiroshi Yamataka, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Tatsuya Nakano

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY130 ( 8 ) 2396 - 2397 2008年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ja710038c

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A practical use of self-energy shift for the description of orbital relaxation 査読有り

Yuji Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS453 ( 1-3 ) 109 - 116 2008年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2008.01.014

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フラグメント分子軌道法によるホタルルシフェラーゼの発光特性に関する理論的研究

田上歩, 石橋延裕, 加藤太一郎, 田口尚貴, 望月祐志, 渡邉博文, 伊藤三香, 田中成典

J. Comp. Aided Chem9 47 - 54 2008年

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記述言語：日本語

DOI： 10.2751/jcac.9.47

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Research on Innovative Simulation Software 査読有り

Kato Chisachi, Tsubokura Makoto, Yamade Yoshinobu, Mochizuki Yuji, Yamashita Katsumi, Nakano Tatsuya, Yamamoto Takenori, Yamasaki Takahiro, Ohno Takahisa

Annual Report of the Earth Simulator Center April2008 2008年

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Infantosi, AFC, 5, 273 Ioannidis, JPA, 39 Iwata, T., 198 Ji, Z., 243 査読有り

Josic K, Kandemir-Cavas C, Kanwar JR, Karabencheva TG, Khaladkar M, Khoshmanesh K, Kim H, Kim JR, Kiran K, Komeiji Y

Computational Biology and Chemistry32 470 2008年

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Multi-reference calculations of nitric oxide dimer 査読有り

Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Kiyoshi Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS451 ( 1-3 ) 31 - 36 2008年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2007.11.084

CiNii Article

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Fragment interaction analysis based on local MP2 査読有り

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Shinji Amari, Tatsuya Nakano, Hiroaki Tokiwa, Shigenori Tanaka, Kiyoshi Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS118 ( 5-6 ) 937 - 945 2007年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-007-0374-7

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Fragment interaction analysis based on local MP2

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Shinji Amari, Tatsuya Nakano, Hiroaki Tokiwa, Shigenori Tanaka, Kiyoshi Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS118 ( 5-6 ) 937 - 945 2007年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-007-0374-7

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Visualization analysis of inter-fragment interaction energies of CRP-cAMP-DNA complex based on the fragment molecular orbital method 査読有り

Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Janine Imada, Arleta Chmielewski, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

BIOPHYSICAL CHEMISTRY130 ( 1-2 ) 1 - 9 2007年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bpc.2007.06.011

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Visualization analysis of inter-fragment interaction energies of CRP-cAMP-DNA complex based on the fragment molecular orbital method

Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Janine Imada, Arleta Chmielewski, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

BIOPHYSICAL CHEMISTRY130 ( 1-2 ) 1 - 9 2007年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bpc.2007.06.011

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Modification for spin-adapted version of configuration interaction singles with perturbative doubles 査読有り

Yuji Mochizuki, Kiyoshi Tanaka

Chemical Physics Letters443 ( 4-6 ) 389 - 397 2007年8月6日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier

DOI： 10.1016/j.cplett.2007.06.059

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Modification for spin-adapted version of configuration interaction singles with perturbative doubles

Yuji Mochizuki, Kiyoshi Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS443 ( 4-6 ) 389 - 397 2007年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2007.06.059

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Parallelized integral-direct CIS(D) calculations with multilayer fragment molecular orbital scheme 査読有り

Yuji Mochizuki, Kiyoshi Tanaka, Katsumi Yamashita, Takeshi Ishikawa, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Katsunori Segawa, Tadashi Murase, Hiroaki Tokiwa, Minoru Sakurai

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS117 ( 4 ) 541 - 553 2007年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-006-0181-6

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Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid x receptor and its coactivator: Roles of helix 12 in the coactivator binding mechanism 査読有り

Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B111 ( 13 ) 3525 - 3533 2007年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp070054w

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Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid x receptor and its coactivator: Roles of helix 12 in the coactivator binding mechanism

Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B111 ( 13 ) 3525 - 3533 2007年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp070054w

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Parallelized integral-direct CIS(D) calculations with multilayer fragment molecular orbital scheme

Yuji Mochizuki, Kiyoshi Tanaka, Katsumi Yamashita, Takeshi Ishikawa, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Katsunori Segawa, Tadashi Murase, Hiroaki Tokiwa, Minoru Sakurai

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS117 ( 4 ) 541 - 553 2007年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-006-0181-6

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A fully quantum mechanical simulation study on the lowest n-π* state of hydrated formaldehyde

Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Takeshi Ishikawa, Tatsuya Nakano, Hiroshi Yamataka

Chemical Physics Letters437 ( 1-3 ) 66 - 72 2007年3月22日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2007.02.016

Scopus

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A graphical symmetric group approach for a spin adapted full configuration interaction: partitioning of a configuration graph into sets of closed-shell and open-shell graphs 査読有り

Kiyoshi Tanaka, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Hidemi Terashima, Hiroaki Tokiwa

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS117 ( 3 ) 397 - 405 2007年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-006-0171-8

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A fully quantum mechanical simulation study on the lowest n--$π$∗ state of hydrated formaldehyde 査読有り

Mochizuki Yuji, Komeiji Yuto, Ishikawa Takeshi, Nakano Tatsuya, Yamataka Hiroshi

Chemical physics letters437 ( 1-3 ) 66 - 72 2007年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2007.02.016

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Frontier Simulation Software for Industrial Science

望月祐志

Annual Report of the Earth Simulator Center April 2005 - March 200656 ( 4 ) 299 - 304 2007年

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記述言語：英語

J-GLOBAL

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On Mechanism of Enhanced Fluorescence in Green Fluorescent Protein 査読有り

STARIKOV EVGENI B, Panas Itai, MOCHIZUKI YUJI, TANAKA SHIGENORI, Luo Yi, AA}gren Hans

Biophysical Reviews and Letters2 ( 03n04 ) 221 - 227 2007年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：World Scientific

DOI： 10.1142/s1793048007000568

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Fragment molecular orbital calculations on red fluorescent protein (DsRed) 査読有り

Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Takeshi Ishikawa, Kiyoshi Tanaka, Minoru Sakurai, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS433 ( 4-6 ) 360 - 367 2007年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2006.11.088

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Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides 査読有り

Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Shigenori Tanaka, Kuniyoshi Ebina

Chemical Physics Letters449 ( 4-6 ) 329 - 335 2007年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier {BV}

DOI： 10.1016/j.cplett.2007.10.066

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Ab initio FMO-MD method reimplemented and applied to pure water 査読有り

Yuto Komeiji, Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Hiroshi Yamataka, Tatsuya Nakano

COMPUTATION IN MODERN SCIENCE AND ENGINEERING VOL 2, PTS A AND B2 ( 2 ) 1261 - + 2007年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1063/1.2835978

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2P058 Theoretical study on the sequence specific recognition mechanism of Pumilio RNA-binding domain by Fragment Molecular Orbital (FMO) method (Proteins-structure and structure-function relationship, Poster Presentations) 査読有り

Kurisaki Ikuo, Fukuzawa Kaori, Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori

Seibutsu Butsuri47 ( supplement ) S127 2007年

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記述言語：英語出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

DOI： 10.2142/biophys.47.S127_3

CiNii Article

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Fragment molecular orbital calculations on red fluorescent protein (DsRed)

Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Takeshi Ishikawa, Kiyoshi Tanaka, Minoru Sakurai, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS433 ( 4-6 ) 360 - 367 2007年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2006.11.088

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フラグメント分子軌道法に基づいた生体巨大分子の電子状態計算の現状と今後の展望

望月祐志

中野達也, 望月祐志, 甘利真司, 小林将人, 福澤薫, 田中成典 J. Comp. Chem. Jpn.6 ( 3 ) 173 - 184 2007年1月1日

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

1999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌道(FMO)法は、分子系をフラグメントに分割し、フラグメントのモノマー、ダイマー・・・の計算から系全体を計算する方法であり、タンパク質やDNAのような巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として、近年注目を集めている。本稿では、FMO法の概要と、多層FMO(MLFMO)法に基づいたタンパク質の励起状態計算、及びFMO法に基づいたconfiguration analysis for fragment interaction (CAFI)やvisualized cluster analysis of protein-ligand interaction (VISCANA)といった解析方法について報告し、FMO法の今後について展望する。

DOI： 10.2477/jccj.6.173

CiNii Article

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フラグメント分子軌道法による生体高分子の応用計算

望月祐志

福澤薫, 中野達也, 加藤昭史, 望月祐志, 田中成典 J. Comp. Chem. Jpn.6 ( 3 ) 185 - 198 2007年1月1日

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）出版者・発行元：Society of Computer Chemistry, Japan

フラグメント分子軌道(FMO)法プログラムABINIT-MPを用いた生体高分子の応用計算の現状をGUIシステムBioSation Viewerの機能とともに紹介する。具体例として、核内受容体とリガンドの相互作用、DNAと転写因子タンパク質との結合などについて、主に転写に関わる分子認識機構を詳細に解析した。フラグメント間相互作用エネルギー、電荷分布、及び軌道相互作用の解析などを通じて、生体高分子の分子認識における各アミノ酸残基の役割や相互作用の様式を明らかにした。またこれらの分子認識には、静電的な相互作用ばかりでなく、分散力に基づくvan der Waals相互作用が重要であることを明らかにし、電子相関を適切に取り入れた量子化学計算が必要となることが具体例を通じて示された。その他にも、光励起特性の解析などの先駆的な研究も進めている。

DOI： 10.2477/jccj.6.185

CiNii Article

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00301036791?from=CiNii
A graphical symmetric group approach for a spin adapted full configuration interaction

望月祐志

K. Tanaka, Y. Mochizuki, T. Ishikawa, H. Terashima, and H. Tokiwa, ( 117 ) 397 - 405 2007年1月1日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

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Erratum: Intra- and intermodular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study (Journal of Computational Chemistry (2006) 27 (948)) 査読有り

Fukuzawa, K., Komeiji, Y., Mochizuki, Y., Kato, A., Nakano, T., Tanaka, S.

Journal of Computational Chemistry28 ( 13 ) 2007年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.20803

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Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method (vol 110, pg 24276, 2006) 査読有り

Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B110 ( 47 ) 24276 - 24276 2006年11月

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記述言語：英語

DOI： 10.1021/jp065705n

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Application of fragment molecular orbital scheme to silicon-containing systems 査読有り

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Kenji Imamura, Tatsuya Nakano, Hirotoshi Mori, Hiroaki Tokiwa, Kiyoshi Tanaka, Eisaku Miyoshi, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS430 ( 4-6 ) 361 - 366 2006年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2006.09.015

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Application of fragment molecular orbital scheme to silicon-containing systems

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Kenji Imamura, Tatsuya Nakano, Hirotoshi Mori, Hiroaki Tokiwa, Kiyoshi Tanaka, Eisaku Miyoshi, Shigenori Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS430 ( 4-6 ) 361 - 366 2006年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2006.09.015

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Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method 査読有り

Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B110 ( 32 ) 16102 - 16110 2006年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp060770i

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Fragment molecular orbital calculations on large scale systems containing heavy metal atom 査読有り

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Hirotoshi Mori, Hiroaki Honda, Takatoshi Fujita, Hiroaki Tokiwa, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji, Kaori Fukuzawa, Kiyoshi Tanaka, Eisaku Miyoshi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS427 ( 1-3 ) 159 - 165 2006年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2006.06.103

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Fragment molecular orbital calculations on large scale systems containing heavy metal atom

Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Hirotoshi Mori, Hiroaki Honda, Takatoshi Fujita, Hiroaki Tokiwa, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji, Kaori Fukuzawa, Kiyoshi Tanaka, Eisaku Miyoshi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS427 ( 1-3 ) 159 - 165 2006年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2006.06.103

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Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method

Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B110 ( 32 ) 16102 - 16110 2006年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp060770i

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Intra- and intermolecular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study 査読有り

K Fukuzawa, Y Komeiji, Y Mochizuki, A Kato, T Nakano, S Tanaka

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY27 ( 8 ) 948 - 960 2006年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.20399

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Intra- and intermolecular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study

K Fukuzawa, Y Komeiji, Y Mochizuki, A Kato, T Nakano, S Tanaka

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY27 ( 8 ) 948 - 960 2006年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jcc.20399

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Dynamic polarizability calculation with fragment molecular orbital scheme 査読有り

Y Mochizuki, T Ishikawa, K Tanaka, H Tokiwa, T Nakano, S Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS418 ( 4-6 ) 418 - 422 2006年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.11.014

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Dynamic polarizability calculation with fragment molecular orbital scheme

Y Mochizuki, T Ishikawa, K Tanaka, H Tokiwa, T Nakano, S Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS418 ( 4-6 ) 418 - 422 2006年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.11.014

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VISCANA: Visualized cluster analysis of protein-ligand interaction based on the ab initio fragment molecular orbital method for virtual ligand screening 査読有り

S Amari, M Aizawa, JW Zhang, K Fukuzawa, Y Mochizuki, Y Iwasawa, K Nakata, H Chuman, T Nakano

JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING46 ( 1 ) 221 - 230 2006年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ci050262q

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Revolutionary Simulation Software for 21st Century 査読有り

Kato Chisachi, Tsubokura Makoto, Yamade Yoshinobu, Arakawa Takamichi, Mochizuki Yuji, Yamashita Katsumi, Murase Tadashi, Nakano Tatsuya, Yamamoto Takenori, Ohno Takahisa, o, h

Annual Report of the Earth Simulator Center April2007 2006年

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Developments and applications of ABINIT-MP software based on the fragment molecular orbital method 査読有り

Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Shinji Amari, Shigenori Tanaka

Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers 39 - 52 2006年

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記述言語：英語掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：Elsevier

DOI： 10.1016/B978-044452220-7/50066-6

Scopus

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VISCANA: Visualized cluster analysis of protein-ligand interaction based on the ab initio fragment molecular orbital method for virtual ligand screening

S Amari, M Aizawa, JW Zhang, K Fukuzawa, Y Mochizuki, Y Iwasawa, K Nakata, H Chuman, T Nakano

JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING46 ( 1 ) 221 - 230 2006年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/ci050262q

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A size-extensive modification of super-CI for orbital relaxation 査読有り

Yuji Mochizuki

Chemical Physics Letters410 ( 1-3 ) 165 - 171 2005年7月10日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.05.066

Scopus

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1A configuration analysis for fragment interaction 査読有り

Y Mochizuki, K Fukuzawa, A Kato, S Tanaka, K Kitaura, T Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS410 ( 4-6 ) 247 - 253 2005年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.05.079

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A size-extensive modification of super-Cl for orbital relaxation

Y Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS410 ( 1-3 ) 165 - 171 2005年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.05.066

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1A configuration analysis for fragment interaction

Y Mochizuki, K Fukuzawa, A Kato, S Tanaka, K Kitaura, T Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS410 ( 4-6 ) 247 - 253 2005年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.05.079

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Configuration interaction singles method with multilayer fragment molecular orbital scheme 査読有り

Y Mochizuki, S Koikegami, S Amari, K Segawa, K Kitaura, T Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS406 ( 4-6 ) 283 - 288 2005年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.03.008

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Configuration interaction singles method with multilayer fragment molecular orbital scheme

Y Mochizuki, S Koikegami, S Amari, K Segawa, K Kitaura, T Nakano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS406 ( 4-6 ) 283 - 288 2005年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2005.03.008

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Frontier Simulation Software for Industrial Science 査読有り

Kato Chisachi, Tsubokura Makoto, Mochizuki Yuji, Yamashita Katsumi, Murase Tadashi, Yamagishi Kenji, Tokiwa Hiroaki, Nakano Tatsuya, Yamamoto Takenori, Ohno Takahisa

Annual Report of the Earth Simulator Center April2006 ( 4 ) 2005年

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J-GLOBAL

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Fragment Molecular Orbital Study on Molecular Interaction between Estrogen Receptor and Their Ligands

福澤薫, 望月祐志, 田中成典, 甘利真志, 北浦和夫, 中野達也

Proceedings of 7th Congress of the World Association of Theoretically Oriented Chemists (WATOC) (Cape Town, South Africa)ES-P23, 2005年

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掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

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A parallelized integral-direct second-order Møller--Plesset perturbation theory method with a fragment molecular orbital scheme 査読有り

Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Koikegami Shigeru, Tanimori Souichirou, Abe Yukinobu, Nagashima Umpei, Kitaura Kazuo

Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta)112 ( 5-6 ) 442 - 452 2004年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-004-0602-3

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A parallelized integral-direct second-order Moller-Plesset perturbation theory method with a fragment molecular orbital scheme

Y Mochizuki, T Nakano, S Koikegami, S Tanimori, Y Abe, U Nagashima, K Kitaura

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS112 ( 5-6 ) 442 - 452 2004年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-004-0602-3

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Large scale MP2 calculations with fragment molecular orbital scheme 査読有り

Y Mochizuki, S Koikegami, T Nakano, S Amari, K Kitaura

CHEMICAL PHYSICS LETTERS396 ( 4-6 ) 473 - 479 2004年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2004.08.082

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Large scale MP2 calculations with fragment molecular orbital scheme

Y Mochizuki, S Koikegami, T Nakano, S Amari, K Kitaura

CHEMICAL PHYSICS LETTERS396 ( 4-6 ) 473 - 479 2004年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.cplett.2004.08.082

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Development of integral transformation modules for correlated calculations

望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.3 ( 1 ) 1 - 12 2004年

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記述言語：日本語出版者・発行元：Society of Computer Chemistry, Japan

分子軌道計算において配置展開に基づいて電子相関を導入する場合、積分は基底関数の添字から分子軌道の添字に変換しておく必要がある。特に、基底関数の総数に対して4乗量である2電子積分の変換は計算コストが大きいために、演算数を可能な限り減らして効率的に処理することが重要となる。そこで、山本と長嶋によるアルゴリズム (J. Comp. Chem., 9, 627 (1988) ) に基づいて閾値以上の積分のみを扱い、さらに基本線形代数ルーチンDAXPYとDDOTを導入して高速化を図った2電子積分変換モジュールを開発した。

DOI： 10.2477/jccj.3.1

CiNii Article

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00237366801?from=CiNii
Comparative study of dehydrogenation at Pt(111)/water and Pt(111)/vacuum of methanol interfaces 査読有り

Y Okamoto, O Sugino, Y Mochizuki, T Ikeshoji, Y Morikawa

CHEMICAL PHYSICS LETTERS377 ( 1-2 ) 236 - 242 2003年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)01144-8

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Comparative study of dehydrogenation at Pt(111)/water and Pt(111)/vacuum of methanol interfaces

Y Okamoto, O Sugino, Y Mochizuki, T Ikeshoji, Y Morikawa

CHEMICAL PHYSICS LETTERS377 ( 1-2 ) 236 - 242 2003年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)01144-8

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Prolapses in four-component relativistic Gaussian basis sets 査読有り

H Tatewaki, T Koga, Y Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS375 ( 3-4 ) 399 - 405 2003年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00873-X

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Prolapses in four-component relativistic Gaussian basis sets

H Tatewaki, T Koga, Y Mochizuki

CHEMICAL PHYSICS LETTERS375 ( 3-4 ) 399 - 405 2003年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00873-X

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Ab initio study on the structures of Th(IV) hydrate and its hydrolysis products in aqueous solution 査読有り

S Tsushima, TX Yang, Y Mochizuki, Y Okamoto

CHEMICAL PHYSICS LETTERS375 ( 1-2 ) 204 - 212 2003年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00806-6

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Ab initio study on the structures of Th(IV) hydrate and its hydrolysis products in aqueous solution

S Tsushima, TX Yang, Y Mochizuki, Y Okamoto

CHEMICAL PHYSICS LETTERS375 ( 1-2 ) 204 - 212 2003年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00806-6

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Theoretical study of hydrolysis reactions of tetravalent thorium ion 査読有り

Y Okamoto, Y Mochizuki, S Tsushima

CHEMICAL PHYSICS LETTERS373 ( 1-2 ) 213 - 217 2003年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00592-X

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On the electronic structure of CmFn (n=1-4) by all-electron Dirac-Hartree-Fock calculations 査読有り

Y Mochizuki, H Tatewaki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS118 ( 20 ) 9201 - 9207 2003年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1568075

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Theoretical study of hydrolysis reactions of tetravalent thorium ion

Y Okamoto, Y Mochizuki, S Tsushima

CHEMICAL PHYSICS LETTERS373 ( 1-2 ) 213 - 217 2003年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00592-X

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On the electronic structures of Th4+ and Ac3+ hydrate models 査読有り

Yuji Mochizuki, Satoru Tsushima

Chemical Physics Letters372 ( 1-2 ) 114 - 120 2003年4月22日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00373-7

Scopus

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On the electronic structures of Th4+ and Ac3+ hydrate models

Y Mochizuki, S Tsushima

CHEMICAL PHYSICS LETTERS372 ( 1-2 ) 114 - 120 2003年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00373-7

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Comments on relativistic basis sets 査読有り

H Tatewaki, Y Mochizuki

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS109 ( 1 ) 40 - 42 2003年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-002-0412-4

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Comments on relativistic basis sets

Hiroshi Tatewaki, Yuji Mochizuki

Theoretical Chemistry Accounts109 ( 1 ) 40 - 42 2003年2月1日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00214-002-0412-4

Scopus

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Electric structure calculations on heavy element systems using the DIRAC code 査読有り

Mochizuki Yuji

2003年

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On the electronic of CmFn(n=1-4) by all-electron Dirac -Hartree-Fock calculations

望月祐志

（不明） ( 118 ) 9201 - 9207 2003年1月1日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

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Four-component relativistic calculations on the mono-ammine complexes of trivalent f0, f7, and f14 ions

Yuji Mochizuki, Yasuharu Okamoto

Chemical Physics Letters359 ( 3-4 ) 331 - 336 2002年6月20日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(02)00727-3

Scopus

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Four-component relativistic calculations on the mono-ammine complexes of trivalent f(0), f(7), and f(14) ions 査読有り

Y Mochizuki, Y Okamoto

CHEMICAL PHYSICS LETTERS359 ( 3-4 ) 331 - 336 2002年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(02)00727-3

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On the electronic structure of Cm(H2O)(n)(3+) (n=1,2,4,6) by all-electron Dirac-Hartree-Fock calculations 査読有り

Y Mochizuki, H Tatewaki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS116 ( 20 ) 8838 - 8842 2002年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1473803

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On the electronic structure of Cm(H2O)(n)(3+) (n=1,2,4,6) by all-electron Dirac-Hartree-Fock calculations

Y Mochizuki, H Tatewaki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS116 ( 20 ) 8838 - 8842 2002年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1473803

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Vectorization of direct Fock matrix construction in DIRAC-DHF calculations 査読有り

Y Mochizuki, M Matsumura, T Yokura, Y Hirahara, T Imamura

JOURNAL OF NUCLEAR SCIENCE AND TECHNOLOGY39 ( 2 ) 195 - 199 2002年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3327/jnst.39.195

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Size, order, and dimensional relations for silicon cluster polarizabilities 査読有り

B Jansik, B Schimmelpfennig, P Norman, Y Mochizuki, Y Luo, H Agren

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A106 ( 2 ) 395 - 399 2002年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp012654f

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Ab initio MO studies on the hydration of trivalent curium ion 査読有り

Yuji Mochizuki, Hiroshi Tatewaki, Yasuharu Okamoto

Journal of Nuclear Science and Technology39 ( sup3 ) 418 - 421 2002年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Taylor \& Francis

DOI： 10.1080/00223131.2002.10875496

Scopus

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Size, order, and dimensional relations for silicon cluster polarizabilities

B Jansik, B Schimmelpfennig, P Norman, Y Mochizuki, Y Luo, H Agren

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A106 ( 2 ) 395 - 399 2002年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1021/jp012654f

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Vectorization of direct fock matrix construction in DIRAC-DHF calculations

Yuji Mochizuki, Masayuki Matsumura, Tetsui-Chi Yokura, Yukio Hirahara, Toshiyuki Imamura

Journal of Nuclear Science and Technology39 ( 2 ) 195 - 199 2002年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/18811248.2002.9715175

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Ab initio MO studies on the hydration of trivalent curium ion

Yuji Mochizuki, Hiroshi Tatewaki, Yasuharu Okamoto

Journal of Nuclear Science and Technology39 ( 3 ) 418 - 421 2002年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/00223131.2002.10875496

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Modification of nonrelativistic gaussian basis sets for relativistic calculations

Hiroshi Tatewaki, Yuji Mochizuki, Toshikatsu Koga, Jacek Karwowski

Journal of Chemical Physics115 ( 20 ) 9160 - 9164 2001年11月22日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1415080

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Four-component relativistic calculations on the complexes between a water molecule and trivalent lanthanoid and actinoid ions

Yuji Mochizuki, Hiroshi Tatewaki

Chemical Physics273 ( 2-3 ) 135 - 148 2001年11月15日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0301-0104(01)00483-9

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Four-component relativistic calculations on the complexes between a water molecule and trivalent lanthanoid and actinoid ions 査読有り

Y Mochizuki, H Tatewaki

CHEMICAL PHYSICS273 ( 2-3 ) 135 - 148 2001年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0301-0104(01)00483-9

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Modification of nonrelativistic Gaussian basis sets for relativistic calculations 査読有り

H Tatewaki, Y Mochizuki, T Koga, J Karwowski

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS115 ( 20 ) 9160 - 9164 2001年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.1415080

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Vapor-liquid equilibrium data for the four binary systems containing fluorocarbon, hydrofluorocarbon, and fluorinated ethers at 101.3 kPa 査読有り

K. Tochigi, T. Satou, K. Kurihara, K. Ochi, H. Yamamoto, Y. Mochizuki, T. Sako

Journal of Chemical and Engineering Data46 ( 4 ) 913 - 917 2001年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：American Chemical Society

DOI： 10.1021/je000192d

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HF-STEX and RASSCF calculations on nitrogen K-shell X-ray absorption of purine base and its derivative 査読有り

Y Mochizuki, H Koide, T Imamura, H Takemiya

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION8 ( 2 ) 1003 - 1005 2001年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1107/S0909049500017696

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Polarizability of silicon clusters 査読有り

Y Mochizuki, H Agren

CHEMICAL PHYSICS LETTERS336 ( 5-6 ) 451 - 456 2001年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(01)00176-2

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HF-STEX and RASSCF calculations nitrogen K-shell X-ray absorption of purine base and its derivative

望月祐志

（不明） ( 8 ) 1003 - 1005 2001年1月1日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

DOI： 10.1107/S0909049500017696

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Polarizability of silicon clusters

望月祐志

（不明） ( 273 ) 135 - 148 2001年1月1日

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）

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A theoretical investigation of sulphur K-shell X-ray absorption of cysteine 査読有り

Y Mochizuki, H Agren, LGM Pettersson, Carravetta, V

CHEMICAL PHYSICS LETTERS309 ( 3-4 ) 241 - 248 1999年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(99)00684-3

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Multireference coupled-pair approximation study of the CuSi molecule 査読有り

M Tomonari, Y Mochizuki, K Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS101 ( 5 ) 332 - 335 1999年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s002140050449

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Theoretical investigation of the GaF molecule and its positive ion 査読有り

Y Mochizuki, K Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS101 ( 4 ) 257 - 261 1999年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s002140050438

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Theoretical spectroscopic constants of the GaN molecule 査読有り

Y Mochizuki, K Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS101 ( 4 ) 292 - 296 1999年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s002140050443

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MULTI-REFERENCE COUPLED PAIR APPROXIMATION: a state-universal approach of a CEPA type variant of MRSDCI 査読有り

Tanaka Kiyoshi, Sakai Takeo, Mochizuki Yuji

Recent Advances in Multireference Methods4 95 1999年

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出版者・発行元：World Scientific

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Molecular Orbital Study on the Oxidative Decomposition of Hfc-32 査読有り

Mochizuki Yuji

Data/Code/Japan atomic energy research institute (Tokyo)99 015 1999年

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出版者・発行元：Tokai

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Theoretical study of the spectroscopic constants of low-lying states of Ga-2 査読有り

TK Ghosh, K Tanaka, Y Mochizuki

THEOCHEM-JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE451 ( 1-2 ) 61 - 71 1998年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0166-1280(98)00160-2

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Precise control of pn-junction profiles for GaN-based LD structures using GaN substrates with low dislocation densities 査読有り

N Kuroda, C Sasaoka, A Kimura, A Usui, Y Mochizuki

JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH189 551 - 555 1998年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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Theoretical investigation on the GaH molecule and its positive ion 査読有り

Y Mochizuki, K Tanaka

THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS99 ( 2 ) 88 - 94 1998年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s002140050308

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Determination of valence band splitting parameters in GaN 査読有り

AA Yamaguchi, Y Mochizuki, H Sunakawa, A Usui

JOURNAL OF APPLIED PHYSICS83 ( 8 ) 4542 - 4544 1998年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.367217

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Uniaxial stress effects on valence band structures of GaN 査読有り

AA Yamaguchi, Y Mochizuki, C Sasaoka, A Kimura, M Nido, A Usui

NITRIDE SEMICONDUCTORS482 893 - 898 1998年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

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A CSF-based multi-reference coupled pair approximation III. An application to F2, As2 and As+ 2 査読有り

Tanaka Kiyoshi, Mochizuki Yuji

Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta)98 ( 4 ) 165 1998年

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出版者・発行元：Springer

DOI： 10.1007/s002140050289

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Program linkage method for using dummy arguments to link program having hierarchical structure 査読有り

Takada Toshikazu, Mochizuki Yuji

1997年10月

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出版者・発行元：Google Patents

US Patent 5,675,806

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Computational study of the spectroscopic constants of the ground state of the As-2 molecule 査読有り

Y Mochizuki, K Tanaka

CHEMICAL PHYSICS LETTERS274 ( 1-3 ) 264 - 268 1997年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0009-2614(97)00655-6

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Reflectance spectroscopy on GaN films under uniaxial stress 査読有り

AA Yamaguchi, Y Mochizuki, C Sasaoka, A Kimura, M Nido, A Usui

APPLIED PHYSICS LETTERS71 ( 3 ) 374 - 376 1997年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1063/1.119541

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Theoretical study of the surface reaction mechanism of GaN with HCl 査読有り

Y Okamoto, T Takada, Y Mochizuki

JAPANESE JOURNAL OF APPLIED PHYSICS PART 2-LETTERS & EXPRESS LETTERS35 ( 12B ) L1641 - L1643 1996年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1143/jjap.35.L1641

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Generalized doubly symbolic formulation for integral-driven direct configuration interaction method 査読有り

Y Mochizuki, N Nishi, Y Hirahara, T Takada

THEORETICA CHIMICA ACTA93 ( 4 ) 211 - 233 1996年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s002140050148

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Epitaxial growth method of semiconductor crystal and molecular beam epitaxy apparatus for the same 査読有り

Mochizuki Yuji, Usui Akira, Takada Toshikazu

1996年4月

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出版者・発行元：Google Patents

US Patent 5,505,159

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Generalized doubly symbolic formulation for integral-driven direct configuration interaction method

Yuji Mochizuki, Naoki Nishi, Yukio Hirahara, Toshikazu Takada

Theoretical Chemistry Accounts93 ( 4 ) 211 - 233 1996年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer New York

DOI： 10.1007/bf01113418

Scopus

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Method for epitaxial growth of semiconductor crystal by using halogenide 査読有り

Mochizuki Yuji, Chiba Yoshie, Takada Toshikazu, Usui Akira

1995年11月

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出版者・発行元：Google Patents

US Patent 5,469,806

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ON THE REACTION SCHEME FOR TI/TIN CHEMICAL-VAPOR-DEPOSITION (CVD) PROCESS USING TICL4 査読有り

Y MOCHIZUKI, Y OKAMOTO, A ISHITANI, K HIROSE, T TAKADA

JAPANESE JOURNAL OF APPLIED PHYSICS PART 2-LETTERS34 ( 3A ) L326 - L329 1995年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1143/JJAP.34.L326

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THEORETICAL-STUDY ON THE DIRECT REACTION BETWEEN ASH3 AND SURFACE-ADSORBED GACL 査読有り

Y MOCHIZUKI, A USUI, S HANDA, T TAKADA

JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH148 ( 1-2 ) 96 - 105 1995年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0022-0248(94)00644-X

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THEORETICAL-STUDIES ON THE CHLORIDE ALE PROCESS 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA, A USUI

APPLIED SURFACE SCIENCE82-3 200 - 207 1994年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0169-4332(94)90217-8

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THEORETICAL-STUDY OF AS2 DESORPTION FROM THE GA DANGLING-BOND SITE 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA, C SASAOKA, A USUI, E MIYOSHI, Y SAKAI

PHYSICAL REVIEW B49 ( 7 ) 4658 - 4667 1994年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevB.49.4658

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THEORETICAL-STUDY OF THE CL DESORPTION REACTION INDUCED BY H-2 IN THE CHLORIDE ATOMIC LAYER EPITAXY 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA, T SAKUMA, S HANDA, C SASAOKA, A USUI

JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH135 ( 1-2 ) 259 - 268 1994年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0022-0248(94)90749-8

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The combination of computational techniques such as computer graphics (CG), molecular dynamics (MD) and quantum chemistry (QC) methods are demonstrated to be effective for investigating the dynamics and formation of ordered metal species in zeolite pores. 査読有り

Mochizuki Y, Takada T, Usui A

Applied Surface Science82 ( 83 ) 543 1994年

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Theoretical Studies on the Dielectric Breakdown of the SiO_2 Thin Films 査読有り

YOKOZAWA Ayumi, OHTA Noriko, MOCHIZUKI Yuji, ISHITANI Akihiko, TAKADA Toshikazu

Science reports of the Research Institutes, Tohoku University. Ser. A, Physics, chemistry and metallurgy39 ( 1 ) 81 - 84 1994年

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記述言語：英語出版者・発行元：東北大学

Electronic structures of oxygen deficiency in the SiO_2 thin film are theoretically studied by using the cluster models of Si_2O_7H_6 and Si_2O_6H_6 in order to reveal the mechanism of dielectric breakdown observed in the thin films. It is found that the oxygen deficiency induces electron traps rather than hole traps. Furthermore, F^- ions captured through the HF treatments are considered to be a key to introduce the oxygen deficiency in the SiO_2 thin films.

CiNii Article

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THEORETICAL-STUDY OF THE GALLIUM CHLORIDE MOLECULE AND ITS INTERACTION WITH ARSENIC DANGLING BONDS 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA, A USUI

PHYSICAL REVIEW B47 ( 20 ) 13420 - 13431 1993年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevB.47.13420

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NEW CONCERTED MECHANISM OF THE CL-REMOVAL REACTION INDUCED BY H-2 IN CHLORIDE ATOMIC LAYER EPITAXY 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA, A USUI

JAPANESE JOURNAL OF APPLIED PHYSICS PART 2-LETTERS32 ( 2A ) L197 - L199 1993年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1143/JJAP.32.L197

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THEORETICAL-STUDIES ON THE ALE PROCESS OF GAAS CRYSTALS 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA

NEC RESEARCH & DEVELOPMENT33 ( 3 ) 518 - 531 1992年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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ELECTRONIC-STRUCTURE OF LOWER SINGLET-STATES OF BINUCLEAR COPPER-ACETATE MONOHYDRATE 査読有り

K OGASAWARA, Y MOCHIZUKI, T NORO, K TANAKA

CANADIAN JOURNAL OF CHEMISTRY-REVUE CANADIENNE DE CHIMIE70 ( 2 ) 393 - 398 1992年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1139/v92-056

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A THEORETICAL-STUDY OF THE CUOH MOLECULE 査読有り

Y MOCHIZUKI, T TAKADA, A MURAKAMI

CHEMICAL PHYSICS LETTERS185 ( 5-6 ) 535 - 543 1991年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

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ELECTRONIC-STRUCTURE OF THE LINEAR FORM OF OCUO 査読有り

Y MOCHIZUKI, K TANAKA, H KASHIWAGI

CHEMICAL PHYSICS151 ( 1 ) 11 - 20 1991年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0301-0104(91)80002-Y

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A THEORETICAL-STUDY OF THE BENT FORM OF CUO2 査読有り

Y MOCHIZUKI, U NAGASHIMA, S YAMAMOTO, H KASHIWAGI

CHEMICAL PHYSICS LETTERS164 ( 2-3 ) 225 - 230 1989年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0009-2614(89)85019-5

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ELECTRONIC-STRUCTURE OF CO ADSORBED ON SMALL CU CLUSTERS - THEORETICAL-STUDY ON EXCITED-STATES 査読有り

Y MOCHIZUKI, K TANAKA, K OHNO, H TATEWAKI

PHYSICAL REVIEW B39 ( 16 ) 11907 - 11913 1989年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1103/PhysRevB.39.11907

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ABINITIO CAS SCF/MRSDCI STUDY OF THE CUCH2 CLUSTER 査読有り

Y MOCHIZUKI, K TANAKA, K OHNO, H TATEWAKI, S YAMAMOTO

CHEMICAL PHYSICS LETTERS152 ( 6 ) 457 - 463 1988年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/0009-2614(88)80441-X

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Theoretical Study of the Electronic Structure of CO Adsorbed on Small Cu Clusters 査読有り

Tanaka K, Mochizuki Y, Kawaguchi T, Ohno K, Tatewaki H

Microclusters 82 1987年

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出版者・発行元：Springer, Berlin, Heidelberg

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散逸粒子動力学(DPD)プログラムCAMUSの新規開発と性能評価査読有り

土居英男, 齊藤天菜, 奥脇弘次, 内藤貴充, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.16 126 - 128

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記述言語：日本語

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Structure-based drug designを指向した新規フラグメント分割法に基づく4体補正フラグメント分子軌道(FMO4)計算

渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 塚本貴志, 加藤昭史, 田中成典, 中野達也

CBI学会誌1 42 - 46

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記述言語：日本語

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AMOSSWEB: ab initio molecular orbital calculation service system in the world-wide web environment 査読有り

Mochizukia Yuji, Yamamotob Akinori, Hiraharab Yukio, Okamotob Naoki, Nishizawab Kaori, Okamotoa Yasuharu, Handab Susumu, Sakumab Toshihiro, Nakadab Hiroshi, Sanoa Tohru, o

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Summary of this category 査読有り

Dumitrache A, Frunzulica F, Ionescu TC, c{C } }ekinmez Abdulkerim, Karaosmano{\u{g } }lu Bari{\c{s } }can, Erg{\"u}l, O}zg{\"u}r, Komeiji Yuto, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Mori Hirotoshi

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MISC

FMO法の相互作用情報を用いた相分離シミュレーションとの連携招待有り査読有り

奥脇弘次, 土居英男, 小沢拓, 望月祐志

Journal of Computer Chemistry, Japan23 ( 4 ) 105 - 114 2025年3月

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担当区分：最終著者記述言語：日本語

DOI： 10.2477/jccj.2024-0029

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その他リンク： https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/23/4/23_2024-0029/_pdf
ABINIT-MPプログラムの現状と今後招待有り査読有り

望月祐志, 中野達也, 坂倉耕太, 土居英男, 奥脇弘次, 加藤季広, 滝沢寛之, 大島聡史, 星野哲也, 片桐孝洋

J. Comp. Chem. Jpn.23 ( 4 ) 85 - 97 2024年12月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2024-0022

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フラグメント分子軌道計算による開殻・多参照の量子系の扱い招待有り

望月祐志, 中野達也, 坂倉耕太, 杉﨑研司, 田中成典

計算工学会誌29 4813 - 4817 2024年7月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

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FMODBからのデータ取得用Pythonスクリプトの開発査読有り

松岡壮太, 柿沼紗也果, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.23 ( 2 ) 45 - 49 2024年4月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：日本語出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

DOI： 10.2477/jccj.2023-0040

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FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2023 招待有り査読有り

望月祐志, 中野達也, 坂倉耕太, 奥脇弘次, 土居英男, 加藤季広, 滝沢寛之, 成瀬彰, 大島聡史, 星野哲也, 片桐孝洋

J. Comp. Chem. Jpn.23 ( 1 ) 4 - 8 2024年3月20日

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2024-0001

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タンパク質に関する FMO-DPD シミュレーション用パラメータ算定と試行招待有り査読有り

太刀野雄介, 土居英男, 奥脇弘次, 平野秀典, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.22 ( 2 ) 15 - 17 2023年12月9日

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担当区分：最終著者,　責任著者

DOI： 10.2477/jccj.2023-0019

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その他リンク： https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/22/2/22_2023-0019/_pdf
計算科学ロードマップ2023

望月祐志(FMO関係の取り纏めと分担執筆)

2023年12月

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記述言語：日本語

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ABINIT-MP Openシリーズ (Ver.2 Rev.8)

望月祐志

2023年8月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語

ABINIT-MPプログラムOpenシリーズのVer. 2 Rev. 8のリリースノート

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「富岳」時代のフラグメント分子軌道計算招待有り

望月祐志

化学78 ( 8 ) 12 - 15 2023年7月

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担当区分：筆頭著者記述言語：日本語

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FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2022 招待有り査読有り

望月祐志, 中野達也, 坂倉耕太, 渡邊啓正, 佐藤伸哉, 奥脇弘次, 秋澤和輝, 土居英男, 大島聡史, 片桐孝洋

J. Comp. Chem. Jpn.21 ( 4 ) 106 - 110 2023年4月29日

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

We have been developing the ABINIT-MP program for fragment molecular orbital (FMO) calculations over 20 years. Several improvements for accelerated processing were made after the release of Open Version 2 Revision 4 at September 2021. Functionalities were enhanced as well. In this short report, we summarize such developments toward the next release of Revision 8.

DOI： 10.2477/jccj.2022-0037

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量子アプリケーション招待有り

杉﨑研司, 望月祐志

映像情報メディア学会誌77 43 - 48 2023年2月

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担当区分：最終著者記述言語：日本語掲載種別：書評論文，書評，文献紹介等

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量子コンピュータを利用したタンパク質の畳み込みモデル招待有り査読有り

齊藤瑠偉, 奥脇弘次, 望月祐志, 永井隆太郎, 加藤拓己, 杉﨑研司, 湊雄一郎

J. Comp. Chem. Jpn.21 ( 2 ) 39 - 42 2022年11月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）出版者・発行元：日本コンピュータ化学会

DOI： 10.2477/jccj.2022-0022

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FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2021 招待有り査読有り

望月祐志, 中野達也, 佐藤伸哉, 坂倉耕太, 渡邊啓正, 奥脇弘次, 大島聡史, 片桐孝洋

J. Comp. Chem. Jpn.20 ( 4 ) 132 - 136 2022年3月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

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A64FXを用いたフラグメント分子軌道計算プログラムの性能評価

満田, 晴紀, 片桐, 孝洋, 坂倉, 耕太, 中野, 達也, 望月, 祐志, 大島, 聡史, 永井, 亨

第84回全国大会講演論文集2022 ( 1 ) 63 - 64 2022年2月17日

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記述言語：日本語

フラグメント分子軌道計算（FMO）を行うソフトウェアABINIT-MPについて、名古屋大学情報基盤センターが提供するスーパーコンピュータ「不老」TypeⅠサブシステム（CPU:ARMA64FX）を用いて性能評価した結果を示す。

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ABINIT-MP Openシリーズ (Ver.2 Rev.4)

望月祐志

2021年9月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語

ABINIT-MPプログラムOpenシリーズのVer. 2 Rev. 4のリリースノート

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FMOプログラム「ABINIT-MP」のA64FXスーパーコンピュータ向け高速化と大規模化招待有り

望月祐志, 中野達也, 坂倉耕太

計算工学ナビ ( 21 ) 6 - 6 2021年9月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等

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その他リンク： http://www.cenav.org/wp-content/uploads/2021/09/NL21_low.pdf
種々の科学データにおける機械学習を用いた分析の試み招待有り査読有り

奥脇弘次, 増田淳希, 柿沼紗也果, 長谷川貴一, 水野寛哉, 満野仁美, 伊藤雅仁, 藤方玲衣, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.19 ( 4 ) A21 - A24 2021年6月

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担当区分：最終著者

DOI： 10.2477/jccj.2021-0018

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FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2020 招待有り査読有り

望月祐志, 坂倉耕太, 渡邊啓正, 奥脇弘次, 加藤幸一郎, 渡辺尚貴, 沖山佳生, 福澤薫, 中野達也

J. Comp. Chem. Jpn.19 ( 4 ) 142 - 145 2021年4月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2021-0015

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Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability

Mochizuki, Y., Tanaka, S., Fukuzawa, K.

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability 2021年

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出版者・発行元：Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability

DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5

Scopus

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その他リンク： http://link.springer.com/content/pdf/10.1007/978-981-15-9235-5
SARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬のFMO動的相互作用解析

半田佑磨, 川嶋裕介, 畑田崚, 奥脇弘次, 望月祐志, 古石誉之, 米持悦生, 本間光貴, 古明地勇人, 田中成典, 福澤薫, 福澤薫

構造活性相関シンポジウム講演要旨集49th (CD-ROM) 2021年

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J-GLOBAL

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分子シミュレーションによるssPalm脂質ナノ粒子の構造と相互作用解析

小浪なおこ, 西田瑠花, 氏家かれん, 佐々木香純, 奥脇弘次, 望月祐志, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会関東支部大会講演要旨集65th (CD-ROM) 2021年

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J-GLOBAL

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自己組織化写像によるフラグメント間相互作用解析手法の開発

川嶋裕介, 田雨時, 半田佑磨, 奥脇弘次, 渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 川下理日人, 古石誉之, 米持悦生, 本間光貴, 田中成典, 望月祐志, 高木達也, 福澤薫

日本薬学会関東支部大会講演要旨集65th (CD-ROM) 2021年

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J-GLOBAL

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分子シミュレーションによるssPalm/コレステロール混合系脂質ナノ粒子の構造解析

氏家かれん, 西田瑠花, 奥脇弘次, 望月祐志, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会年会要旨集(Web)141st 2021年

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J-GLOBAL

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FMO動的相互作用解析によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬のポーズ推定と結合性予測

半田佑磨, 奥脇弘次, 畑田崚, 望月祐志, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 古石誉之, 米持悦生, 川嶋裕介, 本間光貴, 福澤薫, 福澤薫

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2021 2021年

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J-GLOBAL

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新型コロナウイルスのタンパク質に関するフラグメント分子軌道計算の事例招待有り

望月祐志, 奥脇弘次

計算工学会誌26 ( 1 ) 4204 - 4209 2021年1月

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掲載種別：記事・総説・解説・論説等（その他）

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新型コロナウイルスタンパク質のフラグメント分子軌道計算招待有り

望月祐志

現代化学596 ( 2020年11月号 ) 34 - 35 2020年10月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語出版者・発行元：東京化学同人

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フラグメント分子軌道（FMO）法、ならびに散逸粒子動力学（DPD）シミュレーションとの連携招待有り査読有り

望月祐志, 奥脇弘次

応用物理89 ( 10 ) 566 - 572 2020年10月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（その他）出版者・発行元：応用物理学会

DOI： 10.11470/oubutsu.89.10_566

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「富岳」を使った新型コロナウイルスの関連タンパク質のFMO計算招待有り

望月祐志

計算工学ナビ ( 19 ) 6 - 6 2020年9月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：日本語掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等

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その他リンク： http://www.cenav.org/wp-content/uploads/2020/08/NL19_low.pdf
新型コロナウイルスのタンパク質に対するフラグメント分子軌道計算による解析事例招待有り査読有り

望月祐志

応用物理学会「特別WEBコラム新型コロナウィルス禍に学ぶ応用物理」 2020年8月

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担当区分：責任著者

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その他リンク： https://www.jsap.or.jp/columns-covid19/covid19_2-3-2
フラグメント分子軌道法によるSARS-CoV-2Mproと阻害剤の相互作用解析

川嶋裕介, 半田佑磨, 奥脇弘次, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 渡邉千鶴, 本間光貴, 福澤薫

構造活性相関シンポジウム講演要旨集48th (CD-ROM) 2020年

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J-GLOBAL

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FMO-DPDシミュレーションによる脂質二重膜,ナノ粒子の詳細解析

奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 氏家かれん, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 田中浩揮, 秋田英万

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)81st 2020年

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J-GLOBAL

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FMO-DPD連携による脂質ナノ粒子,ペプチドのマルチスケールシミュレーション

奥脇弘次, 西田瑠花, 氏家かれん, 土屋裕大朗, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 田中浩揮, 秋田英万

分子シミュレーション討論会講演要旨集34th (CD-ROM) 2020年

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分子動力学とフラグメント分子軌道計算を用いたSARS-CoV-2主要プロテアーゼへの既存薬物の結合の予測【JST・京大機械翻訳】

HANDA Yuma, KAWASHIMA Yusuke, HATADA Ryo, OKUWAKI Koji, AKISAWA Kazuki, MOCHIZUKI Yuji, KOMEIJI Yuto, TANAKA Shigenori, FURUISHI Takayuki, FUKUZAWA Kaori, YONEMOCHI Etsuo

CBI学会大会2020 (CD-ROM) 2020年

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FMO-DPDの連携による脂質二重膜,タンパク質の構造解析システムの整備と応用

奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 加藤幸一郎, 土屋裕大朗, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)67th 2020年

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フラグメント分子軌道法による動的相互作用解析を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬との結合性予測

半田佑磨, 川嶋裕介, 畑田崚, 奥脇弘次, 秋澤和輝, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会関東支部大会講演要旨集64th 2020年

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深層学習とシミュレーションの連携事例招待有り

伊藤雅仁, 遠藤克浩, 望月祐志, 泰岡顕治

計算工学会誌24 ( 4 ) 3983 - 3987 2019年10月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

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転移学習と生成ネットワークの試行事例招待有り査読有り

伊藤雅仁, 篠嶋友也, 望月祐志, 秋永宜伸, 小杉範仁

J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 132 - 135 2019年10月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

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Scratchを経由する機械学習教材の開発の試み招待有り査読有り

満野仁美, 奥脇弘次, 伊藤雅仁, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 126 - 128 2019年10月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

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機械学習によるテキスト処理ツールの開発と応用招待有り査読有り

亘理結香, 奥脇弘次, 望月祐志

J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 123 - 125 2019年10月

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担当区分：責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

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ペプトイド対応のフラグメント分割ツールの開発

吉田杏平, 加藤幸一郎, 奥脇弘次, 阿部鷹也, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2019 2019年

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高分子電解質膜材料設計に向けた非経験的パラメータに基づく粗視化シミュレーション解析

加藤幸一郎, 奥脇弘次, 土居英男, 米田雅一, 望月祐志, 望月祐志

電池討論会PDF要旨集(CD-ROM)60th 2019年

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カルサイト/アパタイト結晶表面とペプチドのFMO相互作用解析

畑田崚, 加藤幸一郎, 奥脇弘次, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)80th 2019年

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固体とタンパクの出会いを計算する

加藤幸一郎, 畑田崚, 奥脇弘次, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)80th 2019年

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小角X線散乱とCryo-TEMを用いた物性測定と非経験的粗視化シミュレーションによる脂質膜構成メカニズムの解明

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)2018 2019年

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散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

河合良子, 千葉峻太朗, 金田亮, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 奥野恭史, 奥野恭史, 奥野恭史

日本細胞生物学会大会(Web)71st 2019年

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散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

河合良子, 千葉峻太朗, 金田亮, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 奥野恭史, 奥野恭史

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2019 2019年

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FMO計算に基づく脂質二重膜,タンパク質の非経験的粗視化シミュレーションの展開

奥脇弘次, 新庄英治, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)66th 2019年

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FMO-DPDの連携による脂質二重膜とコレステロール,ペプチドモデルのシミュレーション

奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 土屋祐大郎, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)80th 2019年

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FMO-DPDを連携した脂質二重膜,コレステロールのマルチスケールシミュレーション

奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

分子シミュレーション討論会講演要旨集33rd 2019年

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分子シミュレーションによる脂質二重膜形成メカニズムの検討

西田瑠花, 奥脇弘次, 新庄永治, 望月祐志, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会関東支部大会講演要旨集63rd 2019年

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ABINIT-MP Openシリーズの最新の開発状況について招待有り査読有り

望月祐志, 秋永宜伸, 坂倉耕太, 渡邊啓正, 加藤幸一郎, 渡辺尚貴, 奥脇弘次, 中野達也, 福澤薫

J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 129 - 131 2019年

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担当区分：責任著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

DOI： 10.2477/jccj.2019-0016

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FMOプログラムABINIT-MPのOakForest-PACS上での多層並列化と性能評価招待有り査読有り

渡邊啓正, 佐藤伸哉, 坂倉耕太, 齊藤天菜, 望月祐志

日本コンピュータ化学会誌17 147 - 149 2018年12月

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担当区分：最終著者記述言語：日本語掲載種別：速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）

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散逸粒子動力学法シミュレーションを用いた脂質膜構成メカニズムの予測

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本DDS学会学術集会プログラム予稿集34回 157 - 157 2018年5月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本DDS学会

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DPDシミュレーションによる脂質膜構成メカニズムの解明

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 郡司美穂子, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

日本薬学会年会要旨集138年会 ( 4 ) 79 - 79 2018年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本薬学会

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フラグメント分子軌道(FMO)法のナノバイオ系への応用事例

望月祐志, 望月祐志, 加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫

日本生物工学会大会講演要旨集70th 2018年

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FMO法を用いたカルサイト結晶表面とペプチドの相互作用解析

加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)79th 2018年

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脂質ベシクル,タンパク質の非経験的粗視化シミュレーション

奥脇弘次, 新庄英治, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)79th 2018年

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物性測定と粗視化シミュレーションによる脂質二重膜の構造解明

新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2018 2018年

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FMO‐DPD連携シミュレーション手法の開発とベシクル形成への応用

奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 新庄永治, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 小沢拓, 泰岡顕治

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)78th ROMBUNNO.7p‐A503‐13 2017年8月25日

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記述言語：日本語

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計算科学ロードマップ白書第三版

望月祐志

計算科学ロードマップ白書第三版 2017年

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記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

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生体親和材料とその表面を特異的に認識するペプチドの相互作用解析 (特集多様化するニーズに貢献するシミュレーション技術)

加藤幸一郎, 福澤薫, 望月祐志

みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc8 ( 1 ) 55 - 58 2016年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：みずほ情報総研サイエンスソリューション部

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フラグメント分子軌道法の生物間相互作用解析 : ウイルスの受容体への結合特異性解析への応用

丸山正, 嶋根康弘, 岩沢美佐子, 秦田勇二, 吉田尊雄, 高木善弘, 大石和恵, 田中成典, 渡邉博文, 徐逢祺, 望月祐志, 福澤薫, 古明地勇人

Annual report of the earth simulator 251 - 257 2016年4月

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記述言語：日本語出版者・発行元：Center for Earth Information Science and Technology, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

CiNii Article

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FMO法に基づく高分子材料とシリカナノ粒子の相互作用モデリング

加藤幸一郎, 石川雄太郎, 奥脇弘次, 川田修太郎, 望月祐志, 望月祐志, 小沢拓

応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)63rd 2016年

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フラグメント分子軌道法のインシリコ創薬への応用

福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 渡邉博文, 本間光貴, 望月祐志, 田中成典

日本化学会講演予稿集95th ( 2 ) 232 2015年3月11日

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記述言語：日本語

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相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析

塚本貴志, 加藤幸一郎, 加藤昭史, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫

Journal of Computer Chemistry, Japan (Web)14 ( 1 ) 2015年

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FMO法を用いたアパタイト結晶表面とペプチドの相互作用解析

加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)76th 2015年

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アパタイト結晶に対するフラグメント分子軌道法の試み #2

加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)62nd 2015年

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フラグメント分子軌道計算のナノバイオテクノロジーへの展開(その1)

望月祐志, 福澤薫, 加藤幸一郎, 沖山佳生, 塚本貴志, 宮部寛志, 都築誠二, 古明地勇人, 小沢拓, 大畠広介, 渡邉千鶴, 永田大樹, 豊島輝, 酒井泉美, 奥脇弘次

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)75th ROMBUNNO.18P-A1-6 2014年9月1日

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記述言語：日本語

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理論計算によるナイロン分解酵素の機能解析

重田育照, 馬場剛史, 安東寛之, 神谷克政, BOERO M, 根来誠司, 望月祐志, 中野雅由

生体分子科学討論会講演要旨集41st 54 - 55 2014年6月6日

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記述言語：日本語

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フラグメント分子軌道法に基づくタンパク質の理論計算

望月祐志, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 本間光貴, 田中成典

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集14th 63 2014年5月26日

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記述言語：日本語

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ナイロンオリゴマー分解酵素基質複合体の相互作用に対するアミノ酸変異導入の効果

安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 望月祐志, 中野雅由

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集14th 62 2014年5月26日

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記述言語：日本語

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ABINIT‐MPによる京でのフラグメント分子軌道計算

沖山佳生, 渡邉千鶴, 望月祐志, 坂倉耕太, 山本純一, 野口孝明, 小久保達信, 新宮哲, 古明地勇人, 福澤薫, 中野達也, 田中成典

日本化学会講演予稿集94th ( 2 ) 300 2014年3月12日

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記述言語：日本語

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FMO電子状態計算によるX線結晶構造の精密化の検討

福澤薫, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 加藤昭史, 沖山佳生, 田中成典, 望月祐志

日本化学会講演予稿集94th ( 2 ) 300 2014年3月12日

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記述言語：日本語

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酵素NylB‐基質複合体における誘導適合に伴う残基間相互作用エネルギー(IFIE)変化の理論解析

安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 望月祐志, 中野雅由

日本化学会講演予稿集94th ( 2 ) 300 2014年3月12日

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記述言語：日本語

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計算科学ロードマップ白書第二版

望月祐志

計算科学ロードマップ白書第二版 2014年

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記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

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アパタイト結晶に対するフラグメント分子軌道法の試み #1

加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)75th 2014年

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Benchmark for new fragmentation breaking peptide bonds

FUKUZAWA Kaori, SAKAGUCHI Masataka, WATANABE Chiduru, MOCHIZUKI Yuji

CBI学会大会2014 23 2014年

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記述言語：英語

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Theorectical calculations on proteins with fragment molecular orbital method

MOCHIZUKI Yuji, FUKUZAWA Kaori, OKIYAMA Yoshio, WATANABE Chiduru, HONMA Teruki, TANAKA Shigenori

CBI学会大会2014 1 2014年

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記述言語：英語

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Prediction of activity cliff among Pim1 inhibitors using FMO and MM-PBSA calculations

WATANABE Chiduru, WATANABE Hirofumi, FUKUZAWA Kaori, OKIYAMA Yoshio, MOCHIZUKI Yuji, PARKER Lorien J, YUKI Hitomi, HONMA Teruki

CBI学会大会2014 24 2014年

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記述言語：英語

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FMO-based analysis on DsRed chromophore

SAKAGUCHI Masataka, MOCHIZUKI Yuji, WATANABE Chiduru, FUKUZAWA Kaori

CBI学会大会2014 2 2014年

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記述言語：英語

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フラグメント分子軌道法(FMO法)を用いた,酵素NylBの誘導適合過程における残基間相互作用エネルギー変化の統計的解析

安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志, 中野雅由

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)8th ROMBUNNO.2P122 (WEB ONLY) 2014年

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記述言語：日本語

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フラグメント分子軌道計算に基づくペプチド‐シリカの相互作用解析

望月祐志, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 福澤薫, 田中成典

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)74th ROMBUNNO.17A-C6-1 2013年8月31日

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記述言語：日本語

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フラグメント分子軌道法による生体分子系・ナノ界面系に対する大規模電子状態計算

田中成典, 望月祐志, 渡邉千鶴

Annual report of the Earth Simulator Center 173 - 178 2013年4月

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記述言語：英語出版者・発行元：Earth Simulator Center, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

CiNii Article

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京コンピュータを用いたFMO電子密度解析による生体分子構造の高精度化の検討

渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 加藤昭史, 塚本貴志, 田中成典, 望月祐志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)36th 3P-0116 (WEB ONLY) 2013年

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記述言語：日本語

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$\mathbf{QC^2AS}$ : 電子相関理論のための数式処理システムの設計とその利用 (Computer Algebra : Design of Algorithms, Implementations and Applications)

小副川健, 望月祐志, 横山和弘

数理解析研究所講究録1815 152 - 162 2012年10月

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記述言語：日本語出版者・発行元：京都大学

CiNii Article

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その他リンク： http://hdl.handle.net/2433/194561
第二量子化演算子の代数的扱いとその実装 (第20回日本数式処理学会大会報告)

小副川健, 齋藤雅明, 望月祐志

数式処理18 ( 2 ) 33 - 36 2012年5月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本数式処理学会

CiNii Article

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Fragment Based Drug Design(FBDD)を指向した新規フラグメント分割法に基づくFMO計算

渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 塚本貴志, 加藤昭史, 山下勝美, 守田伸明, 田中成典, 中野達也

日本化学会講演予稿集92nd ( 2 ) 276 2012年3月9日

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記述言語：日本語

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フラグメント分子軌道法によるインフルエンザウイルスノイラミニダーゼと抗ウイルス薬との相互作用解析

福澤薫, 望月祐志, 及川茉貴穂, 三部浩輝, 渡邉千鶴, 田中成典, 中野達也

日本化学会講演予稿集92nd ( 2 ) 275 2012年3月9日

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記述言語：日本語

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計算科学ロードマップ白書

望月祐志

計算科学ロードマップ白書 2012年

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記述言語：日本語掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

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Large-Scale Electronic-State Calculations of Protein-Ligand Systems for Drug Design with Fragment Molecular Orbital Method

田中成典, Y. Mochizuki, K. Yamashita, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, T. Nakano

Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2011 – March 2012 185 - 190 2012年

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記述言語：英語掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等出版者・発行元：Earth Simulator Center, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

CiNii Article

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ABINIT‐MP(X)によるFMO計算の最近の展開

望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 古明地勇人, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 中野達也, 中野達也, 森寛敏, 松田彩, 田中成典

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)6th ROMBUNNO.2E16 (WEB ONLY) 2012年

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記述言語：日本語

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ABINIT‐MP/BioStationによるFMO応用計算事例

福澤薫, 福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 塚本貴志, 中野達也, 中野達也, 田中成典, 望月祐志, 望月祐志

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)6th ROMBUNNO.2E17 (WEB ONLY) 2012年

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記述言語：日本語

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ABINIT‐MP(X)による京でのFMO計算

沖山佳生, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 古明地勇人, 森寛敏, 渡邉千鶴, 田中成典

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)6th ROMBUNNO.4P105 (WEB ONLY) 2012年

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記述言語：日本語

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Grb2SH2ドメイン‐阻害剤間の結合親和性のFMO4法と新規フラグメント分割法に基づくCH/π相互作用解析

渡邉千鶴, 福澤薫, 福澤薫, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 梅沢洋二, 西尾元宏

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)6th ROMBUNNO.4P106 (WEB ONLY) 2012年

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記述言語：日本語

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QC2ASの設計について

小副川健, 望月祐志, 横山和弘

数式処理18 ( 1 ) 16 - 19 2011年12月1日

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本数式処理学会

CiNii Article

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Fragment molecular orbital study for interaction between influenza virus neuraminidase and antiviral drug

FUKUZAWA Kaori, MOCHIZUKI Yuji, MIBE Hiroki, WATANABE Chiduru, TANAKA Shigenori, NAKANO Tatsuya

情報計算化学生物学会大会予稿集2011 (CD-ROM) ROMBUNNO.CBI-P1-13 2011年11月8日

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記述言語：英語

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電子相関理論のための数式処理システムに向けて (数式処理研究の新たな発展)

小副川健, 望月祐志, 横山和弘

数理解析研究所講究録1759 99 - 104 2011年9月

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出版者・発行元：京都大学

CiNii Article

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その他リンク： http://hdl.handle.net/2433/171330
Large-Scale Electronic-State Calculations of Influenza Viral Proteins with Fragment Molecular Orbital Method and Applications to Mutation Prediction

田中成典, A. Yoshioka, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, K. Yamashita, T. Nakano

Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2010 – March 2011 187 - 191 2011年

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記述言語：英語掲載種別：機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等

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Fragment‐based drug design(FBDD)を指向した新規分割法に基づくFMO計算

渡邉千鶴, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 望月祐志, 塚本貴志, 塚本貴志, 山下勝美, 守田伸明, 田中成典, 中野達也, 中野達也

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)5th ROMBUNNO.3P099 (WEB ONLY) 2011年

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記述言語：日本語

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Development of ABINIT-MP(X) program for processing fragment molecular orbital calculations 招待有り

Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Kaori Fukuzawa, Takayuki Tsukamoto, Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka

Proceedings of JSST 2011, International Conference on Modeling and Simulation Technology 101 - 104 2011年

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掲載種別：記事・総説・解説・論説等（国際会議プロシーディングズ）

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FMO-MD法 : フラグメント分子軌道法による分子のダイナミクスシミュレーション

古明地勇人, 中野達也, 望月祐志

シミュレーション29 ( 1 ) 2 - 9 2010年3月15日

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本シミュレーション学会

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Three-Body Expansion and Generalized Dynamic Fragmentation Improve the Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics (fMO-MD), An ab Initio MD Method

Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

BIOPHYSICAL JOURNAL98 ( 3 ) 573A - 573A 2010年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

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フラグメント分子軌道法によるポリシラン類の物性に関する理論的研究

田口尚貴, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 森寛敏, 三好永作, 田中成典

日本化学会講演予稿集89th ( 1 ) 2009年

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FMO-MD法によるメチルジアゾニウムカチオンの加水分解反応シミュレーション

佐藤真, 山高博, 古明地勇人, 古明地勇人, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 中野達也

日本化学会講演予稿集88th ( 2 ) 2008年

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フラグメント分子軌道法によるポリシラン類の物性に関する理論的研究

田口尚貴, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 森寛敏, 森寛敏, 三好永作, 三好永作, 田中成典, 田中成典

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)2nd 2008年

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フラグメント分子軌道法によるDsRed類縁種の励起状態に関する理論的研究

田口尚貴, 望月祐志, 中野達也, 甘利真司, 石川岳志, 福澤薫, 櫻井実, 田中成典

日本化学会講演予稿集88th ( 1 ) 2008年

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エストロゲン受容体のアミノ酸変異によるエストラジオール結合エネルギーの変化

前田紘輔, Alexander Schug, 渡邉博文, 福澤薫, 望月祐志, 中野達也, 田中成典

J. Comp. Chem. Jpn.6 ( 1 ) 33 - 46 2007年

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記述言語：日本語出版者・発行元：Society of Computer Chemistry, Japan

エストロゲン受容体とエストラジオールとの結合に関する分子メカニズムを解明することを目的とし、エストロゲン受容体にコンピュータ上でアミノ酸変異を導入して、エストラジオールとの結合能をフラグメント分子軌道法を用いて評価した。アミノ酸変異の導入方法の妥当性を検討するために、実験で用いられたのと同じアミノ酸変異を導入して、結合エネルギーを評価し、実験データと比較した。その結果、6種類のアミノ酸変異のうち、3つは定性的に一致し、残り3つは不一致となった。それらの結果の原因を検討した。

DOI： 10.2477/jccj.6.33

CiNii Article

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00291774567?from=CiNii
フラグメント分子軌道法を用いたポリペプチドのESP電荷の決定

沖山佳生, 渡邉博文, 渡邉博文, 福澤薫, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 田中成典, 田中成典, 蛯名邦禎

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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FMO-MD法の再実装と溶液計算への応用

古明地勇人, 石川岳志, 望月祐志, 山高博, 中野達也

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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FMO-MD法によるジアゾニウムカチオンの加水分解反応シミュレーション

佐藤真, 山高博, 古明地勇人, 古明地勇人, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 中野達也

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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FMO-MD/MLFMO-CIS(D)法による水和分子の励起状態シミュレーション

望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 古明地勇人, 古明地勇人, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 中野達也, 山高博, 山下勝美, 栗崎以久男, 田中成典, 田中成典

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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FMO-MD法の最近の進展

古明地勇人, 中野達也, 佐藤真, 石川岳志, 望月祐志, 山高博

分子シミュレーション討論会講演要旨集21st 2007年

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二量化した一酸化窒素分子の高度相関計算による研究

田口尚貴, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 田中皓, 田中皓

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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スピン適合並列化中間状態駆動CASCIプログラムと応用計算

田中皓, 田中皓, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 山下勝美, 村瀬匡, 田口尚貴, 田中成典, 田中成典

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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FMO法における局在化MP2法を用いた相互作用解析:FILMの開発と応用

石川岳志, 石川岳志, 望月祐志, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也, 中野達也, 常盤広明, 田中成典, 田中成典, 田中皓, 田中皓, 田中皓

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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フラグメント分子軌道法における大規模Post-HF計算

望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 中野達也, 中野達也, 田中皓, 田中皓, 石川岳志, 石川岳志, 三好永作, 三好永作, 古明地勇人, 古明地勇人, 山下勝美, 村瀬匡, 甘利真司, 福澤薫, 福澤薫, 櫻井実, 田中成典, 田中成典

分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st 2007年

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BioStation Viewer：生体高分子の相互作用解析と可視化

加藤昭史, 福澤薫, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也

可視化情報学会誌26 ( 101 ) 124 - 129 2006年

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記述言語：日本語出版者・発行元：The Visualization Society of Japan

DOI： 10.3154/jvs.26.124

CiNii Article

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量子化学計算（FMO法）

中野達也, 望月祐志, 甘利真司, 福澤薫

スーパーコンピューティングニュース8 63 - 74 2006年

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FMO法へのMCPの導入と生体分子系への適用

石川岳志, 石川岳志, 望月祐志, 望月祐志, 中野達也, 中野達也, 甘利真司, 森寛敏, 本田宏明, 藤田貴敏, 常盤広明, 常盤広明, 田中成典, 田中成典, 古明地勇人, 福澤薫, 福澤薫, 田中皓, 田中皓, 田中皓, 三好永作, 三好永作

分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM)2006 2006年

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FMO法を基盤とした新規創薬手法の開発と応用

山岸賢司, 山岸賢司, 山本恵子, 石川岳志, 石川岳志, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 中野達也, 中野達也, 山田幸子, 常盤広明, 常盤広明

日本薬学会年会要旨集126th ( 3 ) 2006年

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レチノイドXレセプターのヘリックス12に関する理論的研究

伊藤三香, 伊藤三香, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 田中成典, 田中成典

分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM)2006 2006年

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グラフ表示の閉殻と開殻への分離によるCASCIの並列,ベクトル処理アルゴリズム

田中あきら, 田中あきら, 田中あきら, 田中あきら, 石川岳志, 石川岳志, 常盤広明, 常盤広明, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志

分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM)2005 2005年

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新型コロナウイルスのタンパク質に対するフラグメント分子軌道計算による解析事例

望月祐志

応用物理学会「特別WEBコラム新型コロナウィルス禍に学ぶ応用物理」 2000年8月

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記述言語：日本語

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その他リンク： https://www.jsap.or.jp/columns-covid19/covid19_2-3-2
非経験的分子軌道法プログラム（AMOSS）の並列化

平原幸男, 望月祐志, 高田俊和, 中田宏, 土谷正人

情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）1995 ( 28 ) 41 - 48 1995年3月9日

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会

非経験的分子軌道法は、分子系の電子状態、化学反応性を理論的に調べる為の有力な手段であるが、その基本近似であるハートリーフォック（）法においてさえ、展開基底関数の4乗のオーダーの積分を扱う必要がある。従って、生体分子など軌道数が千以上に達するような大型の系をルーチン的に解くためには分散・並列化による高速処理が不可欠である。私たちは、こうしたことから自主開発のソフトAMOSSを軸にして分子軌道計算の並列化に取り組んでいる。この報告では、WSクラスター及びMPP(nju?）上での並列化HF計算の結果について述べるが、共に16台構成時に約15倍の加速を得ている。Ab initio molecular orbital (MO) methods are promising to investigate the variety of electronic structures and/or chemical reactivities for the molecular systems in the balanced fashion. However, their computational efforts are considerably demanding. Even the standard Hartree-Fock procedure requires the N^4 order processings related with two-electron integrals, where N is the number of basis functions. To solve the systems having more than thousand functions routinely, the acceleration through parallelizations is crucial. Thus we have been developing the parallelized MO calculations based on the AMOSS package. In this report, we discuss the HF parallelizations on the clustered WS's and the MPP(Cenju-3). In the case of 16 nodes, the acceleration is observed to be 15 for both types of parallel environment, indicating a satisfactory scalability of our coarse-grained algorithm.

CiNii Article

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Theoretical study of As2 desorption from the Ga dangling-bond site

Yuji Mochizuki, Toshikazu Takada, Chiaki Sasaoka, Akira Usui, Eisaku Miyoshi, Yoshiko Sakai

Physical Review B49 ( 7 ) 4658 - 4667 1994年

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記述言語：英語

DOI： 10.1103/PhysRevB.49.4658

Scopus

PubMed

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III-V族化合物半導体気相成長プロセスの解明 - 実験とシミュレーション -

笹岡千秋, 望月祐志, 碓井彰

應用物理62 ( 8 ) 786 - 791 1993年8月10日

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記述言語：日本語出版者・発行元：応用物理学会

CiNii Article

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書籍等出版物

Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method - Enhanced Performance and Applicability -

Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa（担当：共編者(共編著者) , 範囲: Main editor）

Springer 2021年1月（ ISBN:9789811592348 ）

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科学技術未来戦略ワークショップ報告書みんなの量子コンピューター～情報・数理・物理で拓く新しい量子アプリ～

望月祐志（担当：分担執筆 , 範囲: 量子化学計算関係）

2019年1月

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FMO計算によるマルチスケール手法の開発と材料開発への応用

望月祐志, 奥脇弘次, 土居英男, 小沢拓（担当：共著 , 範囲: 「マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集」の担当節）

（株）技術情報協会 2019年1月

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レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端

望月祐志, 古明地勇人（範囲: フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーション）

フロンティア出版 2011年

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The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems

望月祐志（担当：共著 , 範囲: Excited states of photoactive proteins by configuration interaction studies）

Boca Raton, CRC press 2009年

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プログラムで実践する生体分子量子化学計算

佐藤文俊, 中野達也, 望月祐志（担当：共著）

2008年10月

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Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers

望月祐志（担当：共著）

Elsevier B.V., Amsterdam, The Netherlands 2006年

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米欧日の量子化学ソフトウェアの現状と今後の応用

望月祐志（担当：共著）

アドバンスソフト 2005年1月

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記述言語：日本語著書種別：その他

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Recent Advances in Multireference Methods

K. Tanaka, T. Sakai, Y. Mochizuki（担当：共著 , 範囲: Multireference Coupled Pair Approximation: A State-Universal Approach of a CEPA Type Variant of MRSDCI）

1999年

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新しい量子化学 (上下)

大野公男, 阪井健男, 望月祐志（担当：共訳）

東京大学出版会 1987年

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所属学協会

2025年2月 - 現在

日本化学会

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2022年9月 - 現在

分子科学会

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2021年4月 - 現在

理論化学会

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高分子学会

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情報処理学会

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人工知能学会

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日本計算工学会

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応用物理学会

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日本コンピュータ化学会

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共同研究・競争的資金等の研究

生体膜へのイオン配位状態の分子レベルでの理解：水中X線吸収分光

日本学術振興会科学研究費助成事業

手老龍吾, 長坂将成, 望月祐志

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2020年7月 - 2022年3月

課題番号：20K21125

配分額：6500000円（直接経費：5000000円、間接経費：1500000円）

生体膜の基本構造である脂質二重膜は、両親媒性の脂質分子が水中で形成する自己組織化構造であり、その物性や膜内ドメイン形成は水溶液中のイオンによって強く影響される。流動状態にある水溶液中の脂質二重膜内におけるイオンの配位部位と結合定数を明らかにすることを目的とする。水中X線吸収分光(XAS)法によってリン二重膜内のリン脂質へのNa+イオンの配位を実験的に計測し、第一原理計算に基づいて検証を行った。

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脂質およびタンパク質に関するマルチスケールシミュレーション手法の開発整備と応用展開

立教大学立教SFR

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2019年6月 - 2021年3月

担当区分：研究代表者

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重点課題６「革新的クリーンエネルギーシステムの実用化」

文部科学省ポスト「京」

吉村忍

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2015年4月 - 2020年3月

資金種別：競争的資金

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アクチニド分子種と生体分子の相互作用に関する計算化学的研究

文部科学省科研費基盤B

望月祐志

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2016年4月 - 2019年3月

担当区分：研究代表者資金種別：競争的資金

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有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業

山高博, 望月祐志, 古明地勇人, 佐藤真

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2010年4月 - 2014年3月

課題番号：22350023

配分額：18720000円（直接経費：14400000円、間接経費：4320000円）

有機化学反応の機構や生成物が必ずしも遷移状態の性質や構造によって規定されることがないことを理論化学計算と物理有機化学実験によって明らかにした。理論計算法として、フラグメント分子軌道法を援用した量子分子動力学シミュレーション法（FMO-MD法）を開発し、水中の有機化学反応における水分子の動的役割についてシミュレーションによって検討した。また、種々の転位反応、脱離反応、付加反応や置換反応のシミュレーションを実施した。さらに、転位反応、付加/置換反応については有機化学実験によって検証した。これらの結果から、有機反応におけるダイナミクス効果が伝統的な反応理論の枠を超えて重要であることを示した。

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実在系の分子理論

文部科学省科研費新学術

榊茂好

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2008年4月 - 2010年3月

資金種別：競争的資金

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量子化学、理論化学

ＪＳＴ戦略的創造研究推進制度（研究チーム型）（戦略的基礎研究推進事業：ＣＲＥＳＴ）

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2005年10月 - 2010年3月

資金種別：競争的資金

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フラグメント分子軌道法による生体分子計算システムの開発

文部科学省科学技術振興調整費

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2004年4月 - 2010年3月

資金種別：競争的資金

「シミュレーション技術の革新と実用化基盤の構築」領域プロジェクト分担研究者
代表研究者：田中成典

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FMO法に基づく計算手法とプログラムの発展的開発

日本学術振興会科学研究費助成事業

望月祐志

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2008年 - 2009年

課題番号：20038044

配分額：2900000円（直接経費：2900000円）

本研究は、FMO法の発展的開発を電子相関計算と分子動力学シミュレーション(FMO-MD)の二つの軸線を取って展開している。各々の平成21年度の成果概要を以下にまとめる。
電子相関計算では、golden standardといえるCCSD(T)まで計算可能なファイルレス並列化エンジンの独自開発に成功したことがハイライトと言える。多電子論では下位の近似は系統的に導出されるので、その特徴を活かしてQCISD(T)やMP4(SDQ)などもキーワード指定でそのまま実行出来る。実行速度的には世界水準をクリアしており、さらにFMO計算との連携も既に取れているために、実タンパク質への応用も出来ている。一例を挙げると、HIV-1プロテアーゼ(198残基)に阻害剤が結合した系のFMO-CCD/6-31G計算が64コアのPCクラスター上でも6日間で完走するレベルであり、かっては想像すら出来なかったタンパク質のCC計算が本研究によって実現されたインパクトは極めて大きい。励起状態の計算では、CIS(D)の繰込み修正を発展させた他、計算コストを低減しつつ精度を保持する新しいアプローチとして2体および3体の励起エネルギー補正法を実装し、蛍光タンパク質群についてテスト計算を行って良好な結果を得た。
FMO-MD関係では、3体のエネルギーと力の補正を実装し、水和系のシミュレーションの信頼性を大幅に改善することに成功した。応用例を示すと、Zn(II)イオンに64個の水を水和させた液滴モデルをHF/6-31Gレベルでシミュレーションしたところ、コレまでの2体ではZn-0距離の平均値は2.09A、3体では2.05Aとなり、実験値の2.06±0.02Aとの対応において後者が勝ることは明らかである。また、懸案であったMP2のエネルギー微分計算の高速並列エンジンの開発にも成功しており、FMO-MDの信頼性が電子相関導入の点からも高められた。

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新規な非経験的分子動力学計算手法の開発と生命化学と物質科学への応用

海外立教大学学術推進特別重点資金（立教SFR）

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2006年4月 - 2008年3月

資金種別：競争的資金

自由プロジェクト研究
代表研究者

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新規ＦＭＯ計算手法の開発とその応用－ＦＭＯに基づく多配置ＳＣＦ法ならびに分子物性値計算手法の実装、蛋白質ならびに凝集系へのＦＭＯ計算の応用－

（独）科学技術振興機構（独）科学技術振興機構

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2006年4月 - 2007年3月

資金種別：競争的資金

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