2025/06/13 更新

写真b

モチヅキ ユウジ
望月 祐志
MOCHIZUKI Yuji
*大学が定期的に情報更新している項目(その他は、researchmapの登録情報を転載)
所属*
理学部 化学科
理学研究科 化学専攻 博士課程後期課程
理学研究科 化学専攻 博士課程前期課程
職名*
教授
学位
理学博士 ( 北海道大学 )
研究キーワード
  • 計算化学

  • 量子化学

  • Fragment Molecular Orbital (FMO)

  • フラグメント分子軌道法

  • ABINIT-MP プログラム

  • スーパーコンピュータ

  • 並列処理

  • 生体分子

  • マルチスケールシミュレーション

  • 散逸粒子動力学

  • 機械学習

  • 量子コンピュータ

  • 化学情報教育

  • 学内職務経歴*
    • 2010年4月 - 現在 
      理学部   化学科   教授
    • 2010年4月 - 現在 
      理学研究科   化学専攻 博士課程前期課程   教授
    • 2010年4月 - 現在 
      理学研究科   化学専攻 博士課程後期課程   教授
    • 2007年4月 - 2010年3月 
      理学部   化学科   准教授
    • 2007年4月 - 2010年3月 
      理学研究科   化学専攻 博士課程前期課程   准教授
    • 2007年4月 - 2010年3月 
      理学研究科   化学専攻 博士課程後期課程   准教授
    • 2006年4月 - 2007年3月 
      理学部   化学科   助教授
    • 2006年4月 - 2007年3月 
      理学研究科   化学専攻 博士課程前期課程   助教授
    • 2006年4月 - 2007年3月 
      理学研究科   化学専攻 博士課程後期課程   助教授

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    プロフィール

    フラグメント分子軌道(FMO)法プログラムABINIT-MPの取り纏め役(電子相関、励起状態系モジュールの開発者、高速化と超大規模系対応の推進責任者)。 URL:<http://www.cenav.org/abinit-mp-open_ver-2-rev-8/>
    FMO応用計算の他、粗視化シミュレーションとの連携によるナノ-メゾのマルチスケールシミュレーション手法、機械学習の応用、ならびに量子コンピュータの基礎的利用(シミュレータ含む)も手がける。また、化学情報教育にも関心を持っている。

     

    研究分野

    • ナノテク・材料 / 基礎物理化学  / 量子化学、理論化学

    経歴

    • 2017年4月 - 現在 
      東京大学   生産技術研究所   リサーチフェロー

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    • 2010年4月 - 現在 
      立教大学   理学研究科 化学専攻博士課程後期課程   教授

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    • 2010年4月 - 現在 
      立教大学   理学研究科 化学専攻博士課程前期課程   教授

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    • 2010年4月 - 現在 
      立教大学   理学部 化学科   教授

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    • 2006年4月 - 2017年3月 
      東京大学   生産技術研究所   非常勤研究員

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    • 2007年4月 - 2010年3月 
      立教大学   理学部 化学科   准教授

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    • 2006年4月 - 2007年3月 
      立教大学   理学部 化学科   助教授

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    • 2003年2月 - 2006年3月 
      アドバンスソフト(株) 研究開発センター   主任研究員

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    • 2000年7月 - 2003年1月 
      (財)高度情報科学技術研究機構   研究員

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    • 1997年10月 - 2000年6月 
      (科学技術振興事業団) 日本原子力研究所計算科学技術推進センター   特別研究員

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    • 1990年4月 - 1997年9月 
      NEC(株)基礎研究所   研究員

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    学歴

    • - 1990年3月 
      北海道大学   理学研究科   化学第二専攻

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      国名: 日本国

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    • - 1987年3月 
      北海道大学   理学研究科   化学第二専攻

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      国名: 日本国

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    • - 1985年3月 
      北海道大学   理学部   化学第二学科

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      国名: 日本国

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    受賞

    • 2020年3月  
      日本コンピュータ化学会  2019年度学会賞 
       
      望月祐志

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    • 2004年7月  
      CBI学会  ポスター賞  FMO法の発展: MP2法による電子相関の導入
       
      望月祐志

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    論文

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    MISC

    • FMO法の相互作用情報を用いた相分離シミュレーションとの連携 招待有り 査読有り

      奥脇弘次, 土居英男, 小沢拓, 望月祐志

      Journal of Computer Chemistry, Japan23 ( 4 ) 105 - 114   2025年3月

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      担当区分:最終著者   記述言語:日本語  

      DOI: 10.2477/jccj.2024-0029

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      その他リンク: https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/23/4/23_2024-0029/_pdf

    • ABINIT-MPプログラムの現状と今後 招待有り 査読有り

      望月 祐志, 中野 達也, 坂倉 耕太, 土居 英男, 奥脇 弘次, 加藤 季広, 滝沢 寛之, 大島 聡史, 星野 哲也, 片桐 孝洋

      J. Comp. Chem. Jpn.23 ( 4 ) 85 - 97   2024年12月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

      DOI: 10.2477/jccj.2024-0022

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    • フラグメント分子軌道計算による開殻・多参照の量子系の扱い 招待有り

      望月祐志, 中野達也, 坂倉耕太, 杉﨑研司, 田中成典

      計算工学会誌29   4813 - 4817   2024年7月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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    • FMODBからのデータ取得用Pythonスクリプトの開発 査読有り

      松岡壮太, 柿沼紗也果, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志

      J. Comp. Chem. Jpn.23 ( 2 ) 45 - 49   2024年4月

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      担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:日本語   出版者・発行元:日本コンピュータ化学会  

      DOI: 10.2477/jccj.2023-0040

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    • FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2023 招待有り 査読有り

      望月 祐志, 中野 達也, 坂倉 耕太, 奥脇 弘次, 土居 英男, 加藤 季広, 滝沢 寛之, 成瀬 彰, 大島 聡史, 星野 哲也, 片桐 孝洋

      J. Comp. Chem. Jpn.23 ( 1 ) 4 - 8   2024年3月20日

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

      DOI: 10.2477/jccj.2024-0001

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    • タンパク質に関する FMO-DPD シミュレーション用パラメータ算定と試行 招待有り 査読有り

      太刀野 雄介, 土居 英男, 奥脇 弘次, 平野 秀典, 望月 祐志

      J. Comp. Chem. Jpn.22 ( 2 ) 15 - 17   2023年12月9日

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      担当区分:最終著者, 責任著者  

      DOI: 10.2477/jccj.2023-0019

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      その他リンク: https://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/22/2/22_2023-0019/_pdf

    • 計算科学ロードマップ2023

      望月祐志(FMO関係の取り纏めと分担執筆)

          2023年12月

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      記述言語:日本語  

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    • ABINIT-MP Openシリーズ (Ver.2 Rev.8)

      望月祐志

          2023年8月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語  

      ABINIT-MPプログラムOpenシリーズのVer. 2 Rev. 8のリリースノート

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    • 「富岳」時代のフラグメント分子軌道計算 招待有り

      望月祐志

      化学78 ( 8 ) 12 - 15   2023年7月

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      担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

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    • FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2022 招待有り 査読有り

      望月 祐志, 中野 達也, 坂倉 耕太, 渡邊 啓正, 佐藤 伸哉, 奥脇 弘次, 秋澤 和輝, 土居 英男, 大島 聡史, 片桐 孝洋

      J. Comp. Chem. Jpn.21 ( 4 ) 106 - 110   2023年4月29日

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)   出版者・発行元:日本コンピュータ化学会  

      We have been developing the ABINIT-MP program for fragment molecular orbital (FMO) calculations over 20 years. Several improvements for accelerated processing were made after the release of Open Version 2 Revision 4 at September 2021. Functionalities were enhanced as well. In this short report, we summarize such developments toward the next release of Revision 8.

      DOI: 10.2477/jccj.2022-0037

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    • 量子アプリケーション 招待有り

      杉﨑研司, 望月祐志

      映像情報メディア学会誌77   43 - 48   2023年2月

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      担当区分:最終著者   記述言語:日本語   掲載種別:書評論文,書評,文献紹介等  

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    • 量子コンピュータを利用したタンパク質の畳み込みモデル 招待有り 査読有り

      齊藤 瑠偉, 奥脇 弘次, 望月 祐志, 永井 隆太郎, 加藤 拓己, 杉﨑 研司, 湊 雄一郎

      J. Comp. Chem. Jpn.21 ( 2 ) 39 - 42   2022年11月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)   出版者・発行元:日本コンピュータ化学会  

      DOI: 10.2477/jccj.2022-0022

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    • FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2021 招待有り 査読有り

      望月祐志, 中野達也, 佐藤伸哉, 坂倉耕太, 渡邊啓正, 奥脇弘次, 大島聡史, 片桐孝洋

      J. Comp. Chem. Jpn.20 ( 4 ) 132 - 136   2022年3月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

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    • A64FXを用いたフラグメント分子軌道計算プログラムの性能評価

      満田, 晴紀, 片桐, 孝洋, 坂倉, 耕太, 中野, 達也, 望月, 祐志, 大島, 聡史, 永井, 亨

      第84回全国大会講演論文集2022 ( 1 ) 63 - 64   2022年2月17日

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      記述言語:日本語  

      フラグメント分子軌道計算(FMO)を行うソフトウェアABINIT-MPについて、名古屋大学情報基盤センターが提供するスーパーコンピュータ「不老」TypeⅠサブシステム(CPU:ARMA64FX)を用いて性能評価した結果を示す。

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    • ABINIT-MP Openシリーズ (Ver.2 Rev.4)

      望月祐志

          2021年9月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語  

      ABINIT-MPプログラムOpenシリーズのVer. 2 Rev. 4のリリースノート

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    • FMOプログラム「ABINIT-MP」のA64FXスーパーコンピュータ向け高速化と大規模化 招待有り

      望月 祐志, 中野 達也, 坂倉 耕太

      計算工学ナビ ( 21 ) 6 - 6   2021年9月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:機関テクニカルレポート,技術報告書,プレプリント等  

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      その他リンク: http://www.cenav.org/wp-content/uploads/2021/09/NL21_low.pdf

    • 種々の科学データにおける機械学習を用いた分析の試み 招待有り 査読有り

      奥脇 弘次, 増田 淳希, 柿沼 紗也果, 長谷川 貴一, 水野 寛哉, 満野 仁美, 伊藤 雅仁, 藤方 玲衣, 望月 祐志

      J. Comp. Chem. Jpn.19 ( 4 ) A21 - A24   2021年6月

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      担当区分:最終著者  

      DOI: 10.2477/jccj.2021-0018

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    • FMOプログラムABINIT-MPの整備状況2020 招待有り 査読有り

      望月 祐志, 坂倉 耕太, 渡邊 啓正, 奥脇 弘次, 加藤 幸一郎, 渡辺 尚貴, 沖山 佳生, 福澤 薫, 中野 達也

      J. Comp. Chem. Jpn.19 ( 4 ) 142 - 145   2021年4月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

      DOI: 10.2477/jccj.2021-0015

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    • Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability

      Mochizuki, Y., Tanaka, S., Fukuzawa, K.

      Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability   2021年

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      出版者・発行元:Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability  

      DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5

      Scopus

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      その他リンク: http://link.springer.com/content/pdf/10.1007/978-981-15-9235-5

    • SARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬のFMO動的相互作用解析

      半田佑磨, 川嶋裕介, 畑田崚, 奥脇弘次, 望月祐志, 古石誉之, 米持悦生, 本間光貴, 古明地勇人, 田中成典, 福澤薫, 福澤薫

      構造活性相関シンポジウム講演要旨集49th (CD-ROM)   2021年

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    • 分子シミュレーションによるssPalm脂質ナノ粒子の構造と相互作用解析

      小浪なおこ, 西田瑠花, 氏家かれん, 佐々木香純, 奥脇弘次, 望月祐志, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

      日本薬学会関東支部大会講演要旨集65th (CD-ROM)   2021年

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    • 自己組織化写像によるフラグメント間相互作用解析手法の開発

      川嶋裕介, 田雨時, 半田佑磨, 奥脇弘次, 渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 川下理日人, 古石誉之, 米持悦生, 本間光貴, 田中成典, 望月祐志, 高木達也, 福澤薫

      日本薬学会関東支部大会講演要旨集65th (CD-ROM)   2021年

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    • 分子シミュレーションによるssPalm/コレステロール混合系脂質ナノ粒子の構造解析

      氏家かれん, 西田瑠花, 奥脇弘次, 望月祐志, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

      日本薬学会年会要旨集(Web)141st   2021年

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    • FMO動的相互作用解析によるSARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬のポーズ推定と結合性予測

      半田佑磨, 奥脇弘次, 畑田崚, 望月祐志, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 古石誉之, 米持悦生, 川嶋裕介, 本間光貴, 福澤薫, 福澤薫

      日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2021   2021年

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    • 新型コロナウイルスのタンパク質に関するフラグメント分子軌道計算の事例 招待有り

      望月 祐志, 奥脇 弘次

      計算工学会誌26 ( 1 ) 4204 - 4209   2021年1月

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      掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)  

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    • 新型コロナウイルスタンパク質のフラグメント分子軌道計算 招待有り

      望月祐志

      現代化学596 ( 2020年11月号 ) 34 - 35   2020年10月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   出版者・発行元:東京化学同人  

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    • フラグメント分子軌道(FMO)法、ならびに散逸粒子動力学(DPD)シミュレーションとの連携 招待有り 査読有り

      望月祐志, 奥脇弘次

      応用物理89 ( 10 ) 566 - 572   2020年10月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(その他)   出版者・発行元:応用物理学会  

      DOI: 10.11470/oubutsu.89.10_566

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    • 「富岳」を使った新型コロナウイルスの関連タンパク質のFMO計算 招待有り

      望月 祐志

      計算工学ナビ ( 19 ) 6 - 6   2020年9月

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      担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:機関テクニカルレポート,技術報告書,プレプリント等  

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      その他リンク: http://www.cenav.org/wp-content/uploads/2020/08/NL19_low.pdf

    • 新型コロナウイルスのタンパク質に対するフラグメント分子軌道計算による解析事例 招待有り 査読有り

      望月 祐志

      応用物理学会 「特別WEBコラム 新型コロナウィルス禍に学ぶ応用物理」   2020年8月

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      担当区分:責任著者  

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      その他リンク: https://www.jsap.or.jp/columns-covid19/covid19_2-3-2

    • フラグメント分子軌道法によるSARS-CoV-2Mproと阻害剤の相互作用解析

      川嶋裕介, 半田佑磨, 奥脇弘次, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 渡邉千鶴, 本間光貴, 福澤薫

      構造活性相関シンポジウム講演要旨集48th (CD-ROM)   2020年

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    • FMO-DPDシミュレーションによる脂質二重膜,ナノ粒子の詳細解析

      奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 氏家かれん, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 田中浩揮, 秋田英万

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)81st   2020年

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    • FMO-DPD連携による脂質ナノ粒子,ペプチドのマルチスケールシミュレーション

      奥脇弘次, 西田瑠花, 氏家かれん, 土屋裕大朗, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 田中浩揮, 秋田英万

      分子シミュレーション討論会講演要旨集34th (CD-ROM)   2020年

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    • 分子動力学とフラグメント分子軌道計算を用いたSARS-CoV-2主要プロテアーゼへの既存薬物の結合の予測【JST・京大機械翻訳】

      HANDA Yuma, KAWASHIMA Yusuke, HATADA Ryo, OKUWAKI Koji, AKISAWA Kazuki, MOCHIZUKI Yuji, KOMEIJI Yuto, TANAKA Shigenori, FURUISHI Takayuki, FUKUZAWA Kaori, YONEMOCHI Etsuo

      CBI学会大会2020 (CD-ROM)   2020年

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    • FMO-DPDの連携による脂質二重膜,タンパク質の構造解析システムの整備と応用

      奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 加藤幸一郎, 土屋裕大朗, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)67th   2020年

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    • フラグメント分子軌道法による動的相互作用解析を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼと既存薬との結合性予測

      半田佑磨, 川嶋裕介, 畑田崚, 奥脇弘次, 秋澤和輝, 望月祐志, 古明地勇人, 田中成典, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      日本薬学会関東支部大会講演要旨集64th   2020年

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    • 深層学習とシミュレーションの連携事例 招待有り

      伊藤 雅仁, 遠藤 克浩, 望月 祐志, 泰岡 顕治

      計算工学会誌24 ( 4 ) 3983 - 3987   2019年10月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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    • 転移学習と生成ネットワークの試行事例 招待有り 査読有り

      伊藤 雅仁, 篠嶋 友也, 望月 祐志, 秋永 宜伸, 小杉 範仁

      J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 132 - 135   2019年10月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

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    • Scratchを経由する機械学習教材の開発の試み 招待有り 査読有り

      満野 仁美, 奥脇 弘次, 伊藤 雅仁, 望月 祐志

      J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 126 - 128   2019年10月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

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    • 機械学習によるテキスト処理ツールの開発と応用 招待有り 査読有り

      亘理 結香, 奥脇 弘次, 望月 祐志

      J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 123 - 125   2019年10月

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

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    • ペプトイド対応のフラグメント分割ツールの開発

      吉田杏平, 加藤幸一郎, 奥脇弘次, 阿部鷹也, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫

      日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2019   2019年

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    • 高分子電解質膜材料設計に向けた非経験的パラメータに基づく粗視化シミュレーション解析

      加藤幸一郎, 奥脇弘次, 土居英男, 米田雅一, 望月祐志, 望月祐志

      電池討論会PDF要旨集(CD-ROM)60th   2019年

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    • カルサイト/アパタイト結晶表面とペプチドのFMO相互作用解析

      畑田崚, 加藤幸一郎, 奥脇弘次, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)80th   2019年

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    • 固体とタンパクの出会いを計算する

      加藤幸一郎, 畑田崚, 奥脇弘次, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)80th   2019年

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    • 小角X線散乱とCryo-TEMを用いた物性測定と非経験的粗視化シミュレーションによる脂質膜構成メカニズムの解明

      新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      量子ビームサイエンスフェスタ(Web)2018   2019年

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    • 散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

      河合良子, 千葉峻太朗, 金田亮, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 奥野恭史, 奥野恭史, 奥野恭史

      日本細胞生物学会大会(Web)71st   2019年

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    • 散逸動力学シミュレーションによるアミロイドβオリゴマーの自己組織化の検討

      河合良子, 千葉峻太朗, 金田亮, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 奥野恭史, 奥野恭史

      日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2019   2019年

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    • FMO計算に基づく脂質二重膜,タンパク質の非経験的粗視化シミュレーションの展開

      奥脇弘次, 新庄英治, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)66th   2019年

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    • FMO-DPDの連携による脂質二重膜とコレステロール,ペプチドモデルのシミュレーション

      奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 土屋祐大郎, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)80th   2019年

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    • FMO-DPDを連携した脂質二重膜,コレステロールのマルチスケールシミュレーション

      奥脇弘次, 新庄永治, 西田瑠花, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      分子シミュレーション討論会講演要旨集33rd   2019年

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    • 分子シミュレーションによる脂質二重膜形成メカニズムの検討

      西田瑠花, 奥脇弘次, 新庄永治, 望月祐志, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

      日本薬学会関東支部大会講演要旨集63rd   2019年

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    • ABINIT-MP Openシリーズの最新の開発状況について 招待有り 査読有り

      望月 祐志, 秋永 宜伸, 坂倉 耕太, 渡邊 啓正, 加藤 幸一郎, 渡辺 尚貴, 奥脇 弘次, 中野 達也, 福澤 薫

      J. Comp. Chem. Jpn.18 ( 3 ) 129 - 131   2019年

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      担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

      DOI: 10.2477/jccj.2019-0016

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    • FMOプログラムABINIT-MPのOakForest-PACS上での多層並列化と性能評価 招待有り 査読有り

      渡邊啓正, 佐藤伸哉, 坂倉耕太, 齊藤天菜, 望月祐志

      日本コンピュータ化学会誌17   147 - 149   2018年12月

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      担当区分:最終著者   記述言語:日本語   掲載種別:速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)  

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    • 散逸粒子動力学法シミュレーションを用いた脂質膜構成メカニズムの予測

      新庄 永治, 奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生

      日本DDS学会学術集会プログラム予稿集34回   157 - 157   2018年5月

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:日本DDS学会  

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    • DPDシミュレーションによる脂質膜構成メカニズムの解明

      新庄 永治, 奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 郡司 美穂子, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生

      日本薬学会年会要旨集138年会 ( 4 ) 79 - 79   2018年3月

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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    • フラグメント分子軌道(FMO)法のナノバイオ系への応用事例

      望月祐志, 望月祐志, 加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫

      日本生物工学会大会講演要旨集70th   2018年

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    • FMO法を用いたカルサイト結晶表面とペプチドの相互作用解析

      加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)79th   2018年

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    • 脂質ベシクル,タンパク質の非経験的粗視化シミュレーション

      奥脇弘次, 新庄英治, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)79th   2018年

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    • 物性測定と粗視化シミュレーションによる脂質二重膜の構造解明

      新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

      日本コンピュータ化学会年会講演予稿集2018   2018年

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    • FMO‐DPD連携シミュレーション手法の開発とベシクル形成への応用

      奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 望月祐志, 新庄永治, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 小沢拓, 泰岡顕治

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)78th   ROMBUNNO.7p‐A503‐13   2017年8月25日

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      記述言語:日本語  

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    • 計算科学ロードマップ白書 第三版

      望月祐志

      計算科学ロードマップ白書 第三版   2017年

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      記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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    • 生体親和材料とその表面を特異的に認識するペプチドの相互作用解析 (特集 多様化するニーズに貢献するシミュレーション技術)

      加藤 幸一郎, 福澤 薫, 望月 祐志

      みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc8 ( 1 ) 55 - 58   2016年9月

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:みずほ情報総研サイエンスソリューション部  

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    • フラグメント分子軌道法の生物間相互作用解析 : ウイルスの受容体への結合特異性解析への応用

      丸山 正, 嶋根 康弘, 岩沢 美佐子, 秦田 勇二, 吉田 尊雄, 高木 善弘, 大石 和恵, 田中 成典, 渡邉 博文, 徐 逢祺, 望月 祐志, 福澤 薫, 古明地 勇人

      Annual report of the earth simulator   251 - 257   2016年4月

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:Center for Earth Information Science and Technology, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology  

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    • FMO法に基づく高分子材料とシリカナノ粒子の相互作用モデリング

      加藤幸一郎, 石川雄太郎, 奥脇弘次, 川田修太郎, 望月祐志, 望月祐志, 小沢拓

      応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)63rd   2016年

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    • フラグメント分子軌道法のインシリコ創薬への応用

      福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 渡邉博文, 本間光貴, 望月祐志, 田中成典

      日本化学会講演予稿集95th ( 2 ) 232   2015年3月11日

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      記述言語:日本語  

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    • 相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析

      塚本貴志, 加藤幸一郎, 加藤昭史, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫

      Journal of Computer Chemistry, Japan (Web)14 ( 1 )   2015年

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    • FMO法を用いたアパタイト結晶表面とペプチドの相互作用解析

      加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)76th   2015年

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    • アパタイト結晶に対するフラグメント分子軌道法の試み #2

      加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

      応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)62nd   2015年

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    • フラグメント分子軌道計算のナノバイオテクノロジーへの展開(その1)

      望月祐志, 福澤薫, 加藤幸一郎, 沖山佳生, 塚本貴志, 宮部寛志, 都築誠二, 古明地勇人, 小沢拓, 大畠広介, 渡邉千鶴, 永田大樹, 豊島輝, 酒井泉美, 奥脇弘次

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)75th   ROMBUNNO.18P-A1-6   2014年9月1日

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      記述言語:日本語  

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    • 理論計算によるナイロン分解酵素の機能解析

      重田育照, 馬場剛史, 安東寛之, 神谷克政, BOERO M, 根来誠司, 望月祐志, 中野雅由

      生体分子科学討論会講演要旨集41st   54 - 55   2014年6月6日

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      記述言語:日本語  

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    • フラグメント分子軌道法に基づくタンパク質の理論計算

      望月祐志, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 本間光貴, 田中成典

      日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集14th   63   2014年5月26日

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      記述言語:日本語  

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    • ナイロンオリゴマー分解酵素基質複合体の相互作用に対するアミノ酸変異導入の効果

      安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 望月祐志, 中野雅由

      日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集14th   62   2014年5月26日

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      記述言語:日本語  

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    • ABINIT‐MPによる京でのフラグメント分子軌道計算

      沖山佳生, 渡邉千鶴, 望月祐志, 坂倉耕太, 山本純一, 野口孝明, 小久保達信, 新宮哲, 古明地勇人, 福澤薫, 中野達也, 田中成典

      日本化学会講演予稿集94th ( 2 ) 300   2014年3月12日

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      記述言語:日本語  

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    • FMO電子状態計算によるX線結晶構造の精密化の検討

      福澤薫, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 加藤昭史, 沖山佳生, 田中成典, 望月祐志

      日本化学会講演予稿集94th ( 2 ) 300   2014年3月12日

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      記述言語:日本語  

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    • 酵素NylB‐基質複合体における誘導適合に伴う残基間相互作用エネルギー(IFIE)変化の理論解析

      安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 望月祐志, 中野雅由

      日本化学会講演予稿集94th ( 2 ) 300   2014年3月12日

      詳細を見る

      記述言語:日本語  

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    • 計算科学ロードマップ白書 第二版

      望月 祐志

      計算科学ロードマップ白書 第二版   2014年

      詳細を見る

      記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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    • アパタイト結晶に対するフラグメント分子軌道法の試み #1

      加藤幸一郎, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)75th   2014年

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    • Benchmark for new fragmentation breaking peptide bonds

      FUKUZAWA Kaori, SAKAGUCHI Masataka, WATANABE Chiduru, MOCHIZUKI Yuji

      CBI学会大会2014   23   2014年

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      記述言語:英語  

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    • Theorectical calculations on proteins with fragment molecular orbital method

      MOCHIZUKI Yuji, FUKUZAWA Kaori, OKIYAMA Yoshio, WATANABE Chiduru, HONMA Teruki, TANAKA Shigenori

      CBI学会大会2014   1   2014年

      詳細を見る

      記述言語:英語  

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    • Prediction of activity cliff among Pim1 inhibitors using FMO and MM-PBSA calculations

      WATANABE Chiduru, WATANABE Hirofumi, FUKUZAWA Kaori, OKIYAMA Yoshio, MOCHIZUKI Yuji, PARKER Lorien J, YUKI Hitomi, HONMA Teruki

      CBI学会大会2014   24   2014年

      詳細を見る

      記述言語:英語  

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    • FMO-based analysis on DsRed chromophore

      SAKAGUCHI Masataka, MOCHIZUKI Yuji, WATANABE Chiduru, FUKUZAWA Kaori

      CBI学会大会2014   2   2014年

      詳細を見る

      記述言語:英語  

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    • フラグメント分子軌道法(FMO法)を用いた,酵素NylBの誘導適合過程における残基間相互作用エネルギー変化の統計的解析

      安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 福澤薫, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志, 中野雅由

      分子科学討論会講演プログラム&amp;要旨(Web)8th   ROMBUNNO.2P122 (WEB ONLY)   2014年

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      記述言語:日本語  

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    • フラグメント分子軌道計算に基づくペプチド‐シリカの相互作用解析

      望月祐志, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 福澤薫, 田中成典

      応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)74th   ROMBUNNO.17A-C6-1   2013年8月31日

      詳細を見る

      記述言語:日本語  

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    • フラグメント分子軌道法による生体分子系・ナノ界面系に対する大規模電子状態計算

      田中 成典, 望月 祐志, 渡邉 千鶴

      Annual report of the Earth Simulator Center   173 - 178   2013年4月

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      記述言語:英語   出版者・発行元:Earth Simulator Center, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology  

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    • 京コンピュータを用いたFMO電子密度解析による生体分子構造の高精度化の検討

      渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 加藤昭史, 塚本貴志, 田中成典, 望月祐志

      日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)36th   3P-0116 (WEB ONLY)   2013年

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      記述言語:日本語  

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    • $\mathbf{QC^2AS}$ : 電子相関理論のための数式処理システムの設計とその利用 (Computer Algebra : Design of Algorithms, Implementations and Applications)

      小副川 健, 望月 祐志, 横山 和弘

      数理解析研究所講究録1815   152 - 162   2012年10月

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:京都大学  

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      その他リンク: http://hdl.handle.net/2433/194561

    • 第二量子化演算子の代数的扱いとその実装 (第20回日本数式処理学会大会報告)

      小副川 健, 齋藤 雅明, 望月 祐志

      数式処理18 ( 2 ) 33 - 36   2012年5月

      詳細を見る

      記述言語:日本語   出版者・発行元:日本数式処理学会  

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    • Fragment Based Drug Design(FBDD)を指向した新規フラグメント分割法に基づくFMO計算

      渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 塚本貴志, 加藤昭史, 山下勝美, 守田伸明, 田中成典, 中野達也

      日本化学会講演予稿集92nd ( 2 ) 276   2012年3月9日

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      記述言語:日本語  

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    • フラグメント分子軌道法によるインフルエンザウイルスノイラミニダーゼと抗ウイルス薬との相互作用解析

      福澤薫, 望月祐志, 及川茉貴穂, 三部浩輝, 渡邉千鶴, 田中成典, 中野達也

      日本化学会講演予稿集92nd ( 2 ) 275   2012年3月9日

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      記述言語:日本語  

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    • 計算科学ロードマップ白書

      望月祐志

      計算科学ロードマップ白書   2012年

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      記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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    • Large-Scale Electronic-State Calculations of Protein-Ligand Systems for Drug Design with Fragment Molecular Orbital Method

      田中 成典, Y. Mochizuki, K. Yamashita, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, T. Nakano

      Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2011 – March 2012   185 - 190   2012年

      詳細を見る

      記述言語:英語   掲載種別:機関テクニカルレポート,技術報告書,プレプリント等   出版者・発行元:Earth Simulator Center, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology  

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    • ABINIT‐MP(X)によるFMO計算の最近の展開

      望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 古明地勇人, 渡邉千鶴, 塚本貴志, 中野達也, 中野達也, 森寛敏, 松田彩, 田中成典

      分子科学討論会講演プログラム&amp;要旨(Web)6th   ROMBUNNO.2E16 (WEB ONLY)   2012年

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      記述言語:日本語  

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    • ABINIT‐MP/BioStationによるFMO応用計算事例

      福澤薫, 福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 塚本貴志, 中野達也, 中野達也, 田中成典, 望月祐志, 望月祐志

      分子科学討論会講演プログラム&amp;要旨(Web)6th   ROMBUNNO.2E17 (WEB ONLY)   2012年

      詳細を見る

      記述言語:日本語  

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    • ABINIT‐MP(X)による京でのFMO計算

      沖山佳生, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 古明地勇人, 森寛敏, 渡邉千鶴, 田中成典

      分子科学討論会講演プログラム&amp;要旨(Web)6th   ROMBUNNO.4P105 (WEB ONLY)   2012年

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      記述言語:日本語  

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    • Grb2SH2ドメイン‐阻害剤間の結合親和性のFMO4法と新規フラグメント分割法に基づくCH/π相互作用解析

      渡邉千鶴, 福澤薫, 福澤薫, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 梅沢洋二, 西尾元宏

      分子科学討論会講演プログラム&amp;要旨(Web)6th   ROMBUNNO.4P106 (WEB ONLY)   2012年

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      記述言語:日本語  

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    • QC2ASの設計について

      小副川 健, 望月 祐志, 横山 和弘

      数式処理18 ( 1 ) 16 - 19   2011年12月1日

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:日本数式処理学会  

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    • Fragment molecular orbital study for interaction between influenza virus neuraminidase and antiviral drug

      FUKUZAWA Kaori, MOCHIZUKI Yuji, MIBE Hiroki, WATANABE Chiduru, TANAKA Shigenori, NAKANO Tatsuya

      情報計算化学生物学会大会予稿集2011 (CD-ROM)   ROMBUNNO.CBI-P1-13   2011年11月8日

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      記述言語:英語  

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    • 電子相関理論のための数式処理システムに向けて (数式処理研究の新たな発展)

      小副川 健, 望月 祐志, 横山 和弘

      数理解析研究所講究録1759   99 - 104   2011年9月

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      出版者・発行元:京都大学  

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      その他リンク: http://hdl.handle.net/2433/171330

    • Large-Scale Electronic-State Calculations of Influenza Viral Proteins with Fragment Molecular Orbital Method and Applications to Mutation Prediction

      田中 成典, A. Yoshioka, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, K. Yamashita, T. Nakano

      Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2010 – March 2011   187 - 191   2011年

      詳細を見る

      記述言語:英語   掲載種別:機関テクニカルレポート,技術報告書,プレプリント等  

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    • Fragment‐based drug design(FBDD)を指向した新規分割法に基づくFMO計算

      渡邉千鶴, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 望月祐志, 塚本貴志, 塚本貴志, 山下勝美, 守田伸明, 田中成典, 中野達也, 中野達也

      分子科学討論会講演プログラム&amp;要旨(Web)5th   ROMBUNNO.3P099 (WEB ONLY)   2011年

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      記述言語:日本語  

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    • Development of ABINIT-MP(X) program for processing fragment molecular orbital calculations 招待有り

      Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Kaori Fukuzawa, Takayuki Tsukamoto, Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka

      Proceedings of JSST 2011, International Conference on Modeling and Simulation Technology   101 - 104   2011年

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      掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)  

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    • FMO-MD法 : フラグメント分子軌道法による分子のダイナミクスシミュレーション

      古明地 勇人, 中野 達也, 望月 祐志

      シミュレーション29 ( 1 ) 2 - 9   2010年3月15日

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:日本シミュレーション学会  

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    • Three-Body Expansion and Generalized Dynamic Fragmentation Improve the Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics (fMO-MD), An ab Initio MD Method

      Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

      BIOPHYSICAL JOURNAL98 ( 3 ) 573A - 573A   2010年1月

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      記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)  

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    • フラグメント分子軌道法によるポリシラン類の物性に関する理論的研究

      田口尚貴, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 森寛敏, 三好永作, 田中成典

      日本化学会講演予稿集89th ( 1 )   2009年

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    • FMO-MD法によるメチルジアゾニウムカチオンの加水分解反応シミュレーション

      佐藤真, 山高博, 古明地勇人, 古明地勇人, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 中野達也

      日本化学会講演予稿集88th ( 2 )   2008年

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    • フラグメント分子軌道法によるポリシラン類の物性に関する理論的研究

      田口尚貴, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 森寛敏, 森寛敏, 三好永作, 三好永作, 田中成典, 田中成典

      分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)2nd   2008年

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    • フラグメント分子軌道法によるDsRed類縁種の励起状態に関する理論的研究

      田口尚貴, 望月祐志, 中野達也, 甘利真司, 石川岳志, 福澤薫, 櫻井実, 田中成典

      日本化学会講演予稿集88th ( 1 )   2008年

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    • エストロゲン受容体のアミノ酸変異によるエストラジオール結合エネルギーの変化

      前田紘輔, Alexander Schug, 渡邉博文, 福澤薫, 望月祐志, 中野達也, 田中成典

      J. Comp. Chem. Jpn.6 ( 1 ) 33 - 46   2007年

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:Society of Computer Chemistry, Japan  

      エストロゲン受容体とエストラジオールとの結合に関する分子メカニズムを解明することを目的とし、エストロゲン受容体にコンピュータ上でアミノ酸変異を導入して、エストラジオールとの結合能をフラグメント分子軌道法を用いて評価した。アミノ酸変異の導入方法の妥当性を検討するために、実験で用いられたのと同じアミノ酸変異を導入して、結合エネルギーを評価し、実験データと比較した。その結果、6種類のアミノ酸変異のうち、3つは定性的に一致し、残り3つは不一致となった。それらの結果の原因を検討した。

      DOI: 10.2477/jccj.6.33

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      その他リンク: https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/00291774567?from=CiNii

    • フラグメント分子軌道法を用いたポリペプチドのESP電荷の決定

      沖山佳生, 渡邉博文, 渡邉博文, 福澤薫, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 田中成典, 田中成典, 蛯名邦禎

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • FMO-MD法の再実装と溶液計算への応用

      古明地勇人, 石川岳志, 望月祐志, 山高博, 中野達也

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • FMO-MD法によるジアゾニウムカチオンの加水分解反応シミュレーション

      佐藤真, 山高博, 古明地勇人, 古明地勇人, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 中野達也

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • FMO-MD/MLFMO-CIS(D)法による水和分子の励起状態シミュレーション

      望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 古明地勇人, 古明地勇人, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 中野達也, 山高博, 山下勝美, 栗崎以久男, 田中成典, 田中成典

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • FMO-MD法の最近の進展

      古明地勇人, 中野達也, 佐藤真, 石川岳志, 望月祐志, 山高博

      分子シミュレーション討論会講演要旨集21st   2007年

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    • 二量化した一酸化窒素分子の高度相関計算による研究

      田口尚貴, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 田中皓, 田中皓

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • スピン適合並列化中間状態駆動CASCIプログラムと応用計算

      田中皓, 田中皓, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 山下勝美, 村瀬匡, 田口尚貴, 田中成典, 田中成典

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • FMO法における局在化MP2法を用いた相互作用解析:FILMの開発と応用

      石川岳志, 石川岳志, 望月祐志, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也, 中野達也, 常盤広明, 田中成典, 田中成典, 田中皓, 田中皓, 田中皓

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • フラグメント分子軌道法における大規模Post-HF計算

      望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 中野達也, 中野達也, 田中皓, 田中皓, 石川岳志, 石川岳志, 三好永作, 三好永作, 古明地勇人, 古明地勇人, 山下勝美, 村瀬匡, 甘利真司, 福澤薫, 福澤薫, 櫻井実, 田中成典, 田中成典

      分子科学討論会講演要旨集(CD-ROM)1st   2007年

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    • BioStation Viewer:生体高分子の相互作用解析と可視化

      加藤昭史, 福澤薫, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也

      可視化情報学会誌26 ( 101 ) 124 - 129   2006年

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:The Visualization Society of Japan  

      DOI: 10.3154/jvs.26.124

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    • 量子化学計算(FMO法)

      中野達也, 望月祐志, 甘利真司, 福澤薫

      スーパーコンピューティングニュース8   63 - 74   2006年

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    • FMO法へのMCPの導入と生体分子系への適用

      石川岳志, 石川岳志, 望月祐志, 望月祐志, 中野達也, 中野達也, 甘利真司, 森寛敏, 本田宏明, 藤田貴敏, 常盤広明, 常盤広明, 田中成典, 田中成典, 古明地勇人, 福澤薫, 福澤薫, 田中皓, 田中皓, 田中皓, 三好永作, 三好永作

      分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM)2006   2006年

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    • FMO法を基盤とした新規創薬手法の開発と応用

      山岸賢司, 山岸賢司, 山本恵子, 石川岳志, 石川岳志, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志, 中野達也, 中野達也, 山田幸子, 常盤広明, 常盤広明

      日本薬学会年会要旨集126th ( 3 )   2006年

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    • レチノイドXレセプターのヘリックス12に関する理論的研究

      伊藤三香, 伊藤三香, 福澤薫, 望月祐志, 望月祐志, 石川岳志, 石川岳志, 中野達也, 中野達也, 田中成典, 田中成典

      分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM)2006   2006年

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    • グラフ表示の閉殻と開殻への分離によるCASCIの並列,ベクトル処理アルゴリズム

      田中あきら, 田中あきら, 田中あきら, 田中あきら, 石川岳志, 石川岳志, 常盤広明, 常盤広明, 望月祐志, 望月祐志, 望月祐志

      分子構造総合討論会講演要旨集(CD-ROM)2005   2005年

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    • 新型コロナウイルスのタンパク質に対するフラグメント分子軌道計算による解析事例

      望月祐志

      応用物理学会 「特別WEBコラム 新型コロナウィルス禍に学ぶ応用物理」   2000年8月

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      記述言語:日本語  

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      その他リンク: https://www.jsap.or.jp/columns-covid19/covid19_2-3-2

    • 非経験的分子軌道法プログラム(AMOSS)の並列化

      平原 幸男, 望月祐志, 高田 俊和, 中田 宏, 土谷 正人

      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)1995 ( 28 ) 41 - 48   1995年3月9日

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:一般社団法人情報処理学会  

      非経験的分子軌道法は、分子系の電子状態、化学反応性を理論的に調べる為の有力な手段であるが、その基本近似であるハートリーフォック()法においてさえ、展開基底関数の4乗のオーダーの積分を扱う必要がある。従って、生体分子など軌道数が千以上に達するような大型の系をルーチン的に解くためには分散・並列化による高速処理が不可欠である。私たちは、こうしたことから自主開発のソフトAMOSSを軸にして分子軌道計算の並列化に取り組んでいる。この報告では、WSクラスター及びMPP(nju?)上での並列化HF計算の結果について述べるが、共に16台構成時に約15倍の加速を得ている。Ab initio molecular orbital (MO) methods are promising to investigate the variety of electronic structures and/or chemical reactivities for the molecular systems in the balanced fashion. However, their computational efforts are considerably demanding. Even the standard Hartree-Fock procedure requires the N^4 order processings related with two-electron integrals, where N is the number of basis functions. To solve the systems having more than thousand functions routinely, the acceleration through parallelizations is crucial. Thus we have been developing the parallelized MO calculations based on the AMOSS package. In this report, we discuss the HF parallelizations on the clustered WS's and the MPP(Cenju-3). In the case of 16 nodes, the acceleration is observed to be 15 for both types of parallel environment, indicating a satisfactory scalability of our coarse-grained algorithm.

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    • Theoretical study of As2 desorption from the Ga dangling-bond site

      Yuji Mochizuki, Toshikazu Takada, Chiaki Sasaoka, Akira Usui, Eisaku Miyoshi, Yoshiko Sakai

      Physical Review B49 ( 7 ) 4658 - 4667   1994年

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    • III-V族化合物半導体気相成長プロセスの解明 - 実験とシミュレーション -

      笹岡 千秋, 望月 祐志, 碓井 彰

      應用物理62 ( 8 ) 786 - 791   1993年8月10日

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      記述言語:日本語   出版者・発行元:応用物理学会  

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    書籍等出版物

    • Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method - Enhanced Performance and Applicability -

      Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa( 担当: 共編者(共編著者) ,  範囲: Main editor)

      Springer  2021年1月  ( ISBN:9789811592348

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    • 科学技術未来戦略ワークショップ報告書 みんなの量子コンピューター ~情報・数理・物理で拓く新しい量子アプリ~

      望月 祐志( 担当: 分担執筆 ,  範囲: 量子化学計算関係)

      2019年1月 

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    • FMO計算によるマルチスケール手法の開発と材料開発への応用

      望月祐志, 奥脇弘次, 土居英男, 小沢拓( 担当: 共著 ,  範囲: 「マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集」の担当節)

      (株)技術情報協会  2019年1月 

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    • レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端

      望月祐志, 古明地勇人( 範囲: フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーション)

      フロンティア出版  2011年 

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    • The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems

      望月 祐志( 担当: 共著 ,  範囲: Excited states of photoactive proteins by configuration interaction studies)

      Boca Raton, CRC press  2009年 

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    • プログラムで実践する生体分子量子化学計算

      佐藤文俊, 中野達也, 望月祐志( 担当: 共著)

      2008年10月 

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    • Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers

      望月 祐志( 担当: 共著)

      Elsevier B.V., Amsterdam, The Netherlands  2006年 

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    • 米欧日の量子化学ソフトウェアの現状と今後の応用

      望月 祐志( 担当: 共著)

      アドバンスソフト  2005年1月 

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      記述言語:日本語 著書種別:その他

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    • Recent Advances in Multireference Methods

      K. Tanaka, T. Sakai, Y. Mochizuki( 担当: 共著 ,  範囲: Multireference Coupled Pair Approximation: A State-Universal Approach of a CEPA Type Variant of MRSDCI)

      1999年 

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    • 新しい量子化学 (上下)

      大野 公男, 阪井 健男, 望月 祐志( 担当: 共訳)

      東京大学出版会  1987年 

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    所属学協会

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    共同研究・競争的資金等の研究

    • 生体膜へのイオン配位状態の分子レベルでの理解:水中X線吸収分光

      日本学術振興会  科学研究費助成事業 

      手老 龍吾, 長坂 将成, 望月 祐志

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      2020年7月 - 2022年3月

      課題番号:20K21125

      配分額:6500000円 ( 直接経費:5000000円 、 間接経費:1500000円 )

      生体膜の基本構造である脂質二重膜は、両親媒性の脂質分子が水中で形成する自己組織化構造であり、その物性や膜内ドメイン形成は水溶液中のイオンによって強く影響される。流動状態にある水溶液中の脂質二重膜内におけるイオンの配位部位と結合定数を明らかにすることを目的とする。水中X線吸収分光(XAS)法によってリン二重膜内のリン脂質へのNa+イオンの配位を実験的に計測し、第一原理計算に基づいて検証を行った。

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    • 脂質およびタンパク質に関するマルチスケールシミュレーション手法の開発整備と応用展開

      立教大学  立教SFR 

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      2019年6月 - 2021年3月

      担当区分:研究代表者 

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    • 重点課題6 「革新的クリーンエネルギーシステムの実用化」

      文部科学省  ポスト「京」 

      吉村忍

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      2015年4月 - 2020年3月

      資金種別:競争的資金

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    • アクチニド分子種と生体分子の相互作用に関する計算化学的研究

      文部科学省  科研費 基盤B 

      望月祐志

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      2016年4月 - 2019年3月

      担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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    • 有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析

      日本学術振興会  科学研究費助成事業 

      山高 博, 望月 祐志, 古明地 勇人, 佐藤 真

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      2010年4月 - 2014年3月

      課題番号:22350023

      配分額:18720000円 ( 直接経費:14400000円 、 間接経費:4320000円 )

      有機化学反応の機構や生成物が必ずしも遷移状態の性質や構造によって規定されることがないことを理論化学計算と物理有機化学実験によって明らかにした。理論計算法として、フラグメント分子軌道法を援用した量子分子動力学シミュレーション法(FMO-MD法)を開発し、水中の有機化学反応における水分子の動的役割についてシミュレーションによって検討した。また、種々の転位反応、脱離反応、付加反応や置換反応のシミュレーションを実施した。さらに、転位反応、付加/置換反応については有機化学実験によって検証した。これらの結果から、有機反応におけるダイナミクス効果が伝統的な反応理論の枠を超えて重要であることを示した。

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    • 実在系の分子理論

      文部科学省  科研費 新学術 

      榊 茂好

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      2008年4月 - 2010年3月

      資金種別:競争的資金

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    • 量子化学、理論化学

      JST戦略的創造研究推進制度(研究チーム型) (戦略的基礎研究推進事業:CREST) 

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      2005年10月 - 2010年3月

      資金種別:競争的資金

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    • フラグメント分子軌道法による生体分子計算システムの開発

      文部科学省  科学技術振興調整費 

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      2004年4月 - 2010年3月

      資金種別:競争的資金

      「シミュレーション技術の革新と実用化基盤の構築」領域 プロジェクト分担研究者
      代表研究者:田中成典

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    • FMO法に基づく計算手法とプログラムの発展的開発

      日本学術振興会  科学研究費助成事業 

      望月 祐志

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      2008年 - 2009年

      課題番号:20038044

      配分額:2900000円 ( 直接経費:2900000円 )

      本研究は、FMO法の発展的開発を電子相関計算と分子動力学シミュレーション(FMO-MD)の二つの軸線を取って展開している。各々の平成21年度の成果概要を以下にまとめる。
      電子相関計算では、golden standardといえるCCSD(T)まで計算可能なファイルレス並列化エンジンの独自開発に成功したことがハイライトと言える。多電子論では下位の近似は系統的に導出されるので、その特徴を活かしてQCISD(T)やMP4(SDQ)などもキーワード指定でそのまま実行出来る。実行速度的には世界水準をクリアしており、さらにFMO計算との連携も既に取れているために、実タンパク質への応用も出来ている。一例を挙げると、HIV-1プロテアーゼ(198残基)に阻害剤が結合した系のFMO-CCD/6-31G計算が64コアのPCクラスター上でも6日間で完走するレベルであり、かっては想像すら出来なかったタンパク質のCC計算が本研究によって実現されたインパクトは極めて大きい。励起状態の計算では、CIS(D)の繰込み修正を発展させた他、計算コストを低減しつつ精度を保持する新しいアプローチとして2体および3体の励起エネルギー補正法を実装し、蛍光タンパク質群についてテスト計算を行って良好な結果を得た。
      FMO-MD関係では、3体のエネルギーと力の補正を実装し、水和系のシミュレーションの信頼性を大幅に改善することに成功した。応用例を示すと、Zn(II)イオンに64個の水を水和させた液滴モデルをHF/6-31Gレベルでシミュレーションしたところ、コレまでの2体ではZn-0距離の平均値は2.09A、3体では2.05Aとなり、実験値の2.06±0.02Aとの対応において後者が勝ることは明らかである。また、懸案であったMP2のエネルギー微分計算の高速並列エンジンの開発にも成功しており、FMO-MDの信頼性が電子相関導入の点からも高められた。

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    • 新規な非経験的分子動力学計算手法の開発と生命化学と物質科学への応用

      海外  立教大学学術推進特別重点資金(立教SFR) 

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      2006年4月 - 2008年3月

      資金種別:競争的資金

      自由プロジェクト研究
      代表研究者

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    • 新規FMO計算手法の開発とその応用-FMOに基づく多配置SCF法ならびに分子物性値計算手法の実装、蛋白質ならびに凝集系へのFMO計算の応用-

      (独)科学技術振興機構  (独)科学技術振興機構 

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      2006年4月 - 2007年3月

      資金種別:競争的資金

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